Dans une étude récente publiée dans le Journal des infections hospitalièresles chercheurs ont utilisé le séquençage du génome entier pour examiner la transmission de patient à personnel, de personnel à patient et de personnel à personnel du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans les hôpitaux du Pays de Galles.
Sommaire
Arrière plan
Depuis la détection du premier cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) au Pays de Galles en février 2020, le pays a connu deux vagues d’épidémies de SRAS-CoV-2 au cours des mois de printemps et d’automne-hiver de cette année-là. Alors que des confinements nationaux ont été imposés pour perturber la transmission communautaire du virus, les infections associées aux soins de santé dans les hôpitaux se sont avérées plus difficiles à contrôler.
Comprendre l’efficacité des mesures de contrôle des infections utilisées pour détecter et contenir la propagation du SRAS-CoV-2 dans les hôpitaux est essentiel pour prévenir la transmission globale du COVID-19.
À propos de l’étude
La présente étude s’est concentrée sur une unité de soins de santé régionale au Pays de Galles qui a reçu des admissions d’urgence de cas suspects de COVID-19 provenant de zones rurales et urbaines du pays. Des tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel ont été effectués sur des écouvillons oraux et nasopharyngés. Tous les échantillons avec un seuil de cycle inférieur à 30 ont été utilisés pour le séquençage du génome entier.
Un pipeline phylogénétique automatisé a été utilisé pour analyser les séquences et les attribuer à l’une des lignées PANGO (Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak) ou les attribuer putativement à l’un des groupes de transmission du Royaume-Uni (Royaume-Uni) sur la base de la reconstruction de l’état ancestral. Les données de groupe de lignée et de transmission ont été corrélées aux informations épidémiologiques pour une analyse plus approfondie.
Une équipe de personnel hospitalier, un épidémiologiste, des autorités de prévention et de contrôle des infections (IP&C) et des médecins de santé publique ont enquêté sur l’épidémie conformément aux directives de gestion des épidémies du Conseil de la santé. Le personnel hospitalier et les patients ont été examinés. Les informations des résultats du test COVID-19 ont été combinées avec des données épidémiologiques en temps réel et des données de séquence du génome entier et des informations sur les changements de personnel, les mouvements de patients et la maladie du personnel pour déterminer l’épidémie.
Les cas confirmés ont été définis sur la base des résultats positifs du test PCR, du lien épidémiologique avec un autre cas confirmé et de l’attribution de l’échantillon à un groupe de transmission britannique au sein de la lignée B.1.1.311 PANGO. Les échantillons sans toutes les informations sur la séquence du génome ont été considérés comme des cas probables si le patient ou le personnel résidait ou travaillait, respectivement, pendant l’épidémie dans l’un des services touchés.
Les cas acquis dans la communauté et les échantillons associés à des lignées autres que B.1.1.311 ont été exclus de l’analyse.
Résultats
Les résultats ont démontré la transmission rapide du SRAS-CoV-2 parmi les patients et le personnel d’un service malgré les mesures de contrôle des infections telles que les équipements de protection individuelle (EPI). L’épidémie, qui comprenait 85 cas au sein de l’hôpital et au moins 10 cas dans un autre hôpital, s’est étendue sur trois grappes secondaires et a commencé par un cas primaire (P0), malgré le test PCR de P0 montrant une valeur seuil de cycle élevée.
Les auteurs pensent que cette épidémie était un événement typique de super-propagation, caractérisé par une augmentation explosive dans les stades initiaux, suivie d’une transmission soutenue. Compte tenu de la cabine largement isolée dans laquelle P0 a été admis, ainsi que du manque de contact ou de zones partagées avec d’autres patients ou membres du personnel infectés au cours de la même période, l’étude a indiqué que la propagation du SRAS-CoV-2 par des gouttelettes ou des fomites était hautement peu probable, et la transmission aurait pu se produire dans le couloir et le bureau.
Les résultats indiquent que la propagation de personne à personne était le mode le plus probable de propagation séquentielle du SRAS-CoV-2, plutôt que le service entier infecté par un événement aéroporté. Des intermédiaires hospitaliers pré- ou peu symptomatiques peuvent avoir transmis l’infection à d’autres services.
Bien que la transmission du SRAS-CoV-2 se soit produite malgré le respect de l’utilisation des EPI, il n’y a eu aucun cas de transmission documenté après le transfert de P0 dans une unité de thérapie intensive où le personnel a utilisé des EPI et des masques filtrants 3 (FFP3) adaptés aux procédures générant des aérosols.
Selon les auteurs, les facteurs qui ont contribué à l’épidémie comprennent le partage du personnel entre plusieurs services, les mouvements des patients, une ventilation inappropriée, des installations partagées et un respect incomplet des mesures de contrôle telles que l’utilisation d’EPI.
conclusion
Pour résumer, l’étude a exploré la transmission généralisée du SRAS-CoV-2 par un seul patient dans deux hôpitaux du Pays de Galles et a étudié les facteurs qui ont contribué à l’épidémie.
Les résultats suggèrent qu’une identification et un isolement précoces des patients contribueraient à limiter la propagation du virus. En outre, d’autres mesures telles que du personnel supplémentaire pour éviter le partage de personnel entre les services, une conception améliorée des EPI pour un meilleur ajustement et un meilleur confort, l’utilisation de masques spécifiques tels que le FFP3 pour réduire la propagation des aérosols et une conception améliorée de l’hôpital pour augmenter la ventilation et réduire le partage espaces pourraient réduire considérablement la transmission du SRAS-CoV-2 dans les hôpitaux.