Une équipe de scientifiques des États-Unis a récemment décrit la transmission d’un comté à l’autre du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans le Minnesota. L’étude est actuellement disponible sur le medRxiv* serveur de préimpression.
Sommaire
Arrière plan
L’épidémiologie génomique a fourni une compréhension approfondie de la dynamique de transmission et du schéma d’évolution du SRAS-CoV-2, l’agent pathogène responsable de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). De nombreuses études ont été menées pour déterminer la transmission localisée du SRAS-CoV-2 dans un État ou une province. Ces études sont précieuses pour la surveillance génomique à l’échelle de l’État et les efforts de prévention.
Pour comprendre l’impact collectif de la transmission virale d’un comté à l’autre sur la dynamique virale au sein de l’État, il est important d’étudier comment les événements d’introduction virale et la circulation de diverses variantes préoccupantes (COV) induisent des changements dans l’évolution et la transmission virales localisées tout au long de la pandémie .
Étudier le design
Dans l’étude actuelle, les scientifiques ont séquencé des génomes viraux prélevés sur plus de 22 000 patients positifs au SRAS-CoV-2 pendant deux ans pendant la pandémie. Ils ont effectué une phylodynamique bayésienne pour déterminer la transmission d’un comté à l’autre du SRAS-CoV-2 et l’impact et le moment des événements d’introduction dans l’État du Minnesota.
En outre, ils ont lié les données génomiques virales aux caractéristiques des patients et aux phénotypes de la maladie pour déterminer la structure génétique des génomes spécifiques aux variants en relation avec la gravité clinique de la maladie.
Transmission virale à l’échelle de l’État
Les résultats de la phylodynamique bayésienne ont révélé que les virus principalement en circulation dans l’État provenaient du comté de Hennepin, la plus grande population du Minnesota. Le comté de Ramsey, le deuxième comté le plus peuplé, était également associé à l’évolution précoce et à la transmission du SRAS-CoV-2.
L’estimation du rapport entre les événements d’introduction et le flux viral total entrant et sortant de chaque comté a révélé qu’Anoka, Dakota, Ramsey, Stearns et Washington ont connu de nombreux événements d’introduction au début de la pandémie. Bien qu’il y ait eu un équilibre entre les événements d’introduction et de sortie virale à Anoka, Ramsey et Stearns, des événements d’introduction systématiquement plus élevés que les événements de sortie virale ont été observés dans le Dakota et Washington.
La dynamique de transmission la plus contrastée a été observée dans le comté de Hennepin, qui a systématiquement produit un flux viral plus important dans d’autres comtés tout au long de la pandémie. Ce comté a connu une augmentation transitoire des événements d’introduction lorsque la variante alpha a commencé à circuler dans l’État. Au cours de cette phase, une réduction des événements d’écoulement viral a été observée dans le comté de Hennepin.
En outre, les événements d’introduction internationale les plus fréquents se sont produits dans le comté de Hennepin au cours de la phase initiale de la pandémie, avec un total de 119 événements distincts sur une période de deux ans au cours de la pandémie.
Impact des mesures de contrôle
L’analyse de la diversité virale spécifique au comté a révélé que les restrictions imposées par le gouvernement jouaient un rôle important dans la réduction de la diversité des virus en circulation dans la plupart des comtés. Cela indique un faible mélange spatial du SRAS-CoV-2 entre les comtés.
Cependant, une forte augmentation de la diversité virale a été observée immédiatement après la suppression des restrictions dans l’État en mai 2021. De tels événements de mélange spatial de virus ont conduit à une induction dans les cas de COVID-19 et à la circulation de la variante omicron dans l’État.
Relation évolutive entre les variantes virales et les résultats cliniques du COVID-19
Plus de 14 000 génomes viraux ont été liés aux caractéristiques des patients et aux phénotypes COVID-19 pour comprendre la relation entre l’évolution virale et les résultats cliniques.
Les résultats ont révélé que l’évolution génétique des variantes d’omicron dans l’état était structurée par les résultats cliniques lors de la stratification par facteurs de risque du patient et COV. La majorité des résultats étaient des cas cliniques légers ou modérés. Cependant, aucune relation de ce type n’a été observée pour les variants alpha et delta.
Importance de l’étude
L’étude décrit la transmission de comté à comté du SRAS-CoV-2 dans le Minnesota. Le comté de Hennepin a été identifié comme la principale source d’événements d’introduction de comté à comté après ses premiers événements d’introduction internationaux au début de 2020.
Surtout, l’étude met en évidence l’importance des restrictions liées à la pandémie dans la réduction de la transmission virale entre les comtés.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
