Les premiers résultats d'une étude sur les méthodes de dépistage néonatal montrent que l'analyse de l'ADN détecte beaucoup plus de problèmes de santé graves évitables ou traitables que le dépistage néonatal standard et est favorisée par la plupart des parents qui se voient proposer cette option.
L'étude-;appelée GUARDIAN-;est l'une des premières études à grande échelle au monde à utiliser le séquençage du génome comme méthode de dépistage néonatal et est la première à publier des résultats préliminaires.
« Les résultats nous montrent que le séquençage du génome peut améliorer radicalement les soins médicaux des enfants », déclare Joshua Milner, professeur de pédiatrie, directeur du département d'allergie/immunologie et de rhumatologie au Vagelos College of Physicians and Surgeons de l'Université Columbia, et l'un des co-auteurs de l'étude.
« Le séquençage du génome nous permet de détecter les éléments qui causent des maladies graves et de prendre des mesures pour prévenir ces maladies chez un nombre important d'enfants, et pas seulement dans quelques cas rares », explique Milner, qui est également chef des services d'allergie, d'immunologie et de rhumatologie. à l'hôpital pour enfants Morgan Stanley de New York-Presbyterian. « Il devrait être institué comme prochaine norme en matière de dépistage néonatal, car il permet de détecter bien plus que les méthodes actuelles. »
Lors du séquençage du génome, l'ADN d'un nouveau-né est analysé pour rechercher des centaines de variantes génétiques spécifiques connues pour causer des maladies. La technologie a le potentiel de détecter des milliers de maladies génétiques, bien plus que la soixantaine de troubles détectés actuellement par le dépistage néonatal standard. Les gènes inclus dans le dépistage néonatal provoquent des maladies qui pourraient être prévenues ou traitées si elles étaient identifiées dès la petite enfance.
Parmi les 4 000 premiers nouveau-nés inscrits à l’étude GUARDIAN, le séquençage du génome a identifié 120 bébés (3 %) souffrant de problèmes de santé graves, dont seulement 10 ont été identifiés grâce au dépistage néonatal standard. Pour un enfant, la détection d’une variante génétique rare provoquant un trouble d’immunodéficience grave qui n’avait pas été détecté par le dépistage conventionnel a abouti à une greffe de moelle osseuse qui lui a sauvé la vie.
« Dans ma pratique, j'ai vu de nombreux patients qui ont passé des années à aller de médecin en médecin avec des symptômes que personne ne peut expliquer. Mais au moment où ils reçoivent un diagnostic, la fenêtre permettant de mieux gérer la maladie est généralement passée. » » déclare Wendy Chung, qui a lancé l'étude à New York alors qu'elle était professeur de pédiatrie de la famille Kennedy à l'Université de Columbia et médecin-scientifique et généticienne clinique au NewYork-Presbyterian Morgan Stanley Children's Hospital. Chung, chercheur principal de l'étude, est maintenant chef du service de pédiatrie au Boston Children's Hospital et professeur à la Harvard Medical School. « Les familles et les pédiatres n'ont plus besoin de se lancer dans ces odyssées diagnostiques grâce à la technologie génomique dont nous disposons désormais. Nous pouvons poser le diagnostic à la naissance. »
Sommaire
Arrière-plan
Aux États-Unis, environ 1 bébé sur 300 est diagnostiqué avec un problème de santé traitable qui a été détecté pour la première fois lors du dépistage néonatal standard. Depuis son introduction dans les années 1960, le dépistage néonatal s’est étendu à des dizaines de maladies, pour la plupart génétiques. La Health Resources and Services Administration recommande le dépistage de jusqu'à 63 affections, mais le panel de dépistage varie d'un État à l'autre.
« Le dépistage néonatal est l'une des plus grandes réalisations en matière de santé publique », déclare Jordan Orange, président de pédiatrie au Vagelos College of Physicians and Surgeons de l'Université Columbia, pédiatre en chef du NewYork-Presbyterian Morgan Stanley Children's Hospital et co-auteur de l'étude. « C'est un égaliseur instantané en matière de soins de santé, car tout le monde est dépisté, garantissant ainsi que tous les bébés ont la même chance de vivre une vie plus saine. »
Le dépistage néonatal standard fonctionne en détectant des biomarqueurs dans le sang liés à différentes conditions. Pour de nombreuses maladies, les biomarqueurs sanguins n’ont pas encore été identifiés, ce qui limite l’utilité du dépistage.
Autrefois rare et d'un coût prohibitif, le séquençage du génome est devenu plus courant et moins coûteux à utiliser en milieu clinique, ce qui en fait une option potentiellement meilleure pour le dépistage néonatal.
« Nous sommes également au milieu d'une révolution dans la médecine pédiatrique et reconnaissons que beaucoup plus de maladies pédiatriques que nous le pensions ont des causes génétiques. Et elles peuvent être traitées », a déclaré Milner. « Cela élargit notre notion des types de choses à rechercher. »
L’étude GUARDIAN recherche désormais des variantes génétiques liées à plus de 450 pathologies, et des dizaines de nouvelles pathologies sont identifiées chaque année.
« Il serait prohibitif de dépister toutes ces maladies avec des tests standards », explique Orange, « mais avec le dépistage génomique, l'ajout d'une condition entraîne un coût supplémentaire minime. Nous pouvons dépister des troubles traitables que nous n'avions jamais pensé à dépister auparavant. »
L'étude
À partir de septembre 2022, l’étude GUARDIAN a proposé le séquençage du génome à chaque bébé né dans les hôpitaux NewYork-Presbyterian de New York.
Au cours de sa première année, GUARDIAN a analysé les gènes liés à 156 maladies rares mais traitables. Les parents avaient la possibilité d'ajouter un panel supplémentaire de 99 affections pour lesquelles aucun traitement n'est actuellement disponible, bien que les enfants concernés puissent bénéficier d'une intervention précoce.
L'étude recueille l'ADN des mêmes taches de sang séché recueillies après la naissance pour le dépistage néonatal traditionnel, qui est mené sur chaque participant à l'étude par le programme de dépistage néonatal du ministère de la Santé de l'État de New York.
L'article publié dans le numéro du 24 octobre du JAMA rapporte les résultats des 4 000 premiers nouveau-nés de l'étude, nés entre septembre 2022 et juillet 2023. Plus de 12 000 bébés ont désormais participé à l'étude depuis son début.
Résultats
Sur les 147 enfants dépistés positifs par séquençage du génome, 120 enfants ont été considérés comme de vrais positifs et ont reçu un diagnostic de maladie rare. Seuls 10 de ces enfants ont été détectés grâce au dépistage standard.
La plupart des enfants diagnostiqués avec une maladie génétique (92 sur 120) présentaient un déficit enzymatique appelé déficit en glucose-6-phosphate déshydrogénase (G6PD). Le G6PD n'est pas inclus dans le dépistage traditionnel, mais les personnes présentant un déficit en G6PD peuvent avoir des réactions modérées, voire potentiellement mortelles, à certains aliments et médicaments, qui peuvent facilement être évitées en les évitant.
Pour un enfant dans l'étude, le séquençage du génome a détecté une condition mortelle – un trouble d'immunodéficience combinée sévère (SCID, également connu sous le nom de « syndrome du garçon dans la bulle ») – que le dépistage standard a manqué. Le séquençage du génome a détecté la présence d'une variante génétique rare à l'origine du SCID, ce qui a donné aux médecins la possibilité de protéger le nourrisson contre des infections potentiellement mortelles avant qu'elles ne surviennent.
Nous savons qu'une greffe de moelle osseuse est un remède pour ces enfants, mais la sécurité et le succès sont les plus élevés lorsque la greffe a lieu au cours des premiers mois de la vie, avant que l'enfant ne commence à développer des infections ou d'autres symptômes. Ce n'est que grâce au dépistage génomique que nous avons pu identifier cet enfant à temps. »
Joshua Milner, professeur de pédiatrie, directeur d'allergie/immunologie et de rhumatologie, Collège Vagelos des médecins et chirurgiens de l'Université Columbia
Dans l’ensemble, 3,7 % des enfants participant à l’étude ont été testés positifs pour une maladie génétique. Lorsque les cas de G6PD sont exclus, le taux de dépistage positif était de 0,6 %, soit deux fois supérieur au taux de 0,3 % obtenu avec le dépistage standard de l'État de New York.
« Il s'agit d'un chiffre bas. Une fois que vous aurez mis en œuvre ce type de contrôle, ce pourcentage augmentera à mesure que nous ajouterons de nouvelles conditions à la liste », a déclaré Milner.
L'acceptation par les parents du séquençage du génome pour le dépistage néonatal était élevée : 72 % des familles contactées ont accepté de participer, et la plupart des participants (90 %) ont choisi d'inclure le dépistage facultatif des maladies incurables.
Questions restantes
L'étude en cours vise à recruter 100 000 bébés au cours des prochaines années pour mieux comprendre ce que les parents pensent du séquençage du génome, des coûts de tels programmes et des problèmes de confidentialité, et pour identifier les difficultés d'interprétation des résultats entre divers groupes ancestraux.
L’augmentation de l’échelle du séquençage du génome augmentera également le coût du dépistage. Si le dépistage proposé dans l'étude GUARDIAN était appliqué aux 210 000 bébés nés chaque année dans l'État de New York, environ 7 700 enfants seraient positifs. Les coûts totaux de dépistage augmenteraient à mesure que davantage d’enfants seraient dépistés et qu’un plus grand nombre d’enfants ayant des résultats de dépistage positifs auraient besoin de tests de suivi.
« Ces coûts doivent être mis en balance avec les coûts encourus si un enfant tombe malade d'une maladie qui aurait pu être traitée s'il avait été détecté plus tôt, et avec l'importance de sauver des vies », explique Milner. « En fin de compte, il s'agit de savoir qui paiera pour cela. Lorsque vous réalisez que le dépistage génomique peut détecter beaucoup plus de maladies, prévenir davantage de maladies et sauver des vies, le coût supplémentaire en vaut peut-être la peine. »
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