Une nouvelle étude examine la présence de la diversité génétique dans le SRAS-CoV-2 circulant au Brésil, en référence à la sensibilité de la population au virus.
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L’hypothèse sous-jacente était qu’avec un ensemble plus diversifié de génotypes dans la population, la gamme de diversité virale augmenterait également. Cela met en évidence la nécessité de protéger le public par des interventions plus rigoureuses et étroitement surveillées.
L’étude, publiée en pré-impression dans le bioRxiv * serveur en décembre 2020, vise à évaluer les niveaux de polymorphisme dans 18 haplotypes du SRAS-CoV-2 au Brésil. Un haplotype, dans ce contexte, fait référence à un ensemble de gènes qui est transmis ensemble à la nouvelle particule virale.
Sommaire
Détails de l’étude
L’étude a utilisé des informations de la base de données NCBI et utilisé des méthodes phylogénétiques pour analyser les séquences nucléotidiques déjà décrites. Les 18 séquences ont été collectées dans quatre États brésiliens différents, à savoir Rio de Janeiro, São Paulo, Paraná et Tocantins. En taille, ils mesuraient entre ~ 200 et ~ 30 000 bp. Environ 300 des sites se prêtaient à l’analyse après alignement.
Les chercheurs ont constaté que 32% des séquences (78/300) étaient conservées. Parmi les sites restants, 131 sites, soit 64%, étaient informatifs sur le parsimonium, se référant à leur capacité à distinguer les variantes génétiques. Cela indique le polymorphisme élevé de l’ensemble.
Deux sous-groupes
Ils ont reconnu que les 18 haplotypes se sont classés en deux sous-groupes différents. Parmi ceux-ci, les échantillons de Tocantins constituent un sous-groupe et les échantillons des trois autres états constituent le deuxième sous-groupe. Prenant la phylogénie de l’ensemble et le temps nécessaire pour que toutes les séquences divergent, les chercheurs postulent que le virus a subi une différenciation extensive entre le nord et le sud-est du Brésil.
Cela a été confirmé par d’autres moyens, montrant deux voies génétiques différentes, avec une variance de plus de 80%, tandis que les échantillons de Tocantins divergeaient considérablement des autres. Les échantillons des parties sud et sud-est du Brésil ont montré une grande similitude au niveau génétique.
A en juger par la diversité moléculaire, il y avait un niveau élevé de mutations parmi les haplotypes, confinés aux transitions et transversions, mais pas aux indels. L’expansion de la population semble être absente.
Flux génique élevé, isolation géographique
Les chercheurs n’ont pu trouver qu’un faible degré de similitude entre les haplotypes viraux au Brésil. En l’absence de structuration significative, ils ont émis l’hypothèse que les fortes variations étaient liées à l’accumulation d’haplotypes intermédiaires dans le temps. Ceci est potentiellement associé au flux de gènes élevé, en particulier dans les régions du sud et du sud-est.
La divergence génétique entre les groupes peut être discontinue en raison de l’isolement géographique. Cela trouve un support dans le fait que la distance génétique est grande et que les polymorphismes sont fréquents. En conséquence, les substitutions non synonymes peuvent constituer la principale contribution aux variations.
Le génome du SRAS-CoV-2 au Brésil n’est donc pas conservé, confirmant des recherches antérieures pour l’Amérique du Sud en général.
« Il est donc prudent d’affirmer que la variabilité génétique du virus est différente dans différents sous-ensembles pour d’autres régions brésiliennes.. »
Là encore, les mutations observées dans de nombreuses branches peuvent exister à la suite de l’effet fondateur qui a provoqué la dérive génétique. Cet effet serait associé à la dispersion des haplotypes intermédiaires, et / ou à leur perte, à travers les générations.
Les deux sous-groupes sont également clairement distingués en ce qui concerne la hiérarchie des variations au sein des haplotypes. Les principales différences dans le sous-groupe Tocantins sont partagées dans leur forme mais pas dans leur nombre, en raison de la très faible divergence génétique moyenne estimée au sein et entre les trois autres groupes.
Le fait qu’aucun flux génétique n’a été observé entre les régions étudiées est attribué aux barrières géographiques naturelles. Les résultats nettement uniformes obtenus par toutes les méthodes qu’ils ont utilisées corroborent la grande diversité des séquences d’intérêt, issues de la phylogénie.
Quelles sont les implications?
Étant donné que la population brésilienne a un pourcentage élevé de métissage, cela pourrait réduire l’efficacité de certaines des interventions destinées à contenir le virus, en raison de la diversité génétique virale.
Cela montre l’urgence d’appliquer strictement des restrictions à l’activité publique, et de sensibiliser le public et de s’engager dans des interventions telles que le masquage, l’hygiène des mains et la distanciation sociale. Ceci peut être réalisé à la fois en combattant les campagnes de désinformation et en diffusant des informations publiques sur le coût de l’infection et la nécessité de contenir sa propagation.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas examinés par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
