Des chercheurs de l’Université de Houston travaillent à rendre l’immunothérapie par lymphocytes T plus sûre, en développant un outil appelé CrossDome, qui utilise une combinaison d’informations génétiques et biochimiques pour prédire si les immunothérapies par lymphocytes T pourraient attaquer par erreur des cellules saines.
Les immunothérapies à base de lymphocytes T recèlent un énorme potentiel dans la lutte contre le cancer et les maladies infectieuses, grâce à leur capacité à cibler spécifiquement les cellules malades, y compris les métastases cancéreuses. Néanmoins, ce potentiel a été tempéré par des problèmes de sécurité concernant la possible reconnaissance de cibles inconnues affichées par des cellules saines.
Dans un cas, les scientifiques ont créé des lymphocytes T spéciaux censés cibler une protéine présente dans un type de cancer de la peau appelé mélanome. Cependant, ces lymphocytes T ont également fini par attaquer une protéine différente présente dans les cellules cardiaques de certains patients. Cela a causé de graves dommages au cœur.
« Notre outil CrossDome aide à prédire les risques potentiels de l’immunothérapie à base de lymphocytes T. Il utilise une combinaison de différents types d’informations (appelées multi-omiques) pour faire des prédictions et déterminer si le traitement pourrait accidentellement endommager les cellules saines en plus de cibler le destinées aux cellules malades », a déclaré Dinler Antunes, professeur adjoint de biologie computationnelle et membre du Center for Nuclear Receptors and Cell Signaling. Son travail est publié dans Frontières en immunologie. « En analysant divers facteurs, CrossDome fournit des informations sur la sécurité des immunothérapies à base de lymphocytes T et peut aider les chercheurs à développer des traitements plus sûrs. »
Pour tester l’efficacité de CrossDome, Antunes et Andre F. Fonseca, un boursier postdoctoral du laboratoire d’Altunes, l’ont utilisé pour prédire les erreurs potentielles dans 16 cas bien connus de réactivité croisée des lymphocytes T, y compris le cas de mélanome et de lésions cardiaques. L’outil a identifié avec succès la protéine cardiaque comme cible potentielle pour les cellules T, la classant comme un candidat à haut risque parmi des milliers d’autres protéines.
Renforçant les résultats, Antunes a combiné des informations provenant de différents ensembles de données fonctionnelles pour aider à évaluer la quantité d’expression de certains gènes et la probabilité qu’ils se lient à une certaine molécule appelée HLA, pour déclencher une réponse immunitaire.
Cette information nous aide à décider quels gènes potentiels hors cible valent la peine d’être testés dans des expériences. »
Dinler Antunes, professeur adjoint de biologie computationnelle
Les utilisateurs de CrossDome peuvent être techniques ou non techniques. Il possède des fonctionnalités qui permettent un contrôle plus avancé pour ceux qui savent coder, ainsi qu’une interface facile à utiliser pour ceux qui n’ont pas d’expérience en codage.
