La pandémie de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a entraîné l’infection de nombreux travailleurs de la santé de première ligne (TS) par l’agent causal de cette maladie, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2). Dans une étude disponible sur le serveur de préimpression medRxiv*, une équipe de chercheurs de Victoria, en Australie, a effectué des enquêtes épidémiologiques génomiques sur le SRAS-CoV-2 à l’échelle de l’État pour reconnaître la dynamique de transmission des agents de santé et soutenir l’optimisation de la préparation du système de santé à de futures épidémies similaires.
Étude : Enquêtes épidémiologiques génomiques à l’échelle de l’État sur les infections au COVID-19 chez les travailleurs de la santé – Perspectives pour la préparation future à une pandémie. Crédit d’image : Halfpoint/Shutterstock
Le séquençage génomique a été effectué sur tous les cas de COVID-19 à Victoria, en Australie. L’équipe a combiné des données génomiques et épidémiologiques pour enquêter sur la source des infections des travailleurs de la santé dans plusieurs établissements de soins de santé (HCF) de l’État. Une analyse phylogénétique et un regroupement hiérarchique à petite échelle ont été effectués pour l’ensemble de données victoriennes, y compris les cas communautaires et de soins de santé. Les installations ont fourni des données épidémiologiques standardisées et des liens de transmission putatifs.
Une version préimprimée de l’étude est disponible sur le site medRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à une évaluation par les pairs.
L’étude
L’étude a été menée entre mars et octobre 2020. Il a été identifié qu’environ mille deux cent quarante travailleurs de la santé étaient infectés par le SRAS-CoV-2. Cependant, seulement sept cent soixante-cinq ont été inclus dans cette étude. Le séquençage génomique a été réussi pour six cent douze cas de ce pool génétique, soit environ 80 % des cas. Trente-six enquêtes ont été ouvertes dans douze établissements de santé.
De plus, l’analyse génomique a montré que l’introduction de sources multiples du SRAS-CoV-2 dans les installations était plus courante que l’introduction à source unique. Néanmoins, les principaux contributeurs aux acquisitions de travailleurs de la santé comprenaient le mouvement du personnel et des patients entre les services et les établissements. En outre, les caractéristiques et les comportements des patients individuels comprenaient les événements de super-propagation.
Il y avait des limitations clés au niveau des établissements de santé qui ont été identifiées. Tout d’abord, une conclusion commune des établissements de santé était que de nombreuses infections émergaient du mouvement du personnel ou des patients. Ceux-ci comprenaient des personnes pré-symptomatiques ou asymptomatiques. Dans un établissement particulier, il a été découvert qu’un seul patient avait propagé des infections dans deux services en raison de mouvements alors qu’il était asymptomatique. L’identification de tels cas permet à l’établissement de mettre à disposition de meilleurs tests de dépistage et de limiter les déplacements des individus d’un service à l’autre.
Deuxièmement, au cours de cette étude, il a été constaté que les patients âgés présentant des états mentaux dégradés présentaient des comportements qui augmentaient la propagation des infections à COVID-19. Les patients atteints de délire ou de démence se sont souvent retrouvés errants avec les infections et toussaient, éternuaient, criaient ou chantaient autour des installations. En raison de ces comportements et du besoin supplémentaire de soins médicaux, ils se sont avérés propager l’infection de manière endémique.
Troisièmement, seules les données provenant de divers contextes permettront de conclure correctement la transmission de l’infection. Lorsque les enquêtes étaient limitées à un seul service, elles se sont avérées d’une utilité limitée par rapport à celles effectuées dans de grandes installations avec un nombre élevé de cas positifs. Il est donc important de mener d’autres études de ce type dans divers contextes pour conclure à la transmission.
Enfin, l’étude a montré que de multiples réunions de collaboration avec les établissements de santé ont permis d’éduquer les cliniciens sur l’efficacité et les obstacles des analyses génomiques. Cela a été rendu possible en partageant les résultats initiaux de l’analyse génomique et en ajoutant des données épidémiologiques importantes supplémentaires pour faciliter l’interprétation. Un autre ensemble de données manquant dans cette étude était la propagation de l’infection parmi les travailleurs de la santé lorsqu’ils sont en réunion ou lorsqu’ils partagent un logement. Cela ouvre la voie à d’autres études dans ce domaine.
Fig 3. Comparaison des analyses épidémiologiques génomiques analysées avec et sans données génomiques pour les cas communautaires. Les cercles pleins indiquent les travailleurs de la santé, les cercles vides indiquent les non-travailleurs de la santé, la couleur indique le groupe génomique. Le panneau A montre l’analyse des cas de l’établissement C (principalement liés par l’épidémiologie et la génomique avec le cluster génomique dominant GC A (vert) et trois cas supplémentaires de HCW de différents clusters génomiques (clusters génomiques GC B, GC C et GC D), plus trois cas dans l’établissement D (liés les uns aux autres) du cluster génomique GC D. Isolément, cela suggère une transmission cryptique possible entre les deux établissements de santé. l’établissement D a probablement contracté l’infection à la suite d’un événement social dans la communauté auquel ces cas ont assisté.
Conclusion
En fin de compte, les scientifiques ont conclu que cette étude a amélioré la compréhension des infections des travailleurs de la santé, révélant des grappes et des réseaux de transmission insoupçonnés. En outre, ils ont recommandé l’analyse combinée de tous les travailleurs de la santé et des patients dans un établissement de santé et que cela soit soutenu par des taux élevés de couverture de séquençage pour tous les cas de la population. Ils ont en outre suggéré que le fait d’avoir plusieurs systèmes établis pour les études épidémiologiques génomiques intégrées dans les environnements de soins de santé améliorerait la sécurité des travailleurs de la santé dans toute future pandémie.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
