Une nouvelle étude publiée sur le serveur de prépublication medRxiv* suit les fluctuations de la charge virale chez les personnes récemment infectées par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). À cette fin, les chercheurs ont conclu que la collecte précoce d’échantillons peut indiquer que les échantillons d’une période antérieure aux valeurs du seuil de cycle (Ct) commencent à augmenter.
Étude: Dynamique du virus SARS-CoV-2 chez les personnes récemment infectées – Données d’une étude sur la transmission domestique. Crédit image : Jarun Ontakrai / Shutterstock.com
Sommaire
introduction
L’apparition de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a conduit à ce que des termes tels que la transcription inverse-réaction en chaîne par polymérase (RT-PCR) et les valeurs Ct deviennent courants dans la conversation quotidienne. Les valeurs Ct sont une mesure de la charge virale dans l’échantillon utilisé pour la RT-PCR et font référence au nombre de cycles d’amplification nécessaires avant qu’un gène cible présent dans l’échantillon n’atteigne des niveaux détectables.
Selon les auteurs de l’étude actuelle, la valeur Ct est plus précisément une mesure de la concentration d’acide ribonucléique viral (ARN) de l’ARN viral dans l’échantillon. Étant facilement et largement disponibles, les valeurs Ct sont souvent comparées entre les patients ou entre les communautés pour comprendre leur corrélation avec les caractéristiques des patients et la gravité de la maladie.
Les valeurs Ct peuvent varier en fonction du type d’échantillon, du type de test, de la qualité de l’échantillon et du moment au cours de l’infection. Parfois, des spécimens consécutifs sont utilisés au fil du temps pour réduire cette variabilité; cependant, un échantillonnage longitudinal aiderait mieux à suivre l’évolution naturelle de la maladie ou de l’infection, en particulier au niveau de la population.
L’étude actuelle discute des valeurs de RT-PCR chez les personnes nouvellement infectées, avec des échantillons quotidiens prélevés d’un ménage à l’autre sur plusieurs sites de manière prospective. Les valeurs de Ct ont ensuite été corrélées avec l’âge et les symptômes.
Résultats de l’étude
L’étude actuelle a été menée dans diverses communautés du Tennessee et du Wisconsin entre avril 2020 et mai 2021. Les premiers patients avaient été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 par RT-PCR à la demande du médecin ou d’un autre professionnel de la santé. Ces patients étaient des patients externes et vivaient avec une ou plusieurs personnes à l’époque.
Les contacts familiaux ont été identifiés et suivis dans les six jours suivant l’apparition des symptômes chez le premier patient, avec une collecte quotidienne d’écouvillons et des journaux de symptômes couvrant 16 symptômes pendant 14 jours. Des écouvillons nasaux antérieurs ont été prélevés par soi-même ou par les parents, deux tests renvoyant des valeurs Ct de 39 ou moins étant le critère d’inclusion comme positifs.
Il y avait environ 580 contacts familiaux d’environ 300 ménages inclus dans l’étude actuelle, dont 67 contacts de 50 ménages étaient des cas incidents. Environ 20 % des personnes avaient des maladies sous-jacentes et plus de 90 % étaient symptomatiques. Environ 40 % et 16 % avaient respectivement 18 à 49 ans et plus de 50 ans, et plus de 25 % avaient moins de 11 ans.
Les cas sont restés positifs pendant une médiane de 10 jours, qui était également la période médiane de test à partir du premier test positif. Le dernier échantillon prélevé est resté positif dans environ 60% des cas. La plupart des patients ont été testés le même jour que l’apparition des symptômes, environ la moitié des cas symptomatiques devenant positifs après le début des symptômes.
Une fois que les symptômes ont été signalés pour la première fois, la valeur Ct la plus basse s’est produite environ quatre jours plus tard après la date médiane du test positif, alors que dans les cas détectés accidentellement, le temps médian jusqu’à la valeur Ct la plus basse était de trois jours. Parmi les plus de 90 échantillons qui ont été soumis à la culture de 13 individus, une culture positive était liée à des valeurs Ct inférieures à environ 27 par rapport à plus de 28 pour les échantillons négatifs à la culture.
Les enfants et les adolescents avaient des valeurs de Ct beaucoup plus élevées par rapport aux adultes d’environ 3,5, tandis que ceux âgés de 50 ans ou plus avaient des valeurs de Ct inférieures d’environ -2 par rapport à ceux âgés de 18 à 49 ans. Les jours symptomatiques étaient liés à des valeurs de Ct plus faibles, y compris les jours où l’un des nombreux symptômes s’est produit ; cependant, cette tendance n’a pas été observée lorsque des douleurs abdominales, des vomissements ou des modifications du goût et/ou de l’odorat ont été signalés.
Courbes de valeur Ct au fil du temps depuis que chaque participant a été testé positif pour la première fois par rapport à chaque cible, au sein des groupes d’âge. Les points représentent les valeurs moyennes observées au sein des groupes d’âge et les barres verticales indiquent les intervalles de confiance bootstrap à 95 %. Les lignes lisses représentent les valeurs prédites du modèle additif généralisé des valeurs Ct au fil du temps, en tenant compte de l’âge et des mesures répétées. Le panneau A montre les résultats des participants âgés de 0 à 11 ans (triangle) par rapport au groupe de référence, âgés de 18 à 49 ans (cercle) ; Les panels B et C répètent cette comparaison avec les 12-17 ans ou 50 ans et plus. Chaque tracé de gauche à droite représente une cible SARS-CoV-2 de l’une des deux plateformes de test incluses (CDC 2019-Novel Coronavirus Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel ou le ThermoFisher TaqPathTM COVID-19 ComboKit).
Conséquences
Les résultats de l’étude confirment que les enfants et les adolescents ont une charge virale inférieure à celle des adultes, tandis que les adultes plus âgés ont des valeurs médianes de Ct plus élevées. Les résultats s’appliquent principalement aux variantes circulant avant l’émergence de la variante Alpha, mais corroborent des études antérieures montrant que les valeurs de PCR changent avec le type de test et le moment pendant l’infection. Certaines études antérieures ont également montré que les valeurs de Ct sont inférieures chez les enfants de moins de 5 ans par rapport aux enfants plus âgés ; cependant, cette différence nécessite des recherches supplémentaires.
Les explications possibles des résultats de l’étude comprennent la variation du moment de la collecte par rapport à l’évolution de l’infection, les variantes en circulation à ce moment-là, la gravité de la maladie ou la conception prospective de l’étude.
L’étude actuelle montre également que les jours où les symptômes apparaissent ont des valeurs de Ct plus faibles, tandis que les valeurs les plus basses se produisent une médiane de quatre jours après l’apparition des symptômes. Cela indique que l’ARN viral augmente plus longtemps que prévu après l’apparition des symptômes.
D’autres études seront nécessaires pour montrer que les cas incidents ne représentaient pas une proportion plus élevée de cas avec réplication retardée. Bien que les valeurs de Ct ne soient pas directement corrélées aux charges virales et, par conséquent, à l’infectiosité du patient, leur directionnalité peut indiquer une telle tendance où ces résultats deviennent plus importants pour montrer quand les patients sont les plus infectieux.
Dans l’étude actuelle, les échantillons prélevés dans les quatre jours suivant l’apparition des symptômes peuvent être plus susceptibles de provenir d’un moment où les valeurs de Ct diminuent.
Ces découvertes contribuent à notre compréhension des valeurs de Ct de RT-PCR pendant les infections SARS-CoV-9 2. Ils peuvent fournir un contexte pour interpréter les trajectoires des valeurs de Ct dans des populations similaires lors d’épidémies ultérieures de SRAS-CoV-2.”
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies
