Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), qui est le virus responsable de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), a été initialement détecté à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. Le SRAS-CoV-2 est un virus rapidement virus en évolution avec un taux de mutation d’environ 9,8 x 10-4 substitutions par site et par an, ainsi qu’un taux élevé de renouvellement des lignées.
Étudier: L’analyse des variantes du SRAS-CoV-2 de 24 181 patients illustre le rôle de la mondialisation et de la zoonose dans les pandémies. Crédit d’image : solarseven/Shutterstock.com
Sommaire
Les différentes courbes nationales des cas de COVID-19
Différents schémas épidémiques provoqués par le SRAS-CoV-2 ont été observés dans différents pays du monde. Une courbe en cloche, typique d’une infection respiratoire virale saisonnière, a été observée en Asie. Comparativement, la courbe en cloche enregistrée dans les pays occidentaux a connu un ou deux pics.
À Marseille, en France, une courbe en forme de cloche a été observée lors de la première vague de COVID-19, qui n’a été suivie de presque aucune incidence entre mai et juin 2020. Cependant, une augmentation rapide des cas de COVID-19 s’est produite en juillet 2020, provoquant ainsi la courbe de cette ville diffère de la courbe unique en forme de cloche qui est typique de la plupart des infections virales respiratoires. On pensait que cette augmentation du nombre de cas correspondait à l’émergence de nouveaux génotypes du SRAS-CoV-2.
Classification des variantes du SARS-CoV-2
Des études de séquençage de nouvelle génération ont conduit à la détection de diverses lignées de SRAS-CoV-2 présentant différentes caractéristiques génétiques, cliniques et épidémiologiques. La classification et la dénomination de ces différentes lignées sont nécessaires pour communiquer à leur sujet.
Cependant, la dénomination des variantes du SRAS-CoV-2 était difficile pour plusieurs raisons. Premièrement, le virus évolue par variation génétique continue, ce qui le conduit à avoir un taux de mutation élevé. Deuxièmement, une association entre le SARS-CoV-2 existe avec d’autres réservoirs animaux, notamment les visons.
Certains des systèmes de nommage spécifiques au SRAS-CoV-2 incluent Nextstrain, GISAID, Pangolin et l’Organisation mondiale de la santé. Bien que ces systèmes soient utiles, ils ne sont pas utiles pour fournir des informations sur les tendances génétiques locales et corréler les caractéristiques épidémiologiques et cliniques avec ses modèles génotypiques.
Une étude récente publiée dans le serveur de pré-impression medRxiv* visaient à utiliser leur propre classification et dénomination des différentes lignées du SRAS-CoV-2 qui aideraient à surveiller leurs caractéristiques génétiques et leurs origines géographiques.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les taux de mortalité quotidiens du COVID-19 ont été obtenus auprès de l’Université John Hopkins, qui couvre les données acquises dans 221 pays et lieux entre le 22 avril 2020 et le 24 juin 2021. Des processus d’exploration de données ont ensuite été utilisés pour déterminer la dynamique de COVID-19 à l’échelle du pays.
Le génotypage du SRAS-CoV-2 à partir d’échantillons nasopharyngés a eu lieu entre février 2020 et août 2021. Les échantillons, qui avaient une valeur seuil de cycle (Ct) inférieure à 20, ont été envoyés pour un séquençage du génome entier. Les échantillons avec une valeur Ct comprise entre 20 et 30 ont été utilisés pour une couverture complète de la période d’étude, tandis que les échantillons avec une valeur Ct de plus de 30 ont subi des tests qualitatifs de réaction en chaîne par polymérase (qPCR).
De plus, une analyse de la séquence du génome a été effectuée pour déterminer le nombre de changements de nucléotides dans le génome et le nombre de changements d’acides aminés dans la protéine de pointe du SRAS-CoV-2. Enfin, une reconstruction phylogénétique a été réalisée pour déterminer toutes les mutations dans la souche la plus récente qui correspondaient à chacun des variants.
Résultats de l’étude
Les résultats de la présente étude indiquent que les pays isolés géographiquement ou politiquement n’ont été confrontés qu’à un seul épisode épidémique et n’avaient donc qu’une seule courbe en cloche. Alors qu’en Europe et aux États-Unis, plusieurs épidémies se sont produites successivement impliquant différentes variantes virales.
La ville de Marseille, qui a été un lieu important pour le traçage des épidémies de choléra et de peste dans le passé, a également montré des tendances similaires lors de la pandémie de SRAS-CoV-2. Il a été observé que la première infection par le SRAS-CoV-2 impliquait des personnes qui vivaient dans le nord-ouest de l’Italie et à la frontière franco-italienne. La frontière a été fermée après la première phase de l’épidémie, mais a été ouverte au début de l’été 2020 et a été rapidement suivie d’une courte épidémie.
Cette épidémie a indiqué l’émergence d’une nouvelle variante, nommée Marseille-1, originaire d’Afrique subsaharienne. Cette épidémie a pris fin en moins de deux mois et la variante ne s’est pas propagée au-delà de Marseille.
Cette période a été suivie par l’introduction d’une deuxième souche nommée Marseille-2 originaire d’Espagne au début de l’été 2020. En 2021, la variante Alpha a été introduite par des Français revenus du Royaume-Uni. Deux autres variantes dont les souches Beta et Marseille-501 ont été introduites par des personnes d’origine comorienne.
La variante Delta a été importée d’un marin indien qui a voyagé de l’Inde à Marseille au printemps 2020. Deux autres variantes ont été importées en 2021 de Colombie et de la République de Guinée. Ainsi, il a été observé que les voyages jouaient un rôle important dans l’introduction et la propagation de nouvelles variantes du SARS-CoV-2.
Les résultats de l’étude ont également révélé que le rôle des épizooties dans les troupeaux d’animaux n’était pas pris en compte dans la génération de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 et leur transmission à l’homme. On a découvert que les visons jouaient un rôle majeur dans l’expansion de la pandémie.
Au Danemark et aux États-Unis, les visons se sont avérés être une source de nouvelles variantes du SARS-CoV-2. En fait, la variante Marseille-4 est également issue de visons. Une grande épidémie à travers l’Europe a ensuite été causée par la variante Marseille-4.
La présente étude a également montré que différentes variantes du SRAS-CoV-2 signalaient différents schémas cliniques d’infection. Les patients infectés par Marseille-1, par exemple, ont signalé une incidence réduite de rhinite et de dyspnée et étaient moins susceptibles d’être hospitalisés par rapport au Nextstrain clade 20A à Marseille entre février et mai 2020.
De plus, les patients infectés par Marseille-4 étaient plus susceptibles d’être hospitalisés que ceux infectés par Marseille-1. Il a également été observé que les patients infectés par les variantes Alpha, Beta et Gamma étaient moins susceptibles d’être hospitalisés que ceux infectés par la variante Marseille-1.
Étudier les plats à emporter
Les auteurs ont conclu que les différentes vagues de l’épidémie sont provoquées par différentes variantes du SRAS-CoV-2. La principale source de ces variantes est les voyages transfrontaliers et les réservoirs animaux. Ainsi, un contrôle efficace des frontières et une surveillance régulière des élevages peuvent contribuer à réduire l’incidence des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 et l’apparition de nouvelles épidémies.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
