Les nouveaux cas de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) au Royaume-Uni ont atteint un pic au cours de la première vague de la pandémie de COVID-19. Des interventions non pharmaceutiques agressives telles que la distanciation sociale et les verrouillages ont été mises en œuvre au Royaume-Uni pour ralentir la propagation du virus fin mars. Étant donné que le SRAS-CoV-2 est un nouveau virus et que les gens n’avaient pas d’immunité préalable contre le virus, les organisations de santé ont tenté de s’adapter à la pandémie avec de nouvelles politiques de contrôle des infections et des mesures non pharmaceutiques au cours des premières semaines de la pandémie.
Les principales interventions préventives introduites comprenaient des politiques de distanciation sociale communautaire qui ont conduit à un verrouillage obligatoire à l’échelle nationale, à la restriction des visiteurs de l’hôpital et à l’utilisation universelle des masques chirurgicaux par les agents de santé. En ce qui concerne l’incidence du SRAS-CoV-2, les cas nosocomiaux, les cas communautaires et l’infection dans une cohorte de soins de santé ont tous suivi le même cours et ont diminué peu après l’introduction de mesures de distanciation sociale communautaire. La forte prévalence de l’infection complique l’analyse de la transmission et, par conséquent, la contribution de divers vecteurs à l’infection nosocomiale ou l’efficacité de ces interventions non pharmaceutiques ne sont pas claires.
Actuellement, la deuxième vague de la pandémie est en cours dans de nombreux pays, y compris au Royaume-Uni et les systèmes de soins de santé sont submergés par les hôpitaux se préparant à un nouvel afflux de patients COVID-19. Par conséquent, il est essentiel de rassembler les données des premières semaines de la pandémie pour aider les organismes de santé à planifier les futures augmentations des cas.
Description épidémiologique des cas diagnostiqués lors de la première vague. Sur l’axe des y de gauche, le graphique à barres grises affiche les nouveaux cas au fil du temps entre le 10 mars et le 31 avril. Au cours de la même période, l’axe y de droite montre l’incidence des cas nosocomiaux (ligne orange) et la proportion (%) de TS dépistés avec une infection confirmée signalant l’apparition des symptômes (ligne noire) avec une période de pointe d’infectivité ± 2 jours (ligne noire en pointillés) ), avec séroprévalence IgG des TS (vert). Superposées, 5 dates clés de la politique publique et de la lutte contre les infections (A) le 13 mars; tests recommandés pour tous les patients hospitalisés souffrant de toux et de fièvre. (B) 16 mars; des conseils gouvernementaux solides pour la distanciation sociale; (C) 23 mars; mise en œuvre du verrouillage national (D) le 25 mars; exclusion des visiteurs de l’hôpital (E) 28 mars; utilisation obligatoire de masques chirurgicaux pour toutes les interactions patient de moins de 2 mètres.
Analyse épidémiologique et génomique combinée des cas nosocomiaux de SRAS-CoV-2
Récemment, une équipe de chercheurs du King’s College de Londres, du Guy’s and St Thomas ‘NHS Foundation Trust et de l’hôpital St Thomas de Londres a analysé des données complètes sur les séquences épidémiologiques et virales des nanopores de 574 patients atteints d’une infection par le SRAS-CoV-2 confirmée par une PCR. test en mars 2020. Cette analyse génomique et épidémiologique combinée couvre 19 jours de transmission communautaire massive à Londres au cours des premiers mois de la pandémie, qui était la principale durée de la transmission nosocomiale, avec 90 cas nosocomiaux certains ou probables dans l’établissement de santé.
Cette étude est publiée sur le serveur de pré-impression medRxiv*.
L’équipe a analysé des grappes de cas nosocomiaux en fonction du chevauchement des séjours en salle pendant la période d’incubation de 14 jours et de la similitude dans la séquence du génome du SRAS-CoV-2. Cette méthode a regroupé 63 (79%) des 80 cas nosocomiaux probables et confirmés séquencés en 14 grappes avec une médiane de 4 patients.
Ils n’ont trouvé aucun support génétique pour la plupart des grappes épidémiologiques et la génomique a révélé la présence de plusieurs flambées contemporaines dans des grappes épidémiologiques uniques. Les chercheurs ont mesuré et comparé l’enrichissement des hôpitaux aux cas de la communauté afin d’augmenter la confiance dans les grappes, qui étaient 1 à 14 fois enrichies.
Les agents de santé infectés ont été les principaux contributeurs à la transmission nosocomiale au cours de la première vague
En appliquant la génomique, ils ont pu estimer la période d’incubation pour la transmission nosocomiale, avec une limite inférieure médiane de 6 jours et une limite supérieure de 9 jours. Six grappes (43%) couvraient plusieurs quartiers et il y avait des preuves de transmission cryptique. Les cas d’apparition communautaire n’ont pas été trouvés dans plus de la moitié des grappes, en particulier sur le site de l’hôpital électif, ce qui montre que les agents de santé sont les vecteurs de transmission. Sur la base de ces résultats, les auteurs ont conclu que la distanciation sociale de la communauté avait un impact dominant sur la réduction de la transmission nosocomiale en réduisant l’infection chez les agents de santé.
En résumé, cette étude approuve l’utilisation systématique du séquençage du génome pour enquêter sur les épidémies de SRAS-CoV-2 et offre un cadre pour l’interprétation des données qui remet en question le recours excessif à l’épidémiologie seule dans ces enquêtes. Les données recueillies à partir de cette étude montrent que les agents de santé infectés de la communauté ont été les principaux contributeurs à la transmission nosocomiale lors de la première vague de la pandémie COVID-19, et cette transmission a été interrompue par la mise en œuvre de mesures de distanciation sociale communautaire.
Au cours de la deuxième vague, le retour de la transmission communautaire offre l’occasion d’examiner si la transmission nosocomiale revient avec la même intensité alors que des politiques universelles d’utilisation du masque et de distanciation sociale sont en place. Cela aidera à décider si des interventions supplémentaires telles que des tests réguliers ou un séquençage rapide du génome sont nécessaires pour arrêter la transmission nosocomiale. Actuellement, un essai clinique multi-sites étudie si le séquençage en temps réel pour analyser les flambées peut aider les équipes de lutte contre les infections à interrompre la transmission virale.
« En résumé, cette étude soutient l’utilisation courante du séquençage du génome pour l’enquête sur les épidémies de SRAS-CoV-2 et fournit un cadre pour l’interprétation des données qui remet en question le recours continu à l’épidémiologie seule. »
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
Référence du journal:
- L’analyse épidémiologique et génomique combinée de la transmission nosocomiale du SRAS-CoV-2 identifie la distanciation sociale communautaire comme l’intervention dominante pour réduire les épidémies Luke B Snell, Chloe L Fisher, Usman Taj, Blair Merrick, Adela Alcolea-Medina, Themoula Charalampous, Adrian W Signell, Harry D Wilson, Gilberto Betancor, Mark Tan Kia Ik, Emma Cunningham, Penelope R Cliff, Suzanne Pickering, Rui Pedro Galao, Rahul Batra, Stuart JD Neil, Michael H Malim, Katie J Doores, Sam T Douthwaite, Gaia Nebbia, Jonathan D Edgeworth , Ali R Awan, consortium COVID-19 Genomics UK (COG-UK) medRxiv 2020.11.17.20232827; doi: https://doi.org/10.1101/2020.11.17.20232827, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.11.17.20232827v1