Dans une étude récente publiée dans Maladies infectieuses émergentesles chercheurs ont évalué l’association entre les souches de coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) et l’âge du patient, le statut de vaccination contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), le type de vaccin et les jours écoulés depuis la vaccination la plus récente chez les résidents de New York .
Arrière plan
Des études ont rapporté une transmissibilité et une évasion immunitaire plus élevées des nouvelles souches de SRAS-CoV-2 telles que Omicron et Delta par rapport aux souches précédemment en circulation. Le nombre accru de mutations dans les souches récentes améliore considérablement l’infectiosité et atténue la protection immunitaire conférée par les vaccins COVID-19 existants, les anticorps monoclonaux (mAbs) et les transfusions de sérums de convalescence. Des facteurs tels que l’âge du patient, le type, le statut vaccinal et la durée écoulée depuis la vaccination la plus récente peuvent également affecter l’efficacité du vaccin COVID-19.
À propos de l’étude
Dans la présente étude cas-témoin, les chercheurs ont effectué une analyse cas-témoin appariée pour évaluer les différences d’efficacité du vaccin contre les souches de SRAS-CoV-2 telles que Delta et Omicron associées à la variation du statut vaccinal, du type de vaccin, du temps écoulé depuis la vaccination et l’âge des patients parmi les résidents de New York.
Un ensemble de données de séquence génomique virale lié aux données démographiques et de vaccination obtenues à partir des dossiers du système de surveillance électronique des maladies transmissibles et du système d’information sur la vaccination de l’État de New York, respectivement, a été utilisé pour l’analyse. Le groupe de patients cas comprenait des individus infectés par la souche émergente du SRAS-CoV-2, tandis que le groupe témoin comprenait des individus infectés par toute autre souche du SRAS-CoV-2.
Les écouvillons respiratoires qui se sont révélés positifs pour le SRAS-CoV-2 par réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse en temps réel (RT-PCR) ont été soumis à une analyse de séquençage du génome entier (WGS) sur la base de l’initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe ( GISAID) séquences de la base de données. Un individu était considéré comme non vacciné si l’échantillon avait été obtenu avant les vaccinations contre la COVID-19, vacciné si l’échantillon avait été obtenu > 2 semaines après la fin de la vaccination (dose initiale du vaccin Janssen et dose ultérieure du vaccin Moderna ou Pfizer), et vacciné en rappel si l’échantillon a été obtenu à tout moment après l’administration d’une dose de rappel de tout type de vaccin COVID-19.
L’émergence d’Omicron a été analysée entre le 28 novembre 2021 et le 24 janvier 2022, incluant 1439 patients cas (individus infectés par Omicron) et 728 témoins (individus infectés par le variant Delta, B.1.617.2 ou la souche AY). Les cas patients ont été appariés aux témoins en fonction de la date de prélèvement de l’échantillon (± 6 jours), du lieu (zones économiques de l’État de New York), du sexe du patient et de son âge.
L’émergence du delta a été analysée entre le 19 mars 2021 et le 15 août 2021, avec respectivement 603 patients cas et 1 816 témoins. Le groupe témoin comprenait des individus infectés par B.1.1.7 et Q.4 Alpha (62 %), B.1.526 Iota (20 %), P.1.X Gamma (3,5 %) et B.1.351.X Beta ( 1,0 %). Un modèle de régression logistique a été utilisé avec des modèles sélectionnés sur la base des scores du critère d’information d’Akaike (AIC), et les rapports de cotes (OR) ont été calculés.
L’équipe a exclu 261 personnes partiellement vaccinées (dont les échantillons ont été obtenus entre la première dose et deux semaines après la fin de la vaccination avec les vaccins Moderna (n=90) et/ou Pfizer (n=171). De plus, les personnes ont été exclues si elles avaient ont reçu la (troisième) vaccination de rappel (p. ex., personnes potentiellement immunodéprimées) en raison de la petite taille des échantillons (58 personnes ayant reçu des doses de rappel dans les 135 jours suivant la deuxième vaccination) et des antécédents de vaccination différents.
Résultats
La plupart des individus de la paire cas-témoins pour les infections à Omicron étaient âgés de 18 à 69 ans et résidaient dans les régions de Mid-Hudson et de la capitale. Parmi les cas et les témoins, 22 % et 8 % des individus avaient reçu des rappels de vaccination, respectivement. Les pourcentages correspondants pour les personnes non vaccinées étaient de 30 % et 57 %, respectivement.
L’échantillon de population pour les vaccinations Pfizer, Moderna et Janssen comprenait 177, 109 et 22, respectivement. Les infections à Omicron ont montré les plus grandes associations avec le statut des primovaccinations et des rappels, avec des valeurs OR de 3,1 et 6,7, respectivement. En supprimant l’âge du patient comme critère d’appariement (309 paires cas-témoins), un âge inférieur était prédictif des infections à Omicron (OR 0,96) et des valeurs d’OR pour le statut de primo-vaccination (OR 4,8) et de troisième (rappel) vaccination (OR 39 ) étaient supérieures à celles obtenues précédemment.
En ne considérant que les individus vaccinés (129 paires cas-témoins), les risques d’infection à Omicron ont diminué avec une plus grande durée de jours écoulés après la vaccination la plus récente (OR 0,99). Une tendance à la baisse des risques d’infections à Omicron après les vaccinations Janssen a été observée avec une signification limite [OR 0.4, in relation to any messenger ribonucleic acid (mRNA) vaccination].
Parmi les paires cas-patients/témoins pour les infections Delta (55 paires cas-témoins), la plupart des individus étaient âgés de 18 à 69 ans (75 %) et résidaient dans les régions de Long Island, Mid-Hudson et Finger Lakes ( 89 %). Environ 62 % et 75 % des cas et des témoins n’étaient pas vaccinés, respectivement. Les infections delta ont montré les plus grandes associations avec le statut vaccinal (OR 2,4).
Le type de vaccin et les jours écoulés depuis la vaccination la plus récente n’ont montré aucune association significative avec les risques d’infections Delta. La suppression de l’âge en tant que critère d’appariement a montré que les risques d’infections Delta étaient 7,3 fois plus élevés chez les personnes ayant reçu des vaccins Pfizer par rapport aux personnes non vaccinées. Les chances étaient également plus élevées pour les vaccins Moderna (2,0 fois) et les vaccins Janssen (0,5 fois), bien qu’ils ne soient pas statistiquement significatifs individuellement.
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que les nouvelles souches de SRAS-CoV-2 ont un plus grand potentiel que les souches précédemment en circulation pour provoquer des infections de percée vaccinale. Les infections chez les personnes complètement vaccinées et vaccinées en rappel étaient significativement associées à Omicron. Cependant, les chances d’être infecté par Omicron par rapport à Delta diminuent avec l’âge. Une tendance identique mais non significative a été notée avec le statut vaccinal pendant la prédominance Delta.
