Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), qui est le virus responsable de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), a initialement fait son apparition en décembre 2019 à Wuhan, en Chine, et continue de se propager dans le monde. La transmission et les effets mortels du COVID-19 ont été nettement plus importants dans les régions densément peuplées comme Hong Kong et l’Inde.
Les milieux urbains sont plus vulnérables aux poussées de COVID-19 en raison des conditions de vie proches comme les dortoirs, les camps militaires et les complexes d’appartements. Afin de réduire la propagation du COVID-19 dans ces villes, plusieurs mesures allant de confinements généralisés à des stratégies ciblées dans les sous-populations pour minimiser les perturbations de la société ont été mises en œuvre.
Étude : Facteurs influençant la transmission du SRAS-CoV-2 et les mesures de contrôle des épidémies dans les milieux densément peuplés. Crédit d’image : Joao Zecchin/Shutterstock.com
Une nouvelle étude publiée dans Rapports scientifiques cherche à identifier les facteurs qui conduisent à une transmission améliorée du SRAS-CoV-2, ainsi que les effets des mesures de contrôle, dans un dortoir à Singapour. Cette étude comprenait des enquêtes épidémiologiques, sérologiques et phylogénétiques qui sont appuyées par des modèles de simulation.
Sommaire
Contexte
En mars 2020 à Singapour, des scientifiques ont identifié des grappes de communautés locales avec des cas importés de COVID-19. Ces grappes comprenaient des chantiers de construction, des zones commerciales fréquentées par des travailleurs étrangers ou des dortoirs pour travailleurs étrangers.
Plus précisément, les dortoirs des travailleurs étrangers avaient de nombreux espaces communs, tels que des gymnases et des supérettes. Ces zones densément peuplées se voient attribuer environ 4,5 mètres carrés par habitant.
Toute maladie infectieuse a le potentiel de se propager rapidement dans ces types de zones en raison des contacts étroits et constants entre les personnes. Par conséquent, il est important de comprendre les facteurs qui pourraient conduire à une augmentation des cas de COVID-19 afin que les futures solutions et mesures potentielles en cas d’épidémie puissent être soigneusement planifiées.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les scientifiques ont développé un modèle individuel d’un dortoir et l’ont complété avec les résultats d’enquêtes épidémiologiques et sérologiques. L’objectif était de réduire un ensemble de facteurs qui reproduisaient une trajectoire d’épidémie similaire dans le dortoir.
À cette fin, les auteurs ont évalué l’efficacité des mesures de contrôle présentes à l’époque et dans des scénarios alternatifs. Trois scénarios ont été étudiés, parmi lesquels :
- La ligne de base, qui ne comprenait que l’isolement des cas et les colocataires devaient se mettre en quarantaine
- Scénario de réponse améliorée et de distance physique, dans lequel le déploiement d’équipes a accéléré l’isolement des cas et l’application de mesures de distanciation physique
- Scénario de configuration de dortoir modifié dans lequel il y avait moins de résidents par chambre et des salles de bains privatives étaient disponibles. Des douches et des équipements de cuisine étaient également fournis afin que la mise en quarantaine individuelle reste dans la pièce.
Résultats de l’étude
Entre le 23 mars et le 20 juin 2020, 2 787 cas de COVID-19 ont été identifiés, dont aucun n’avait d’antécédents de voyage deux semaines avant l’apparition des symptômes. Après le verrouillage, ou après le 6 avril 2020, les cas ont diminué.
Au total, 7 367 travailleurs ont participé à une enquête de séroprévalence, dont 72 % étaient séropositifs et n’avaient pas d’infection aiguë au COVID-19 auparavant. Les scientifiques ont échantillonné 10 000 combinaisons de paramètres et identifié 13 cas nécessaires à une épidémie soutenue.
Sur la base de ces paramètres, l’épidémie actuelle a culminé à 511 infections au jour 20 (taux d’attaque de 76 %). Le pic était de 905 dans les cas de base et de 602 dans le deuxième groupe de participants. Les scientifiques ont également effectué des analyses phylogénétiques et ont découvert que les génomes du dortoir à l’étude étaient similaires et appartenaient à la lignée des pangolins.
Trajectoire de l’épidémie dans le dortoir. Les cas symptomatiques observés avec apparition le ou avant le 3 avril 2020 (points noirs, jusqu’au jour 12 de l’épidémie) ont été utilisés pour l’ajustement du modèle. Les cas après le 3 avril 2020 (points gris) ont été tracés en fonction des dates de notification si les dates de début n’étaient pas disponibles et n’ont pas été utilisées pour l’ajustement du modèle.
Les scientifiques ont montré que, dans le scénario actuel et au moment de l’étude, des mesures de confinement renforcées pourraient réduire le taux d’attaque de 22% par rapport à la ligne de base. En conséquence, les cas de pointe pourraient également être 40 % inférieurs. Cependant, il a été observé que la durée de l’épidémie s’est allongée de 1 à 2 mois.
Environ 71% des infections ont été attribuées à des infections asymptomatiques, tandis que 57% des cas symptomatiques n’ont pas nécessité d’assistance médicale. Le modèle a en outre estimé que chaque personne avait environ 18 contacts en dehors du ménage, facilitant ainsi la transmission de la maladie.
Trajectoire de l’éclosion chez les cas symptomatiques ayant demandé un traitement médical (ligne continue) et dans tous les cas (lignes pointillées) avec des intervalles de confiance à 95 % (zone ombrée) par scénario (une) scénario d’épidémie actuel (b) scénario de référence, (c) scénario de réponse améliorée et de distanciation sociale, (ré) scénario de paramètres de dortoir modifié. Les cas symptomatiques observés avec apparition au plus tard le 3 avril 2020 (points noirs, jusqu’au jour 12 de l’épidémie) ont été utilisés pour l’ajustement du modèle. Les cas après le 3 avril 2020 (points et lignes gris) ont été tracés en fonction des dates de notification si les dates de début n’étaient pas disponibles et n’ont pas été utilisés pour l’ajustement du modèle en raison d’informations incomplètes sur les dates de début pour certains des cas symptomatiques.
Pris ensemble, ces résultats indiquent le besoin d’un espace de vie accru, la disponibilité de toilettes privatives et un taux d’occupation inférieur par chambre. Un espace de vie accru pourrait réduire la probabilité d’infections de 10 %, comme le montrent les simulations de modèles. Les résultats rapportés ici pourraient être soigneusement pris en compte lors de la conception d’espaces de vie à haute densité à l’avenir.
Limites
La désinfection régulière et l’entretien ménager sont courants dans les dortoirs ; cependant, ils n’ont pas été inclus dans le modèle. De plus, seuls les dortoirs de la phase de pré-confinement ont été utilisés pour l’essayage des modèles.
Les scientifiques ont également supposé que la transmission pré-symptomatique pouvait se produire trois jours avant l’apparition des symptômes et qu’un individu était contagieux jusqu’à quatorze jours après l’apparition des symptômes. Bien que cela soit basé sur un certain nombre d’études, il existe une quantité considérable d’incertitude entourant ces limites. Enfin, il serait vraiment utile de modéliser le profil spécifique des travailleurs dans les dortoirs et de stratifier le modèle par âge, car l’infection chez les personnes âgées pourrait entraîner une maladie plus grave.
