Dans une étude récente publiée sur le bioRxiv* serveur de prépublication, une équipe de chercheurs des États-Unis a examiné l’antigénicité de la sous-variante BA.2.86 du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) récemment apparue, à l’aide d’anticorps monoclonaux et d’échantillons de sérum provenant d’individus ayant déjà souffert du SRAS-CoV-2. infections et vaccinations complètes.
Étude : Antigénicité et affinité pour les récepteurs de la pointe SARS-CoV-2 BA.2.86. Crédit d’image : Fernando Astasio Avila/Shutterstock
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
Comprendre le virus en évolution
Bien que la morbidité et la mortalité associées à la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) aient été maîtrisées après le développement rapide de divers vaccins et méthodes de traitement basées sur les anticorps monoclonaux, le SRAS-CoV-2 continue d’évoluer. Les sous-variantes émergentes de la variante SARS-CoV-2 Omicron sont également de plus en plus éloignées dans leur composition génétique de leurs prédécesseurs. La sous-variante BA.2.86 nouvellement émergente est aussi génétiquement divergente de la sous-variante BA.2 que la variante Omicron BA.1 l’était de la variante Delta.
BA.2.86 porte 34 mutations supplémentaires par rapport à la variante BA.2 à partir de laquelle il a évolué, le domaine N-terminal (NTD) et le domaine de liaison au récepteur (RBD) contenant respectivement 13 et 14 mutations. Le grand nombre de mutations dans la région de la protéine Spike est préoccupante car elles peuvent augmenter la capacité du virus à échapper aux anticorps neutralisants provoqués par les vaccinations ou les infections antérieures et aux anticorps monoclonaux actuellement utilisés en clinique. Par conséquent, il est essentiel d’évaluer l’efficacité des anticorps monoclonaux cliniquement utilisés et l’immunité obtenue par les vaccinations et les infections antérieures par le SRAS-CoV-2 contre la sous-variante BA.2.86.
Conception et méthodologie de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont collecté des échantillons de sérum auprès de trois cohortes cliniques composées d’individus qui avaient été vaccinés avec trois injections du vaccin monovalent et deux injections du vaccin bivalent à base d’acide ribonucléique messager (ARNm) et d’individus ayant présenté des infections percées du BA. .2 et sous-variantes XBB. Des infections antérieures par le SRAS-CoV-2 ont été confirmées à l’aide du test immuno-enzymatique anti-nucléoprotéine, tandis que les souches spécifiques ont été identifiées par séquençage.
Le virus de la stomatite vésiculaire a été utilisé pour développer des virus pseudotypés contenant les protéines de pointe de deux versions de la sous-variante BA.2.86 et des sous-variantes BA.2, EG.5.1 et XBB.1.5. Les virus pseudotypés ont été utilisés pour évaluer l’antigénicité du sous-variant BA.2.86 et la comparer à celle des autres sous-variants grâce à des tests de neutralisation sérique utilisant les échantillons de sérum des trois cohortes.
Un panel de 25 anticorps monoclonaux efficaces contre la sous-variante BA.2 a été utilisé pour évaluer la capacité de BA.2.86 à échapper aux anticorps neutralisants, EG.5.1 et XBB.1.5 étant utilisés comme comparateurs. Sur les 25 anticorps monoclonaux, 20 ciblaient quatre classes d’épitopes RBD, tandis que le reste ciblait le NTD et les sous-domaines 1 et 2.
De plus, le rôle de chacune des 34 mutations de pointe de BA.2.86 dans l’antigénicité du sous-variant a été évalué en synthétisant les 34 mutations ponctuelles et en construisant des virus pseudotypés avec chacune de ces mutations en utilisant le sous-variant BA.2 comme arrière-plan. L’antigénicité de ces virus pseudotypés a ensuite été évaluée contre un panel de 25 anticorps monoclonaux.
La résonance plasmonique de surface a été utilisée pour déterminer l’affinité de liaison de la sous-variante BA.2.86 au récepteur viral à l’aide de la protéine cristallisable (Fc) du fragment dimère de l’enzyme de conversion de l’angiotensine humaine-2 (ACE-2). Les affinités obligatoires des protéines de pointe de deux versions de BA.2.86, ainsi que celles des sous-variantes BA.2, EG.5.1 et XBB.1.5, ont été testées.
Principales conclusions
Les résultats ont indiqué que la sous-variante BA.2.86 n’était pas résistante aux anticorps neutralisants obtenus à partir des échantillons de sérum d’individus présentant des infections révolutionnaires BA.2 ou XBB ou d’individus en bonne santé et entièrement vaccinés. En outre, les échantillons de sérum provenant d’individus atteints d’infections révolutionnaires par XBB ont montré une activité neutralisante robuste contre BA.2.86, indiquant que les vaccins monovalents à ARNm développés à l’aide de XBB.1.5 pourraient protéger contre BA.2.86.
Cependant, les tests de neutralisation utilisant le panel d’anticorps monoclonaux ont révélé que tous les anticorps monoclonaux ciblant le sous-domaine 1 n’étaient pas efficaces contre la sous-variante BA.2.86. BA.2.86 était également résistant aux anticorps monoclonaux ciblant les épitopes des classes RBD 2 et 3, mais était sensible à ceux qui ciblaient les épitopes des classes RBD 1 et 4/1. De plus, alors que certaines des nouvelles mutations de BA.2.86 entraînaient une résistance aux anticorps, d’autres mutations entraînaient une sensibilité aux anticorps, ce qui expliquait pourquoi la distance antigénique entre BA.2.86 et son prédécesseur n’était pas significative malgré la distance génétique importante.
Par ailleurs, la sensibilité à la neutralisation par les anticorps monoclonaux ciblant les classes RBD 1 et 4/1 indique que le RBD de la sous-variante BA.2.86 est plus exposé que celui des sous-variantes EG.5.1 ou XBB.1.5 puisque les classes RBD 1 et 4 /1 Les anticorps monoclonaux ciblent la face interne du RBD lorsque le RBD est dans la configuration « up ». Cependant, cela indique également que BA.2.86 avait une affinité de liaison plus de deux fois supérieure au récepteur ACE-2 puisque le RBD est également dans la configuration « up » pendant la liaison au récepteur.
Dans l’ensemble, les résultats suggèrent que BA.2.86 était sensible aux anticorps neutralisants provenant de sérums humains, en particulier de ceux présentant des infections révolutionnaires par XBB. Cependant, les anticorps monoclonaux ciblant les épitopes des classes 2 et 3 du RBD, ou du sous-domaine 1, étaient inefficaces contre BA.2.86. De plus, l’affinité obligatoire de BA.2.86 pour le récepteur viral était plus de deux fois supérieure à celle des sous-variantes précédentes.
Il y a eu de nombreux articles expérimentaux sur BA.2.86 le mois dernier. Celui-ci du groupe de David Ho est l’un des plus complets : https://t.co/iPWlTH8MEa
Je vais résumer rapidement les points clés pour les personnes ayant du mal à suivre tous les récents articles BA.2.86.
– Laboratoire Bloom (@jbloom_lab) 28 septembre 2023
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
