Une équipe de recherche financée par les National Institutes of Health a montré que les tests antigéniques rapides disponibles dans le commerce peuvent détecter des variantes préoccupantes passées et présentes et a identifié des mutations potentielles qui pourraient avoir un impact sur les performances des tests à l’avenir. Alors que de nouvelles variantes du virus SARS-CoV-2 continuent d’apparaître, des inquiétudes ont été soulevées quant à la performance des tests antigéniques rapides.
L’équipe, qui a été financée par l’accélération rapide des diagnostics des NIH (RADx®) Tech program, a développé une méthode pour évaluer comment les mutations du SRAS-CoV-2 peuvent affecter la reconnaissance par les anticorps utilisés dans les tests antigéniques rapides. Étant donné que la plupart des tests antigéniques rapides détectent la protéine de la nucléocapside du SRAS-CoV-2, ou protéine N, l’équipe a directement mesuré l’impact des mutations de la protéine N sur la capacité des anticorps diagnostiques à reconnaître leur cible.
Les tests antigéniques rapides restent un outil important d’atténuation du COVID-19, et il est essentiel de s’assurer que ces tests peuvent détecter le virus SARS-CoV-2 à mesure qu’il continue d’évoluer. Compte tenu du cycle sans fin de nouvelles variantes, les données de cette étude seront utiles pour les années à venir. »
Bruce J. Tromberg, Ph.D., directeur du National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIBIB) et responsable du programme RADx Tech au NIH
L’étude, publiée dans Cellule, ont utilisé une méthode appelée balayage mutationnel profond pour évaluer simultanément comment toute substitution d’acide aminé unique dans la protéine N pourrait affecter la liaison des anticorps diagnostiques. Les chercheurs ont généré une bibliothèque exhaustive des variations de la protéine N, qui comprend près de 8 000 substitutions d’acides aminés uniques – représentant plus de 99,5 % de toutes les mutations possibles – et ont évalué leur interaction avec 17 anticorps de diagnostic différents utilisés dans 11 tests antigéniques rapides disponibles dans le commerce. Les tests antigéniques rapides utilisent souvent deux anticorps diagnostiques différents pour la détection du virus SARS-CoV-2.
Pour chaque anticorps diagnostique évalué, les chercheurs ont documenté quelles mutations de la protéine N affectaient la reconnaissance des anticorps. À partir de ces informations, ils ont créé un «profil de mutation d’échappement» pour chaque anticorps, qui répertorie les mutations spécifiques de la protéine N qui ont un effet sur la capacité de l’anticorps à se lier à sa cible. Alors que plusieurs anticorps diagnostiques reconnaissaient la même région de la protéine N, les chercheurs ont découvert que chaque anticorps avait un profil de mutation d’échappement unique. Alors que le virus SARS-CoV-2 continue de développer des mutations, ces données peuvent être utilisées pour signaler des anticorps spécifiques dont les performances diagnostiques peuvent devoir être réévaluées.
« Sur la base de nos découvertes, aucune des principales variantes préoccupantes passées et présentes du SRAS-CoV-2 ne contient de mutations de la protéine N qui affecteraient la reconnaissance par les anticorps utilisés dans les tests antigéniques rapides actuels », a déclaré le premier auteur de l’étude, Filipp Frank, Ph.D. , professeur adjoint au département de biochimie de l’Université Emory d’Atlanta. « En outre, ces données pourraient éclairer la conception des tests en identifiant les anticorps diagnostiques à associer pour identifier la quantité maximale de variations potentielles de la protéine N. »
« L’identification précise et efficace des personnes infectées reste une stratégie d’une importance cruciale pour l’atténuation du COVID-19, et notre étude fournit des informations sur les futures mutations du SRAS-CoV-2 qui pourraient interférer avec la détection », a déclaré l’auteur principal de l’étude, Eric Ortlund, Ph.D. , professeur au département de biochimie de l’Université Emory. « Les résultats décrits ici peuvent nous permettre de nous adapter rapidement au virus alors que de nouvelles variantes continuent d’émerger, ce qui représente un impact clinique et de santé publique immédiat. »
Alors que de nombreuses variantes préoccupantes contiennent de multiples mutations de la protéine N, les auteurs de l’étude notent que leur méthode n’évalue pas comment de multiples mutations pourraient affecter la reconnaissance diagnostique des anticorps, ce qui représente une limitation de l’étude.
Le projet a été soutenu en partie par des fonds de l’American Rescue Plan Act de 2021 administré par NIBIB sous les numéros de prix U54EB015408 et U54EB027690. Le travail a également été soutenu sous le numéro de prix 75N92019P00328. Ce soutien faisait partie de l’initiative RADx, lancée pour accélérer l’innovation dans le développement, la commercialisation et la mise en œuvre de technologies pour les tests COVID-19.
