Il existe actuellement plus de 10 000 articles scientifiques liés aux infections à coronavirus. En fait, au cours des dernières semaines, la recherche pour lutter contre le COVID-19 s'est accélérée et plus de 4 000 nouveaux articles universitaires ont été publiés sur les vaccins, thérapies et traitements potentiels. Le traitement manuel de ce volume d'informations serait impossible à gérer pour faire avancer assez rapidement ces recherches dont nous avons un besoin urgent. L'IRB Barcelona Structural Bioinformatics and Network Biology Laboratory, dirigé par le chercheur de l'ICREA Patrick Aloy, s'est associé à Amazon pour développer un outil informatique qui accélérerait le processus. Grâce à l'intelligence artificielle, cet outil va « lire » tous ces articles et extraire toutes les informations pertinentes relatives aux molécules et traitements étudiés.
À travers une revue limitée de la littérature scientifique la plus pertinente, les chercheurs de l'IRB de Barcelone ont jusqu'à présent identifié plus de 150 composés – avec différents niveaux de preuves expérimentales – qui sont potentiellement actifs contre COVID-19. L'objectif est maintenant de trouver d'autres médicaments avec des caractéristiques similaires à celles-ci, élargissant ainsi le portefeuille de molécules d'intérêt et augmentant les possibilités d'en identifier un à haute efficacité. Les résultats sont déjà disponibles sur https://sbnb.irbbarcelona.org/covid19/.
Ce dont nous avons maintenant besoin, c'est que des groupes de recherche travaillant sur les traitements COVID-19 présentent leurs résultats. Les nouvelles molécules seront incorporées automatiquement une fois par jour, et ainsi toute la communauté scientifique disposera de données mises à jour, ce qui contribuera à éviter les doublons et générera de nouvelles hypothèses qui permettraient de trouver le traitement définitif. «
Patrick Aloy, chercheur ICREA
Collaboration rapide pour la découverte de médicaments
Le Chemical Checker est un outil informatique qui offre des informations sur 1 million de molécules à potentiel pharmacologique. «Le Chemical Checker vise à traiter et encoder des données complexes sur les effets que différents composés chimiques ont sur les organismes vivants, afin qu'ils puissent être incorporés dans les nouvelles technologies d'intelligence artificielle», explique Miquel Duran, chercheur du groupe IRB de Barcelone et premier auteur de l'étude.
En un peu plus d'une semaine, le laboratoire d'Aloy et Amazon ont établi une collaboration qui a permis d'affiner cet outil de bioinformatique. « Ce fut un plaisir pour nous de mettre notre capacité d'intelligence artificielle au service de la découverte de médicaments contre COVID-19 », explique Hugo Zaragoza, du groupe Amazon Search Science and AI. L'expérience d'Amazon avec l'exploration de texte, l'apprentissage automatique et la compréhension du langage naturel a permis à l'analyse automatique d'articles scientifiques d'être incorporée dans le Chemical Checker à un rythme rapide. «La collaboration avec Amazon a été essentielle pour que cet outil soit opérationnel si rapidement. Sans ses capacités de cloud computing et de traitement de texte AWS, cela aurait été impossible», explique Aloy.
L'IRB Barcelona s'engage dans la recherche sur COVID-19
Le Laboratoire de Bioinformatique Structurale et Biologie Réseau participe également au projet européen RiPCoN, consacré à l'identification des protéines humaines que le virus utilise pour son expansion. Ce projet vise à identifier des médicaments (déjà sur le marché ou en cours d'essais cliniques) pouvant moduler l'activité du virus et stopper sa réplication.
L'IRB Barcelona travaille également sur d'autres projets liés à COVID-19. L'un est consacré au développement d'un test de diagnostic simple et rapide pour détecter le virus, tandis qu'un autre se concentre sur le développement d'un traitement par pulvérisation pour COVID-19. Un autre projet vise à réduire le taux de mortalité du COVID-19 en trouvant un traitement pour le syndrome de détresse respiratoire aiguë, principale cause de décès par ce virus.
La source:
Institut de recherche en biomédecine-IRB
