En seulement trois semaines après que la variante omicron a été identifiée pour la première fois parmi les patients méthodistes de Houston, cette variante a rapidement pris le relais et est devenue la cause d’une majorité de nouveaux cas. En revanche, la variante delta a mis environ trois mois pour atteindre ce même jalon après la détection initiale. Causant 98% de tous les nouveaux cas de COVID-19 au début de 2022, omicron avait infecté 4 468 des patients de Houston Methodist au 5 janvier.
Dans ce qui est la première étude américaine évaluée par des pairs portant sur les patients omicron et leurs résultats, les médecins-chercheurs méthodistes de Houston révèlent que les patients omicron sont nettement plus jeunes, ont des taux de percée vaccinale accrus, sont moins susceptibles d’être hospitalisés et ont des durées de séjour à l’hôpital plus courtes que patients atteints de COVID-19 causée par les variantes alpha ou delta. Conformément à cette diminution de la gravité de la maladie, les patients infectés par la variante omicron du COVID-19 ont nécessité une assistance respiratoire moins intense et ont eu des séjours hospitaliers plus courts.
Les résultats de cette étude sont décrits dans un article intitulé « Signaux d’une percée vaccinale significativement accrue, d’une diminution des taux d’hospitalisation et d’une maladie moins grave chez les patients atteints de COVID-19 causée par la variante Omicron du SRAS-CoV-2 à Houston, Texas » apparaissant 3 février dans The American Journal of Pathology. James M. Musser, MD, Ph.D., président du Département de pathologie et de médecine génomique de Houston Methodist, est l’auteur correspondant de l’étude.
Comparé aux patients méthodistes de Houston infectés par des variantes alpha ou delta, l’âge médian des patients omicron était de 44,3 ans, contre 50 ans pour alpha et 48,3 ans pour delta ; la durée de séjour des patients hospitalisés était de 3,2 jours pour omicron, 5,1 jours pour alpha et 5,4 jours pour delta ; et omicron ont entraîné 55,4 % des percées chez les patients vaccinés, alors que seulement 5,4 % et 0,9 % des patients vaccinés étaient infectés par les variantes alpha et delta, respectivement.
À la mi-janvier, les chercheurs ont également identifié trois patients porteurs de la variante BA.2 « stealth omicron », qui nécessite un séquençage du génome entier pour la distinguer de delta et de la souche originale BA.1 omicron. Il s’agissait des trois premiers cas « d’omicron furtif » découverts au Texas.
Houston Methodist possède l’une des études de séquençage du génome du virus SARS-CoV-2 les plus importantes et les plus complètes du pays, analysant le génome de chaque échantillon COVID-19 positif identifié dans tout le système hospitalier de Houston Methodist. Pour devancer le virus et détecter les mutations qui affectent les résultats des patients, comme provoquer une maladie plus grave ou avoir un impact néfaste sur les traitements et les vaccins, Houston Methodist a séquencé près de 80 000 génomes du virus SARS-CoV-2 depuis le début de la pandémie.
