Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de pré-impression, les chercheurs ont analysé deux séquences génomiques du virus Monkeypox de Belgique et du Portugal appelées ITM001 et PT0001, respectivement, pour montrer que l’épidémie de Monkeypox de mai 2022 provenait très probablement du clade ouest-africain du virus. De plus, ces séquences étaient identiques à environ 99 % aux séquences de Monkeypox dérivées des cas entre 1971 et 2017.
Étude : Caractérisation génomique de la récente épidémie de monkeypox. Crédit d’image : NIAID
Sommaire
Arrière plan
En mai 2022, il y avait environ 100 cas d’infections causées par Monkeypox dans 12 pays, dont l’Australie, la France, l’Allemagne, la Belgique, le Canada, l’Italie, la Suède, les Pays-Bas, le Royaume-Uni, les États-Unis, le Portugal et l’Espagne. De plus, le monde fait face à une pandémie due au coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Bien que les cas de Monkeypox n’aient pas fait de victimes ou n’aient pas atteint un nombre élevé en tant que SRAS-CoV-2 ; pourtant, il est crucial de surveiller strictement les caractéristiques génomiques et l’étiologie du virus Monkeypox pour échapper à toute menace potentielle imminente.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont interrogé la séquence du génome PT0001 Monkeypox dans l’outil de recherche d’alignement local de base (BLAST) et ont récupéré 100 séquences les plus similaires aux séquences génomiques des cas de virus Monkeypox survenus en mai 2022 au Portugal et en Belgique.
Les séquences récupérées par BLAST appartenaient à 28 séquences Cowpox et 72 Monkeypox, datant de 1971. Les chercheurs ont ajouté des séquences génomiques du virus Monkeypox d’Afrique centrale et du virus Variola d’origine indienne comme deux séquences de référence à cette sélection.
Ils ont également analysé des séquences génomiques spécifiques de Monkeypox et de virus apparentés à la recherche de protéines pertinentes à l’aide de la Protein Data Bank, un entrepôt de structures de protéines virales. Tout d’abord, l’équipe a analysé la protéine A42R, une protéine longue de 130 acides aminés (AA) impliquée dans la structure et la fonction du cytosquelette, de la souche centrafricaine Monkeypox Zaire-96-I-16. De même, ils ont extrait les protéines H3L de PT0001 et ITM001 et les ont comparées avec des séquences de bases de données représentatives pour les virus West African Monkeypox, Central African Monkeypox, Cowpox et Variola.
Résultats de l’étude
L’analyse phylogénétique a montré que les séquences PT0001 et ITM001 du Portugal et de Belgique ressemblaient au clade ouest-africain du virus Monkeypox. Alors que les génomes du Cowpox constituaient un groupe génétique différent, le génome du virus Variola était très similaire au virus Monkeypox. Il possédait plus de 95% d’identité d’ADN avec les deux clades de Monkeypox et les séquences génomiques analysées du virus Cowpox et Variola.
De plus, les auteurs ont noté une similarité de 100 % entre les séquences PT0001 et ITM001 Monkeypox et les autres protéines Monkeypox A42R. Les auteurs ont observé des variations dans seulement quatre AA entre les séquences Monkeypox A42R et les Orthopoxvirus apparentés, à savoir Lysine 16, Valine 48, Phénylalanine 66 et Histidine 55. Ces quatre AA sont situés à l’extérieur ou sur la frontière des hélices alpha et des feuillets bêta, ne pouvait donc pas provoquer un réarrangement structurel majeur de la protéine A42R. Alors que l’alignement de séquences multiples a montré une grande similarité entre les séquences H3L de tous les virus ; cependant, 21 AA différaient entre le virus Monkeypox et le virus Variola dans H3L, suggérant une variance plus élevée pour cette protéine par rapport à A42R.
H3L est une glycosyltransférase longue de 324 AA située sur l’enveloppe virale et joue un rôle clé dans la fixation à une cellule hôte et l’entrée subséquente du poxvirus. Des études ont montré que les anticorps induits par un vaccin contre la variole se lient aux protéines H3 et que le groupe de lymphocytes T de différenciation (CD8) + reconnaît H3L comme un antigène, indiquant sa signification immunologique.
Par conséquent, le Monkeypox H3, similaire à la protéine de pointe (S) du SRAS-CoV-2, est une cible vaccinale idéale. Les vaccins SRAS-CoV-2 à base d’acide ribonucléique messager anti-S (ARNm) se sont révélés les plus efficaces dans la lutte contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). De même, la similitude de H3 dans les virus Variola et Monkeypox est très probablement responsable de l’efficacité des vaccins antivarioliques dans la protection contre Monkeypox. Il est à noter que Monkeypox affecte les humains tout comme la variole et ces deux virus font partie de la famille des Orthopoxvirus. Alors que le virus Variola a été éradiqué dans le monde, malheureusement, le virus Monkeypox est toujours endémique en Afrique.
conclusion
Heureusement, la récente épidémie de Monkeypox n’a fait aucune victime. De plus, les auteurs n’ont trouvé aucune divergence génétique dans les souches de virus Monkeypox récemment identifiées et historiques, soulignant qu’il est peu probable que cette maladie atteigne le statut de pandémie. Néanmoins, une surveillance continue et attentive de l’évolution des protéines Monkeypox H3 est d’une importance primordiale pour surveiller l’évolution du virus Monkeypox au cours de cette épidémie et à l’avenir et pour développer des vaccins efficaces contre cette maladie.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
