Des chercheurs aux États-Unis ont mené une étude sur une cohorte de militaires des États-Unis (États-Unis) et de bénéficiaires du système de santé et ont trouvé des niveaux significativement plus élevés de coronavirus infectieux du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) dans les infections vaccinales révolutionnaires ( VBI) impliquant la variante Delta par rapport aux VBI impliquant d’autres variantes.
Ils ont également trouvé des niveaux plus élevés de virus viables dans les échantillons d’écouvillonnage nasal des VBI avec Delta par rapport au personnel non vacciné infecté par d’autres variantes.
Sur la base de la différence extrême des titres entre Delta et d’autres souches, l’équipe suggère que la transmissibilité accrue de la variante Delta pourrait être attribuée en partie à des quantités plus élevées d’excrétion virale.
Étude : Caractérisation génomique et virologique des variantes du SRAS-CoV-2 dans un sous-ensemble de personnel militaire américain non vacciné et vacciné. Crédit d’image : Aleksandar Malivuk/Shutterstock
Une version pré-imprimée de l’étude a été publiée sur le site medRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à un examen par les pairs.
Sommaire
Fond
Sur la base des mutations qui peuvent avoir un impact sur les contre-mesures de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) comme les vaccins, les produits thérapeutiques et les diagnostics, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a classé de nombreuses variantes du SRAS-CoV-2 comme variantes préoccupantes (VOC) ou variantes d’intérêt (VOI). Les COV actuels comprennent B.1.1.7 (Alpha), B.1.351 (Beta), P.1 (Gamma), B.1.617.2 (Delta) et, plus récemment, B.1.1.529 (Omicron), qui était désigné comme COV le 26 novembre 2021.
Alors que l’émergence de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 continue de compliquer les mesures de contrôle de la pandémie de COVID-19, une surveillance génomique accrue est cruciale pour la détection précoce des variantes émergentes, le suivi de leur mouvement et le suivi de l’efficacité des contre-mesures.
De plus, les informations sur la concentration de particules virales infectieuses présentes dans les échantillons cliniques sont également essentielles pour comprendre l’impact des variants sur l’excrétion virale et la transmissibilité.
Comme les niveaux d’ARN viral en tant que mesure de la charge virale ne sont pas toujours corrélés à la quantité de virus viable présente dans un échantillon donné, l’équipe a utilisé le in vitro culture virale sur des lignées cellulaires sensibles pour quantifier le virus infectieux.
L’étude
Des échantillons d’écouvillonnage nasal ont été collectés auprès d’une cohorte de militaires américains et de bénéficiaires stationnés dans le monde entier entre mars 2020 et début novembre 2021 dans le cadre du programme Global Emerging Infections Surveillance (GEIS) de la Defense Health Agency (DHA). Les échantillons ont été dérivés à la fois d’individus non vaccinés et vaccinés (après l’approbation de l’EUA des vaccins COVID-19) au cours de cette période.
Les échantillons positifs pour le SARS-CoV-2 qRT-PCR ont été caractérisés pour les variations génomiques par séquençage Illumina MiSeq-next-génération. Un sous-ensemble d’échantillons a ensuite été reporté pour l’isolement du virus et la quantification des virus viables sur les cellules Vero E6/TMPRSS2.
Résultats
Parmi les échantillons collectés de mars 2020 à début novembre 2021, l’équipe a séquencé plus de 2 300 échantillons d’écouvillonnage nasal. Parmi ceux-ci, 1 304 génomes complets ont été assemblés avec succès pour lesquels les lignées Pango ont été déterminées.
Les premiers échantillons séquencés en mars et avril 2020 se sont avérés similaires aux souches à l’origine de la pandémie (lignée A et sous-lignées), désignées comme la lignée Pango « autre », qui contenait une lignée avec 12 représentants ou moins. La grande lignée européenne B.1 a été détectée dans six échantillons en avril 2020 et a également été incluse dans la catégorie « autre ».
Le COV Alpha (B.1.1.7) était la souche prédominante trouvée en circulation entre février et juin 2021. L’ancien COV, Iota (B.1.526), a été détecté de mars à juin 2021 dans 29 échantillons. Le Delta COV (B.1.617.2) a été détecté pour la première fois en mai 2021 dans un échantillon prélevé à Portsmouth, en Virginie, et un nombre croissant a ensuite été détecté à partir de juin 2021 et en juillet 2021, Delta était la variante dominante détectée dans tous les échantillons reçus. avec plusieurs sous-lignées qui ont augmenté au fil du temps.
L’équipe n’a pas détecté la variante Omicron au cours de la période de cette étude.
La quantification du virus chez les individus non vaccinés a démontré 3,2 logdix PFU/mL quantité moyenne de virus, qui était similaire à celle détectée à partir des VBI associés à toutes les variantes (3,1 logdix PFU/mL) sauf Delta. La quantité moyenne de virus détectée dans les VBI associés à la variante Delta était de 4,6 logdix PFU/mL, ce qui était significativement plus élevé par rapport à la quantité de virus détectée chez le personnel non vacciné avant l’émergence des COV.
La quantité de virus détectée dans les VBI associés à la variante Delta était également significativement plus élevée par rapport aux VBI avec d’autres variantes.
Nos données démontrant que nous avons détecté 40 fois plus de virus infectieux dans les VBI impliquant Delta par rapport au personnel non vacciné avec des infections non-Delta avant la disponibilité des vaccins approuvés par l’EUA et la FDA suggèrent que l’augmentation de la quantité de virus viables est due à la variante et non le statut vaccinal », souligne l’équipe.
En comparant les résultats selon les fabricants de vaccins, l’équipe a observé une différence statistiquement significative dans les titres viraux pour les individus non vaccinés avec des variantes non-Delta par rapport aux échantillons de VBI associés à la variante Delta provenant d’individus ayant reçu les vaccins Pfizer et Johnson & Johnson. Cependant, les IVB associés à la variante Delta qui a reçu le vaccin Moderna n’étaient pas statistiquement significatifs par rapport au groupe non vacciné. L’équipe souligne que l’inférence pourrait être le reflet du nombre limité d’échantillons, dérivés des VBI associés au vaccin Moderna, dans les analyses.
Conclusion
Sur la base des résultats, l’équipe suggère que la transmissibilité accrue de la variante Delta pourrait être en partie due à des quantités plus élevées d’excrétion de virus. Des niveaux significativement plus élevés de virus infectieux ont été trouvés dans les VBI associés à Delta par rapport aux VBI/personnel non vacciné infecté par des variantes non-Delta. Les résultats sont en concordance avec d’autres études pour le reste de la population générale aux États-Unis où la variante Delta constitue la souche prédominante et est plus de deux fois plus infectieuse que les souches précédentes. L’étude aide à expliquer la propagation rapide de la variante Delta et donne l’impulsion nécessaire pour augmenter les mesures de contrôle, notamment les rappels de vaccin et les exigences de distanciation sociale.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
