Au cours de la saison hivernale 2022-2023, le Danemark a connu une augmentation des infections causées par les streptocoques du groupe A (SGA), y compris les types d’infections invasives les plus dangereuses (iSGA). L’incidence de l’iSGA est la plus élevée chez les personnes âgées, mais la plus forte augmentation relative par rapport aux saisons précédentes a été observée chez les enfants. L’étude est présentée au Congrès européen de microbiologie clinique et des maladies infectieuses (ECCMID 2023, Copenhague, 15-18 avril), par Thor Bech Johannesen et Steen Hoffmann, Statens Serum Institut, Copenhague, Danemark, et leurs collègues.
Suite à la mise en œuvre de mesures de confinement pour empêcher la propagation du COVID-19 en mars 2020, le nombre d’infections invasives causées par le SGA, y compris les types invasifs plus dangereux (iSGA), a diminué. Cependant, en novembre 2022, un nombre croissant de ces infections se sont produites dans toutes les régions du Danemark, avec des taux d’incidence atteignant trois fois les niveaux d’avant le verrouillage en janvier-mars 2023. Bien qu’il n’y ait pas de politique sur la déclaration obligatoire des infections à SGA au Danemark, les laboratoires de microbiologie clinique à l’échelle nationale soumettent des isolats d’iGAS au Statens Serum Institut (SSI) pour une caractérisation plus poussée sur une base volontaire.
Depuis 2018, environ 90 % de tous les cas d’iSGA au Danemark ont été soumis au SSI pour le séquençage du génome entier (WGS). Pour la période de 2018 à mars 2023, les auteurs ont extrait ces données WGS et tous les enregistrements de la base de données danoise de microbiologie (MiBa) avec GAS et iGAS éprouvés en culture (GAS invasif étant défini comme GAS isolé d’une région anatomique qui devrait être stérile). Les échantillons répétés du même patient de SGA ou d’iSGA au cours d’une période de 30 jours ont été exclus. La date potentielle de décès a été recueillie auprès du système d’enregistrement civil danois.
L’incidence du SGA ainsi que de l’iSGA a notamment diminué à la suite des restrictions de mars 2020. L’incidence des deux est restée à des niveaux faibles jusqu’en octobre 2022, puis a considérablement augmenté en décembre 2022, culminant entre janvier et mars 2023 (Figure 1). L’incidence de l’iSGA était la plus élevée dans les tranches d’âge de 65 à 84 ans (4,0/100 000) et de 85 ans et plus (5,2/100 000) (Figure 2). Les décès dus à l’iSGA en chiffres absolus ont également augmenté, mais les taux de létalité pour tous les groupes d’âge étaient similaires à ceux des saisons précédentes (environ 15 % dans l’ensemble et 30 % chez les personnes âgées de 85 ans et plus – les taux chez les enfants sont faibles et varient en raison de nombres absolus faibles).
Les souches ST28 euh1 (également connu sous le nom de M1) et ST36 euh12, qui sont tous deux pratiquement absents depuis avril 2020, représentaient respectivement 53 % et 28 % des infections à SGA en 2023. Une nouvelle sous-variante de M1 est apparue en 2022 et est devenue la sous-variante dominante en 2023, représentant 30 % des tous les cas iGAS (Figure 3). En plus d’un core génome distinct, ce variant se caractérise par l’acquisition d’un bactériophage porteur du facteur de virulence Spec, une exotoxine clé connue. D’après les analyses initiales, la nouvelle sous-variante M1 ne semble pas être significativement plus virulente que les autres variantes M1 circulant au Danemark, cependant, les variantes M1 en général sont plus susceptibles de provoquer une maladie invasive, et les patients iGAS infectés par les variantes M1 sont plus souvent dans le besoin de soins intensifs. Aucune différence significative n’a été trouvée dans les taux de mortalité pour les variantes individuelles.
Les auteurs concluent : « Depuis décembre 2022, l’incidence des cas d’iSGA au Danemark est inhabituellement élevée, en partie à cause de l’émergence d’une nouvelle sous-variante M1, responsable de 30 % des cas d’iSGA en 2023. Bien qu’une grande partie des variantes circulant actuellement au Danemark ont une forte capacité de virulence, nous estimons que la poussée actuelle est en grande partie due à une propagation communautaire étendue, éventuellement combinée à un faible niveau d’immunité dans la population générale après deux années de taux d’incidence extraordinairement bas.«
