Dans une étude récente publiée dans la revue Nature Communications, Des chercheurs aux États-Unis ont analysé l’exposition de 23 espèces sauvages au coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2). Ils ont étudié l’effet de l’activité humaine et de l’urbanisation sur la séropositivité. Ils ont constaté la présence d’acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2 chez six espèces sauvages et observé une séroprévalence plus élevée dans les zones à forte activité humaine. En outre, ils ont identifié sept nouveaux événements de transmission d’humain à animal impliquant la variante Omicron du virus.
Prévalence de l'ARN du SARS-CoV-2 et des anticorps neutralisants dans les communautés d'animaux sauvages. Étude : Exposition généralisée au SARS-CoV-2 dans les communautés d'animaux sauvages
Sommaire
Arrière-plan
Le SARS-CoV-2, responsable de la COVID-19, a infecté plus de 775 millions de personnes et causé plus de sept millions de décès dans le monde. À mesure que le virus devient endémique, des variants plus virulents constituent une menace importante. La pandémie a suscité des inquiétudes quant à la possibilité que le SARS-CoV-2 infecte la faune sauvage et établisse un cycle sylvatique, créant potentiellement de nouveaux variants. Bien que la transmission à des animaux en captivité ait déjà été documentée, la détection chez les animaux sauvages en liberté s'est limitée principalement aux cerfs de Virginie, aux visons sauvages et aux loutres de rivière eurasiennes. Les infections expérimentales suggèrent que de nombreuses espèces sauvages pourraient être porteuses du virus, mais les infections naturelles restent sous-explorées.
De nombreux variants sont apparus depuis 2019, certains augmentant l'infectiosité et affectant potentiellement la faune. Le cerf de Virginie a montré des lignées virales uniques et dérivées de l'homme, ce qui suggère qu'une adaptation minimale est nécessaire pour la transmission de cerf à cerf. Si le SARS-CoV-2 s'établit dans la faune, il pourrait conduire à de nouvelles mutations, augmentant potentiellement la virulence, la transmissibilité ou l'évasion immunitaire. L'adaptation du virus à un large éventail d'hôtes pourrait rendre son évolution plus imprévisible, compliquant le développement de vaccins et posant de nouveaux défis pour la santé humaine. Dans la présente étude, les chercheurs ont examiné l'exposition au SARS-CoV-2 chez diverses espèces d'animaux sauvages en Virginie et à Washington DC et ont évalué l'impact de l'urbanisation sur la séropositivité.
À propos de l'étude
L'ARN du SRAS-CoV-2 a été extrait d'échantillons nasopharyngés/oropharyngés de 789 animaux individuels de 23 espèces différentes. La présence d'ARN viral a été détectée à l'aide d'une réaction en chaîne par polymérase quantitative par transcription inverse (RT-qPCR). Des échantillons de sérum de six espèces de mammifères (opossum de Virginie, raton laveur, écureuil gris de l'Est, souris à pattes blanches, souris sylvestre et une espèce non spécifiée) ont été collectés en 2022 et testés pour les anticorps anti-SRAS-CoV-2 en utilisant un seuil de neutralisation de 60 %. Des échantillons de sérum des époques antérieures et postérieures à 2020 ont été comparés pour évaluer les différences de neutralisation. De plus, la relation entre l'urbanisation (mesurée par l'imperméabilité) et la séroprévalence de la faune sauvage a été étudiée. Les données de visites humaines ont été utilisées pour évaluer l'impact de l'activité humaine sur la séroprévalence.
Les séquences du SARS-CoV-2 ont été obtenues à partir d'écouvillons nasaux et oropharyngés à l'aide du séquençage du génome entier. Les lignées de Pango ont été déterminées pour 12 échantillons positifs à l'ARN et ont été comparées aux séquences humaines pour identifier d'éventuelles introductions récentes dans la faune sauvage. Des mutations uniques dans la protéine de pointe (S) ont été étudiées à l'aide de la modélisation moléculaire et de calculs d'énergie libre pour comprendre leur impact sur la liaison aux protéines et l'infectiosité virale.
Résultats et discussion
L'ARN du SRAS-CoV-2 a été détecté dans des échantillons nasopharyngés de six des espèces totales. Sur les 789 échantillons testés, 23 individus uniques se sont révélés positifs. Les détections comprenaient huit souris sylvestres, quatre opossums de Virginie, quatre ratons laveurs, trois lapins à queue blanche, trois marmottes et une chauve-souris rouge de l'Est. Il est intéressant de noter que les échantillons collectés sur le terrain ont montré un taux de positivité plus élevé (4,04 %) que ceux provenant de centres de réhabilitation de la faune sauvage (2,24 %).
De plus, des anticorps anti-SARS-CoV-2 ont été détectés chez cinq des six espèces (opossum de Virginie, raton laveur, écureuil gris de l'Est, souris à pattes blanches, souris sylvestre) échantillonnées en 2022. Les échantillons d'après 2020 ont montré des valeurs de neutralisation significativement plus élevées que les échantillons d'avant 2020 (p<0,001). Quatre des échantillons dépassaient le seuil de neutralisation de 80 %.
De plus, l'urbanisation a montré une association positive avec la séroprévalence de la faune sauvage, la détection d'anticorps la plus élevée (80 %) ayant été observée dans un parc national à forte fréquentation humaine. La présence humaine s'est avérée positivement associée à la séroprévalence, cohérente avec différents seuils de neutralisation.
Les séquences issues de la faune sauvage comprenaient les sous-lignées BA.2.10.1 d'Omicron et diverses lignées XBB*. Il convient de noter que les lignées correspondaient à celles qui circulaient chez les humains à l'époque, ce qui indique des transmissions récentes de l'homme à l'animal. On a découvert que la mutation unique E471V dans le domaine de liaison au récepteur de la protéine S améliorait la liaison aux récepteurs de l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) humaine par rapport à la lignée BA.2 standard. Les chercheurs suggèrent que la mutation unique G798D dans la sous-unité S2 pourrait affecter l'entrée virale en affectant la glycosylation et la stabilité structurelle.
Conclusion
En conclusion, l’étude a considérablement élargi la gamme connue d’hôtes sauvages exposés au SARS-CoV-2, en identifiant neuf espèces, dont six espèces nouvellement documentées, porteuses du virus. Les espèces telles que les souris, les lapins et les opossums qui ont été testées positives présentent des caractéristiques qui pourraient les rendre plus aptes à constituer un réservoir sauvage du SARS-CoV-2. Ces caractéristiques comprennent des cycles de vie rapides avec une reproduction précoce et fréquente et un historique de réservoirs d’autres virus respiratoires.
Ces résultats soulignent la nécessité d'une surveillance continue à grande échelle et de recherches écologiques détaillées pour comprendre pleinement le rôle des communautés d'animaux sauvages dans la transmission et l'évolution du SRAS-CoV-2. À l'avenir, il faudra étudier la possibilité que ces espèces contribuent à la persistance et à la mutation du virus chez les animaux sauvages, car cela pourrait avoir des implications pour les stratégies de santé publique.
