Dans une récente lettre à l’éditeur publiée dans le Journal des infectionsdes chercheurs du Centre chinois PLA pour le contrôle et la prévention des maladies ont observé que la diversité génétique du coronavirus-2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) pourrait être supprimée par une couverture vaccinale élevée.
Un troisième vaccin, une « dose de rappel » contre le SRAS-CoV-2, a été approuvé dans de nombreux pays en raison de la diminution significative des réponses immunitaires six mois après la fin de la série de vaccination primaire. Néanmoins, des études ont observé des réponses immunitaires plus faibles contre de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 comme Delta et Omicron. De plus, l’efficacité décroissante des doses de rappel soulève des inquiétudes importantes quant à l’opportunité d’administrer des doses supplémentaires à l’avenir. Auparavant, une étude sur le virus de la grippe avait rapporté que la diversité génétique du virus H5N1 pouvait être favorisée par une vaccination inadéquate, mais la même chose sur le SRAS-CoV-2 n’est pas claire.
Étude : Une couverture vaccinale élevée ralentit la diversité génétique du SRAS-CoV-2. Crédit d’image : solarseven/Shutterstock
L’étude et les conclusions
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué l’effet de la vaccination contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) sur la diversité génétique du SRAS-CoV-2.
L’équipe a récupéré les séquences du gène de la pointe (S) du SRAS-CoV-2 du référentiel de l’Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID), classant les données par mois de mars 2020 à février 2022. De plus, les données sur les taux de vaccination quotidiens ont été obtenu à partir de « Notre monde en données ». La diversité génétique du SRAS-CoV-2 sur chaque site ou sur toute la séquence a été déterminée en calculant l’entropie de Shannon.
La couverture vaccinale effective (EVC) a été calculée comme la somme du taux quotidien de deuxième vaccination et de rappel le dernier jour de chaque mois soustrait du taux quotidien de deuxième vaccination des six mois précédents. Les chercheurs ont évalué la corrélation entre l’EVC et l’entropie de Shannon pour étudier la relation entre la diversité génétique du SRAS-CoV-2 et la couverture vaccinale. Les États-Unis (É.-U.), la Pologne et Israël ont été sélectionnés pour l’analyse de corrélation, compte tenu de la baisse de l’EVC.
Les entropies EVC et Shannon étaient significativement négativement corrélées de décembre 2020 à octobre 2021 aux États-Unis. De plus, l’EVC a fortement diminué de novembre à décembre 2021, coïncidant avec l’émergence de la variante SARS-CoV-2 Omicron, fluctuant l’entropie de Shannon. De même, en Israël, une baisse de l’EVC était évidente à partir de juin 2021, provoquant des fluctuations de l’entropie de Shannon. Cependant, en Pologne, l’entropie de Shannon a fortement augmenté lorsque la croissance de l’EVC était lente ; néanmoins, il a diminué plus tard.
Avec le début de la vaccination de rappel en Israël, l’EVC a de nouveau dépassé 50 % (après décembre 2021) et l’entropie de Shannon a été considérablement réprimée. Aux États-Unis et en Pologne, l’entropie a diminué au cours de cette période, mais l’EVC est restée stable à 40 %. Enfin, les auteurs ont étudié la Suisse, qui présentait une EVC stable autour de 50 %. La couverture de l’EVC et de la deuxième dose a divergé en juillet 2021, mais les fluctuations de l’entropie de Shannon étaient dans une plage limitée et ont diminué lorsque l’EVC a dépassé 55 %.
conclusion
Sur la base des résultats de l’étude, les chercheurs ont suggéré qu’un EVC> 50% systématiquement pourrait réprimer efficacement la diversité génétique du SRAS-CoV-2. Une diminution de l’efficacité de la post-seconde dose sans administration de rappels à temps pourrait entraîner une fluctuation sévère de la diversité génétique virale.
Comme il est impliqué que le SRAS-CoV-2 pourrait bientôt devenir endémique avec son évolution continue, une vaccination annuelle contre le COVID-19 a été suggérée, similaire aux vaccins contre la grippe saisonnière. En outre, les auteurs ont suggéré d’administrer des rappels supplémentaires pour maintenir un EVC supérieur à 50 %.
