La pneumonie communautaire (PAC) est une maladie infectieuse majeure dans le monde et contribue à une mortalité élevée et à un fardeau économique massif. La mortalité hospitalière parmi les PAC sévères (SCAP) reste élevée, allant de 25 % à plus de 50 %.
L’identification précoce des patients présentant un risque élevé de décès est essentielle pour améliorer les résultats pour les patients. Cependant, prédire les résultats chez les patients atteints de SCAP est difficile, car la maladie est complexe et influencée par divers facteurs, notamment les types d’agents pathogènes à l’origine de l’infection, la réponse immunitaire de l’hôte et les conditions médicales sous-jacentes.
Dans cette étude publiée dans eBioMédecine (un Lancette publication), une équipe dirigée par le Dr Jinmin Ma, directeur scientifique du département des infections génomiques de BGI et le professeur Jieming Qu, de l’hôpital Ruijin, a mené des recherches sur des patients SCAP pour explorer le microbiote pulmonaire et les réponses de l’hôte à différents résultats, car les différences génétiques pourraient être détecté plus facilement chez les patients les plus graves que chez les patients légèrement sévères.
Méthodes et résultats
Les chercheurs de BGI Genomics ont utilisé l’analyse métagénomique et transcriptomique pour identifier un nouvel ensemble de biomarqueurs capables de prédire la mortalité à 30 jours chez les patients atteints de SCAP.
L’étude a inclus 275 patients atteints de SCAP provenant de 18 hôpitaux en Chine.
Les chercheurs ont effectué un séquençage métagénomique de nouvelle génération basé sur l’ADN et l’ARN du liquide de lavage broncho-alvéolaire (BALF), des crachats et des échantillons de sang provenant de 275 patients SCAP présentant des caractéristiques et des résultats variés afin d’analyser les différences entre les microbes et les réponses de l’hôte entre eux.
Les chercheurs ont identifié neuf ensembles de biomarqueurs, à la fois métagénomiques et transcriptomiques, associés à la mortalité à 30 jours.
Les biomarqueurs ont été validés dans une cohorte indépendante de patients atteints de SCAP et ont pu prédire la mortalité à 30 jours avec une précision de 85 %. C’est nettement supérieur à la précision des modèles de prédiction cliniques existants, qui ont généralement une précision d’environ 70 %.
Autres conclusions clés :
- L’étude a révélé que la mortalité à 30 jours était indépendante de la catégorie d’agent pathogène, de la diversité microbienne ou des taxons microbiens spécifiques, tandis que des différences significatives dans les modèles d’expression des gènes de l’hôte seraient responsables de différents résultats.
- L’analyse des caractéristiques cliniques a montré que le sexe masculin de plus de 55 ans était un facteur de risque de mauvais pronostic, et un enrichissement spécifique des gènes et des voies de signalisation a été trouvé dans les données omiques.
Potentiel d’utilisation des biomarqueurs
- Les nouveaux biomarqueurs pourraient présenter les avantages potentiels suivants pour les patients atteints de SCAP
- Améliorer la précision de la prévision et de la réduction de la mortalité, ce qui pourrait conduire à une meilleure prise de décision clinique.
- Identifiez les patients présentant un risque élevé de décès, qui pourraient ensuite être ciblés par un traitement plus agressif.
- Réduisez le besoin de procédures invasives, telles que les biopsies pulmonaires, qui sont associées à des risques.
- Améliorer l’allocation des ressources de santé en identifiant les patients les plus susceptibles de bénéficier de soins intensifs.
- Développer de nouvelles stratégies thérapeutiques en identifiant les biomarqueurs associés à de mauvais résultats.
