On sait que les maladies respiratoires supérieures légères sont causées par les quatre coronavirus humains courants (HCoV), qui comprennent les coronavirus 2 bêta (HCoV-HKU1 et HCoV-OC43) et 2 alpha (HCoV-NL63 et HCoV-229E). Ces HCoV, contrairement aux bétacoronavirus (SRAS-CoV, SRAS-CoV-2 et coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient), se sont avérés endémiques chez l’homme, comme l’indique leur transmission continue et généralisée.
La circulation des HCoV se déroule selon un schéma saisonnier aux États-Unis qui culmine de décembre à mars, les types prédominants différant chaque année. Cependant, les paramètres de saisonnalité n’ont pas encore été définis. De plus, à la suite de la pandémie de COVID-19, il y a eu une altération du schéma national des virus respiratoires au cours de la saison 2020-2021.
Une nouvelle étude publiée dans le Maladies infectieuses émergentes revue visant à analyser la circulation de quatre HCoV courants de juillet 2014 à novembre 2021 aux États-Unis.
Synopsis : Saisonnalité des coronavirus humains courants, États-Unis, 2014-2021. Crédit d’image : À l’intérieur de Creative House / Shutterstock
À propos de l’étude
L’étude consistait à collecter des données auprès du Système national de surveillance des virus respiratoires et entériques (NREVSS), établi par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) pour analyser la circulation des HCoV. De plus, des données sur le nombre de tests effectués et la détection des HCoV ont été recueillies auprès de laboratoires commerciaux, de santé publique et cliniques, suivies de leur soumission au NREVSS.
Des données au niveau des échantillons ont également été collectées dans le cadre du projet d’interopérabilité des laboratoires de santé publique (PHLIP), qui a également effectué l’analyse de l’âge et du sexe des patients ainsi que la codétection des HCoV avec d’autres virus respiratoires. Les données ont été compilées sur la base des tests HCoV totaux, des détections positives, de la région de recensement des États-Unis et de la saison. Enfin, le début et le décalage des saisons ont été évalués entre le rapport hebdomadaire de morbidité et de mortalité (MMWR semaine 31) et le MMWR semaine 30 de l’année suivante.
Résultats de l’étude
Les résultats ont indiqué la détection de HCoV de tout type dans 104 911 échantillons sur un total de 2 878 479 échantillons soumis au cours de la période d’étude. Parmi eux, 40 % étaient positifs pour HCoV-OC43, 12,2 % pour HCoV-229E, 19,9 % pour HCoV-HKU1 et 27,8 % pour HCoV-NL63. De plus, les volumes de tests hebdomadaires ont été observés comme étant plus élevés lors du début de la pandémie en mars 2020.
Avant la pandémie, les débuts saisonniers ont été observés en octobre-novembre, les décalages en avril-juin et les pics en janvier-février. La plupart des occurrences de HCoV se sont produites entre le début et le décalage. Pour 2020-2021, on a observé que le début était retardé de 11 semaines par rapport aux saisons précédentes. De plus, le nombre de jours entre le pic et le début était plus long en 2020-2021, et les valeurs normales de décalage n’ont pas pu être atteintes.
De plus, le type prédominant de HCoV alpha pendant la plupart des saisons était HCoV-NL63, tandis que le type prédominant de HCoV bêta était HCoV-OC43, qui, cependant, alternait avec HCoV-HKU1 selon un schéma biennal. De plus, la détection du HCoV s’est avérée similaire chez les hommes et les femmes du sous-ensemble PHLIP. Parmi les quatre types de HCoV détectés à partir de PHLIP, le HCoV-OC43 a été le plus souvent observé chez les enfants âgés de moins d’un an et les adultes âgés de 66 à 100 ans, tandis que le HCoV-229E a été observé chez ceux dont l’âge moyen était le plus élevé. Enfin, la codétection du virus de la grippe avec le HCoV s’est avérée la plus courante parmi les autres virus respiratoires.
Par conséquent, l’étude actuelle démontre que la circulation des HCoV commence généralement d’octobre à novembre, suivie de son pic en janvier et se termine d’avril à juin aux États-Unis. À la suite de la pandémie de COVID-19 en 2020-2021, les schémas de circulation du HCoV ont été modifiés. Pour mieux gérer les patients et se préparer aux épidémies, les cliniciens et les communautés de santé publique doivent être conscients des variations saisonnières de la circulation du HCoV.
Tests totaux et pourcentage de positivité de 4 HCoV courants à partir de données agrégées hebdomadaires soumises au National Respiratory and Enteric Virus Surveillance System, États-Unis, juillet 2014 à novembre 2021. A) Nombre total d’échantillons testés pour les 4 types de HCoV. B) Pourcentage de positivité des 4 types de HCoV par semaine. C) Pourcentage de positivité des alphacoronavirus courants. D) Pourcentage de positivité des bêtacoronavirus courants. HCoV, coronavirus humains.
Limites
L’étude comporte certaines limites. Premièrement, le changement des schémas de test dû à l’accent mis sur les tests du SRAS-CoV-2 en 2020-2021 pourrait avoir un impact sur sa comparaison avec les saisons précédentes. Deuxièmement, le véritable fardeau de la maladie n’a pas pu être analysé. Troisièmement, les résultats peuvent ne pas être représentatifs au niveau local ou national. Quatrièmement, les données au niveau des échantillons et le type de participation des laboratoires pour le PHLIP pourraient ne pas être comparables avec le NREVSS.
