Étant donné que les séquences génétiques du SRAS-CoV-2, la cause de la nouvelle pneumonie (COVID-19), sont similaires à celles du virus du SRAS de 2003, le SARS-CoV, les connaissances et les données du SARS-CoV peuvent être utiles pour trouver des moyens de combattre COVID-19. Une telle approche a été utilisée par une équipe de recherche de l'Université des sciences et technologies de Hong Kong (HKUST) dirigée par le professeur Matthew McKay, des départements de génie électronique et informatique et de génie chimique et biologique, et le Dr Ahmed Abdul Quadeer, pour établir une plate-forme Web unique en son genre pour signaler les recommandations de cibles de vaccins pour COVID-19, afin d'aider les scientifiques du monde entier à rechercher un vaccin COVID-19 efficace.
La plate-forme, appelée «COVIDep», met en œuvre les idées présentées par l'équipe dans une étude antérieure pour signaler des fragments viraux, appelés épitopes, qui peuvent déclencher des réponses immunitaires humaines contre le SRAS-CoV, et qui ont également une correspondance génétique étroite dans le SRAS-CoV- 2. Les épitopes identifiés peuvent guider la conception de vaccins contre le SRAS-CoV-2, car ils représentent des parties du virus pour lesquelles une réponse immunitaire protectrice robuste peut être montée. Il peut également aider à guider les expériences de laboratoire pour comprendre les réponses immunitaires montées par les personnes infectées par COVID-19 et pour sonder les réponses immunitaires déclenchées par les candidats vaccins existants.
La nouvelle plateforme rassemble quotidiennement toutes les séquences SARS-COV-2 disponibles, soit plus de 33 000 au 28 juin, et fournit à la communauté scientifique des informations à jour sur les cibles immunitaires (épitopes des cellules B et T) potentiellement capable d'induire une réponse immunitaire protectrice contre le virus. La mise à jour périodique du système est importante car les séquences du SRAS-CoV-2 sont rendues disponibles à un rythme sans précédent, et la recommandation de cibles vaccinales est influencée par la variation génétique nouvellement observée du SARS-CoV-2. Pour les épitopes de lymphocytes T recommandés, la plateforme présente une estimation de la couverture de la population, à l'échelle mondiale et pour des régions spécifiques. Cela peut être utile pour déterminer le pourcentage d'individus dans une population spécifique qui devrait développer une réponse immunitaire contre un épitope, s'il devait être sélectionné comme cible vaccinale.
Les recommandations fournies par COVIDep peuvent être utilisées pour guider largement les conceptions de vaccins et les études expérimentales associées, et peuvent aider à accélérer la découverte d'un vaccin efficace pour COVID-19. De nombreuses cibles vaccinales ou immunitaires recommandées par COVIDep sont appuyées par de nouvelles études expérimentales sur le SRAS-CoV-2. C'est-à-dire que des réponses immunitaires contre eux ont été observées dans des échantillons de sang prélevés sur des patients COVID-19 récupérés et dans certains essais de vaccins précliniques.
La source:
Université des sciences et technologies de Hong Kong
Référence de la revue:
Ahmed, S.F., et al. (2020) COVIDep: une plateforme en ligne pour la notification en temps réel des recommandations de cibles vaccinales pour le SRAS-CoV-2. Protocoles sur la nature. doi.org/10.1038/s41596-020-0358-9.
