L’Afrique a pris du retard dans le séquençage du génome au cours des deux premières années de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), causée par le syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Cependant, grâce à un financement accru, plus de 100 000 génomes ont maintenant été séquencés à partir de ce continent.
Une nouvelle étude résume les résultats de la surveillance génomique jusqu’à présent, indiquant comment les variantes préoccupantes du virus se sont propagées tout en indiquant les orientations futures de la préparation à la réponse.
Introduction
L’Afrique semble être relativement épargnée par le nombre élevé de cas et de décès pendant la pandémie en cours, avec environ 11 millions de cas sur un total mondial de plus de 600 millions et un quart de million de décès sur plus de 6,4 millions de décès dans le monde.
Cependant, alors que le virus continuait à changer et à muter, de nouvelles variantes sont apparues qui ont montré, dans certains cas, une transmissibilité et une infectiosité ou une virulence plus élevées. Des mutations d’échappement immunitaire ont été identifiées dans certaines variantes, ce qui les rend capables d’une propagation accrue même parmi les populations vaccinées ou précédemment infectées. Celles-ci ont été appelées variantes préoccupantes (VOC), et jusqu’à présent, il y en a eu cinq – Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron.
Parmi ceux-ci, Beta et Omicron ont été détectés pour la première fois en Afrique, bien que les deux autres aient également causé des cas importants sur ce continent. En réponse à la menace croissante posée par l’émergence des COV, des échantillons ont été prélevés sur plusieurs sites pour le séquençage. Cependant, en avril 2020, seuls 20 pays africains disposaient de cette capacité.
Alors que les chaînes d’approvisionnement mondiales s’essoufflaient, ces efforts ont cessé vers la fin de l’année. Après les 10 000 premiers, une analyse a montré certaines zones manquantes, en réponse à quoi des fonds accrus ont été versés dans la construction d’une infrastructure accrue et la formation du personnel pour la surveillance génomique.
Les Centres africains de contrôle des maladies (CDC Afrique) et le bureau régional de l’OMS en Afrique (ou OMS AFRO) en ont partagé la responsabilité, aidés par de nombreuses autres personnes et organisations. Le résultat a été que 90 000 autres séquences ont été téléchargées d’avril 2021 à mars 2022.
Pour mettre cela en perspective, moins de 4 000 séquences du virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et 12 000 séquences de la grippe ont été téléchargées à ce jour, malgré leur présence en Afrique en nombre alarmant depuis de nombreuses années.
La présente étude, publiée dans La scienceexplore la contribution du séquençage génomique à la compréhension scientifique du COVID-19 sur ce continent et introduit également des mesures mondiales de santé publique via la capacité à détecter suffisamment tôt de nouvelles variantes.
Qu’a montré l’étude ?
Les données montrent plusieurs vagues d’infection, différentes en termes d’échelle et de période d’un pays à l’autre. Après les deux premières vagues, dominées par les variantes B.1 et Alpha, cependant, Delta et Omicron ont balayé l’Afrique en succession sinistre.
Différentes souches prédominaient dans diverses régions d’Afrique, telles que C.36 et C.36.3, qui ont causé 40% des infections en Égypte, contre la lignée B.1.160 en Tunisie. Dans les deux cas, ceux-ci ont cédé la place à Delta lors de la troisième vague.
En Afrique du Sud, Beta a dominé la deuxième vague au lieu d’Alpha. Fait intéressant, bien que la variante C.1.2 ait montré des signes d’évasion immunitaire, elle n’a pas eu d’impact significatif sur le fond Delta.
Les autres lignées qui ont rivalisé avec Alpha comprenaient B.1.525 et A.23.1, qui ont finalement été dépassées par les COV émergents ultérieurs. Les différences de lignée par région pourraient être dues à la génétique du virus, à la mobilité humaine, à la compétition entre les lignées co-circulantes et aux niveaux d’immunité.
Delta a causé le plus grand impact, causant plus d’un tiers de toutes les infections en Afrique, selon de nombreux analystes. La bêta en a causé environ un sur sept, et l’alpha seulement environ 4 % dans l’ensemble. Omicron, qui continue de se propager, a causé plus d’un cinquième de toutes les infections, à en juger par le séquençage génomique.
Contrairement aux COV précédents, Omicron est devenu important dans un contexte de taux d’infection et de vaccination élevés, avec des niveaux d’immunité associés élevés. Parallèlement à sa virulence intrinsèque plus faible, Omicron a entraîné moins de décès que les autres COV, ce qui correspond au taux de mortalité sud-africain plus faible au cours de cette vague.
La première partie de la pandémie a été causée par des souches appartenant au clade B.1, ou virus ancestraux, qui ont ensuite été remplacés par le premier cluster de COV à partir de fin 2020 : Alpha, Beta, puis, en 2021, Delta et Omicron . Alors qu’Alpha et Beta ont circulé principalement dans des régions distinctes d’Afrique, Delta et Omicron ont dominé les infections en Afrique dès leur émergence.
Les données proviennent de la combinaison de données épidémiologiques avec des données de séquençage génomique, ainsi que des informations sur les caractéristiques temporelles et liées à la taille de ces ondes. Cependant, certains pays n’ont testé qu’une population sur dix millions, tandis que d’autres ont testé plus de 10 000 pour dix millions, indiquant des taux de test extrêmement hétérogènes.
Fait intéressant, les pays ayant des taux de dépistage élevés ont également signalé des taux de cas plus élevés, mais la sous-déclaration continue d’être une réalité, comme dans le reste du monde. L’augmentation de la notification a été obtenue en grande partie grâce à l’utilisation d’une technologie de séquençage relativement peu coûteuse.
Il est urgent d’augmenter la capacité de séquençage, 16 pays n’ayant toujours pas d’installations de séquençage locales tandis que de nombreux autres ont une capacité limitée. Trois centres de séquençage de premier plan et plusieurs centres de séquençage régionaux ont été mis en place pour aider à consolider les ressources dans quelques pays afin de maximiser le séquençage sur l’ensemble du continent. Ces centres ont aidé principalement les pays subsahariens en gérant l’ensemble des efforts de séquençage locaux dans certains pays comme l’Angola et la Namibie, mais aussi en coopérant avec les efforts de séquençage locaux pendant les vagues.
D’autres installations en dehors de l’Afrique ont également été mises en service pour accroître la surveillance, en particulier pour les pays d’Afrique de l’Ouest et du Nord.
En fin de compte, un mélange de stratégies de séquençage local, de partage collaboratif des ressources entre les pays africains et de séquençage avec des collaborateurs universitaires en dehors du continent a permis de combler les angles morts de la surveillance..”
Même avec de faibles niveaux de séquençage, un échantillonnage représentatif au fil du temps a permis de maintenir la surveillance génomique et de détecter des variantes dans le temps, notamment Beta et Omicron. De plus, le délai d’exécution est progressivement réduit, passant par exemple d’environ 180 jours à 50 jours d’octobre 2020 à un an plus tard.
Ceci est favorisé par l’utilisation de réseaux locaux de séquençage par rapport aux structures régionales ou externes, ce qui indique la nécessité d’investir dans ces dernières. Les interdictions de voyager qui ont suivi la détection et la déclaration des COV bêta et Omicron montrent comment les pays pourraient hésiter à communiquer de telles données à l’avenir. Si le séquençage ne peut être effectué qu’à l’extérieur du pays, cela conduira inévitablement à l’absence de surveillance dans de telles situations.
Ainsi, encourager la capacité locale de séquençage aidera «générer des données opportunes et régulières pour la prise de décision locale et régionale.” Cela permettrait aux variantes émergentes d’être détectées suffisamment tôt pour laisser le temps d’interrompre leur propagation.
Par exemple, Beta a été détecté trois mois après son origine, mais pour Omicron, c’était dans les cinq semaines. De plus, l’Organisation mondiale de la santé a déclaré ce dernier COV dans les 72 heures suivant le dépôt de sa séquence dans la base de données.
Les efforts de séquençage doivent être renforcés, non seulement pour le SRAS-CoV-2, mais aussi pour d’autres agents pathogènes nouveaux ou réintroduits, notamment Ebola, la rougeole et la grippe H1N1. Selon Africa CDC, plus de 200 épidémies de maladies infectieuses surviennent chaque année sur ce continent.
Au-delà de la pandémie actuelle, la poursuite des investissements dans les capacités de diagnostic et de séquençage de ces agents pathogènes pourrait servir la santé publique du continent jusqu’au XXIe siècle.”
