Des scientifiques de l’Université de Liverpool ont exploité la puissance combinée de la génomique et de l’épidémiologie pour comprendre comment un type de bactérie Salmonella a évolué pour tuer des centaines de milliers de personnes immunodéprimées en Afrique.
Infections de la circulation sanguine causées par un type de Salmonella Typhimurium appelé ST313 sont un problème majeur de santé publique en Afrique, où la maladie est endémique et cause environ 50 000 décès chaque année.
Ce qui manquait était une compréhension du moment des événements évolutifs majeurs qui ont équipé les salmonelles africaines pour provoquer des infections sanguines chez l’homme.
Dans un nouvel article publié dans Microbiologie de la nature, une équipe de chercheurs du Royaume-Uni, de France et du Malawi, a échantillonné deux collections complètes d’isolats de Salmonella provenant de patients africains atteints d’infections sanguines, couvrant 1966 à 2018, pour reconstituer le parcours évolutif de Salmonella sur 50 ans d’infections humaines en Afrique , y compris la découverte d’une nouvelle lignée de ST313 sensible aux antibiotiques.
L’étude a été dirigée par le professeur Jay Hinton de l’Université de Liverpool, qui fait des recherches sur Salmonella depuis plus de 30 ans et dirige le 10000 Salmonella Genomes Project – un effort mondial pour comprendre l’épidémiologie, la transmission et la virulence de la salmonellose invasive non typhoïde. .
Grâce à un effort d’équipe remarquable, nous avons éliminé une partie du mystère sur l’évolution de la salmonelle africaine. Nous espérons qu’en apprenant comment ces agents pathogènes sont devenus capables d’infecter la circulation sanguine humaine, nous serons mieux préparés à lutter contre les futures épidémies bactériennes. «
Jay Hinton, professeur, Université de Liverpool
Dans l’étude, les scientifiques ont séquencé les génomes de 680 isolats de Salmonella, à partir d’archives conservées par le programme de recherche clinique Malawi Liverpool Wellcome Trust (MLW) et l’Institut Pasteur, et les ont utilisés pour découvrir la chronologie des événements génétiques cruciaux responsables de l’infection des immunodéprimés. humains par S. Typhimurium ST313. Les mutations qui ont influencé la fonction des gènes au cours de l’évolution de ST313 ont été identifiées pour la première fois.
L’équipe a également découvert une nouvelle lignée sensible aux antibiotiques de ST313 qui a émergé au Malawi en 2016 et est étroitement liée aux variantes de Salmonella qui provoquent des infections de l’estomac au Royaume-Uni et au Brésil.
Les chercheurs pensent que les changements dans l’utilisation des antibiotiques au Malawi entre 2002 et 2015 auraient pu créer une fenêtre d’opportunité pour l’émergence de cette nouvelle lignée ST313 sensible aux antibiotiques.
Le Dr Caisey Pulford, qui a mené une grande partie de la recherche dans le cadre de son doctorat, a déclaré: «En combinant la puissance de l’analyse génomique avec l’épidémiologie, les observations cliniques et les connaissances fonctionnelles, nous avons montré l’intérêt d’utiliser une approche intégrée pour relier la recherche scientifique avec la santé publique. «
La source:
Référence du journal:
Pulford, CV, et al. (2020) Évolution par étapes de Salmonella Typhimurium ST313 provoquant une infection du sang en Afrique. Microbiologie de la nature. doi.org/10.1038/s41564-020-00836-1.
