L’augmentation des technologies de séquençage à haut débit a élargi la diversité connue de la virosphère. Ces technologies ont amélioré la fréquence et la précision de la surveillance virale. Dans une région métropolitaine amazonienne, des scientifiques étudient les communautés virales associées à l’interface homme-animal. Maintenant, une étude récente dans la revue Virus axé sur l’identification d’un nouvel artérivirus transmis par les rongeurs.
Étude : Novel Rodent Arterivirus détecté dans l’Amazonie brésilienne. Crédit d’image : flash de rue/Shutterstock
Sommaire
Arrière-plan
Le Comité international sur la taxonomie des virus (ICTV) a considéré la métagénomique comme une source importante d’informations biologiques, qui est utilisée pour la classification virale. Depuis la sortie de l’ICTV en 2014, le Artériviridés famille d’ordre Nidovirales a présentait une multiplication par six de la teneur en espèces. À l’heure actuelle, cette famille comprend treize genres, 11 sous-genres et 23 espèces. Parmi celles-ci, les sous-familles Variarterivirinae et Heroarterivirinae ont été associées aux rongeurs.
Les virus appartenant à les artériviridés ont été caractérisés comme des génomes d’ARN multi-cistron sphériques, enveloppés, simple brin et sens positif. Dans le cadre de leur organisation génomique, une variation marginale du cadre de lecture ouvert (ORF) a été observée parmi toutes les espèces appartenant à les artériviridés famille. Des domaines conservés ont été identifiés qui incluent les ORF 1a (protéase de type 3C-3CLpro) et 1b (ARN polymérase dépendante de l’ARN-RdRp). Ce sont des marqueurs standard pour les indices de distance génétique et les inférences phylogénétiques utilisés pour la différenciation taxonomique au sein de la famille.
Les virus de mammifères non humains au sein d’hôtes à large spectre, tels que les rongeurs, les musaraignes, les chevaux, les hérissons et les opossums, qui n’ont encore été attribués à aucune espèce, sont connus sous le nom d’artérivirides. La majorité des artérivirus, tels que le virus de la fièvre hémorragique simienne (SHFV) et le virus de l’artérite équine (EAV), sont des agents pathogènes d’importance vétérinaire. Cependant, le virus élevant la lactate déshydrogénase (LDV), qui appartient à les artériviridés famille, infecter les souris.
Les artérivirus de rongeurs les plus récemment décrits ont des origines africaines, asiatiques ou européennes. Ces virus ont été identifiés à partir d’échantillons prélevés en Ukraine, en Chine, au Cameroun, au Mozambique et en Tanzanie grâce à des études métagénomiques.
À propos de l’étude
L’étude actuelle fait partie d’une vaste étude de surveillance visant à explorer les communautés virales associées aux mammifères sauvages à l’interface homme-animal. Des échantillons de tissus ont été prélevés sur des mammifères sauvages à Santa Bárbara do Pará, au Brésil. Pour cette étude, des animaux ont été capturés à l’aide de pièges Tomahawk et Sherman dans des zones forestières proches des habitations humaines et des pratiques agricoles. Au total, 39 mammifères, 12 rongeurs, 18 marsupiaux et 9 chiroptères ont été capturés.
Des échantillons de sang et de sérum ont été prélevés sur les animaux capturés. Ces animaux ont ensuite été anesthésiés et euthanasiés. Par la suite, des échantillons de tissus des ganglions lymphatiques, de la rate, du cœur et des poumons ont été prélevés. Des échantillons de tissus de rongeurs ont été regroupés et analysés. Oecomys sp. a été identifié chez les rongeurs sur la base des caractéristiques morphologiques. Les rongeurs ne présentaient aucun signe apparent de maladie.
Carte de la zone de collecte dans le village Expedito Ribeiro de la municipalité de Santa Bárbara do Pará (État du Pará, Brésil) et sa localisation sur le territoire brésilien. Des pièges ont été placés dans le champ ouvert entourant les habitations humaines (A1–A3), la bordure du fragment de forêt (B1–B3) et sa région la plus intérieure (C1–C3). Les bases de données IBGE (2017) et Copernicus Sentinel (2017) ont été consultées pour préparer les cartes.
Résultats de l’étude
Un génome presque complet a été récupéré, qui contenait quatre contigs finaux liés à des artérivirides connus. La séquence génomique a révélé que le virus appartenait à les artériviridés famille.
ORF1a et ORF1b, qui sont les deux ORF les plus importants des génomes des artérivirides, ont été identifiés. Des ORF exprimant les protéines non structurelles (NSP) et les protéines structurelles (enveloppe (E), glycoprotéines (GP2 à GP5), membrane (M) et nucléocapside (N) ont été détectés. La recherche InterProScan a été utilisée pour détecter trois domaines de cystéine-protéase de NSP1 et NSP2, caractéristiques des artérivirus, dans la séquence prédite de la polyprotéine 1a.
Le génome mitochondrial complet de l’hôte a été récupéré, ce qui a montré une similitude de 99,38 % avec Oecomys paricola. Ce virus a provisoirement été nommé d’après le genre hôte, Oecomys arterivirus 1 (OAV-1). Dans l’analyse phylogénétique, ce nouvel artérivirus a été placé avec une valeur de bootstrap de support élevée à la branche la plus basale dans le clade des artérivirides porcins et rongeurs. Cela correspondait à la Variarterivirinae clade de la sous-famille, le taxon le plus proximal.
Même si la distance moyenne entre l’OAV-1 et les membres de la Variarterivirinae sous-famille dépasse légèrement la distance intragroupe maximale pour la sous-famille, ce taxon est le plus lié au virus. Les valeurs de distance entre OAV-1 et les Variarterivirines sont entièrement hors de la plage intergroupe.
Cette étude a révélé que l’OAV-1 est très divergent au niveau des acides aminés et des nucléotides, ce qui indique qu’il pourrait faire partie d’un clade distinct d’artérivirus. Ce clade pourrait être exclusif à la région. D’après l’analyse à distance, ce virus est une représentation divergente d’un nouveau genre dans le Variarterivirinae sous-famille.
conclusion
La découverte de nouveaux artérivirus peut remettre en question la classification taxonomique actuelle. Bien que les artérivirus soient des virus non humains, leur importance en tant qu’agents pathogènes de la faune et du bétail ne doit pas être négligée. Le rat de riz arboricole brésilien, Oecomys paricola, a été identifié comme l’hôte d’OAV-1. Étant donné que l’augmentation des contacts entre les espèces domestiques et sauvages favorise la propagation virale, d’autres études de surveillance sont nécessaires pour découvrir la diversité et les schémas coévolutifs de la Artériviridés famille en Amazonie.
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