Dans une étude récente publiée dans PLOS ONEles chercheurs ont mené une surveillance environnementale de l’acide ribonucléique (ARN) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2).
Sommaire
Arrière plan
Le SRAS-CoV-2 se propage parmi les humains par l’air, les gouttelettes respiratoires et le contact avec des animaux et des surfaces contaminées. Une étude animale a indiqué que les fomites étaient une voie de transmission potentielle du SRAS-CoV-2, dans laquelle l’exposition aux fomites provoquait une évolution clinique plus douce que l’exposition intranasale/aérosol chez les animaux. Une étude de modélisation mathématique a conclu que la désinfection des surfaces et l’hygiène des mains étaient des mesures essentielles pour prévenir la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) par transmission environnementale.
Le SRAS-CoV-2 peut persister pendant des jours sur différentes surfaces, telles que le carton, le plastique, le cuivre, l’acier inoxydable, les masques et la peau, en fonction de l’humidité relative et de la température des surfaces. La surveillance environnementale du SRAS-CoV-2 a été un aspect essentiel de la surveillance de la santé publique. Néanmoins, la surveillance environnementale du COVID-19 a été limitée dans les grandes destinations de voyage rassemblées.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont effectué l’échantillonnage de surface environnementale de l’ARN du SRAS-CoV-2 dans certains lieux publics à fort trafic et dans un établissement de santé publique (PHF) à Las Vegas, aux États-Unis (États-Unis). Trois cents échantillons de surface ont été prélevés entre le 7 décembre 2020 et le 22 avril 2021 sur des surfaces fréquemment touchées dans des lieux publics, tels que les bureaux de poste, les stations-service, les lave-autos, les centres commerciaux et les toilettes des épiceries.
Des échantillons de PHF ont été prélevés sur des surfaces fréquemment touchées par les patients et le personnel COVID-19, comme les robinets, les serrures de porte, les photocopieuses, les chaises et les tables. L’échantillonnage a été effectué à l’aide d’applicateurs stériles à pointe en mousse immergés dans 3 ml de milieu de transport viral. L’ARN viral a été extrait et soumis à une analyse quantitative de la réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse (qRT-PCR).
Le gène de la nucléocapside (N) du SRAS-CoV-2 a été utilisé pour l’amplification des acides nucléiques. Les valeurs moyennes du seuil de cycle (Ct) ont été utilisées pour analyser les résultats d’amplification. De plus, les échantillons positifs ont été vérifiés par qRT-PCR de marqueurs de gènes de pointe et de cadre de lecture ouvert (ORF). Les échantillons négatifs ont été analysés à l’aide d’un PCR de contrôle interne positif pour exclure les faux négatifs.
Résultats
Les auteurs ont collecté 150 échantillons dans des lieux publics et 150 dans le PHF. Dans l’ensemble, 31 étaient positifs pour l’ARN du SRAS-CoV-2. Parmi ceux-ci, 24 échantillons PHF et sept échantillons provenant de zones publiques à fort trafic étaient positifs pour l’ARN viral. Les sept échantillons positifs ont été prélevés sur une main courante, une poignée de porte, des boutons d’ascenseur, des boutons-poussoirs pour piétons, des éviers, des sièges de toilette et des poignées de porte de toilettes.
Les valeurs de Ct variaient entre 25,8 et 38,4. Le nombre le plus bas et le plus élevé de copies d’ARN viral étaient respectivement de 697/échantillon et 7,8 millions/échantillon, prélevés dans un casier à vêtements et un évier de toilettes dans le PHF. L’échantillon de sol des toilettes PHF avait également une concentration élevée d’ARN, indiquant que la quantité d’ARN viral augmente dans les sites où les sécrétions et les fluides respiratoires des patients existent.
L’ARN du SRAS-CoV-2 a été détecté sur des surfaces en plastique, en caoutchouc, en acier, en bois, en vinyle, en céramique, en métal et en cuir artificiel et dans de l’eau de vadrouille. Dix échantillons positifs avec les valeurs Ct les plus basses ont été sélectionnés pour comparer le test PCR du gène N avec les tests ORF et PCR du gène de pointe. Parmi ceux-ci, le dosage du gène N a donné la valeur Ct la plus faible, tandis que le dosage du gène ORF a donné la valeur Ct la plus élevée.
L’analyse de variance unidirectionnelle (ANOVA) a montré des différences significatives entre les valeurs moyennes de Ct des trois tests. Il a révélé que le test du gène N était plus sensible que le test du gène ORF/S. La limite de détection était de 86 à 860 copies d’ARN du SRAS-CoV-2/échantillon, ce qui équivaut à 3 à 33 copies d’ARN/cm2.
conclusion
Le taux de positivité de la détection du SRAS-CoV-2 dans les échantillons du PHF et de certains lieux publics était de 10,3 %. Plus fréquemment, le SRAS-CoV-2 a été détecté sur des surfaces couramment touchées, telles que le plastique, le caoutchouc et l’acier inoxydable. Tous les échantillons prélevés sur la surface du sol du PHF, y compris les objets en contact avec le sol (chaussures de personnel), étaient positifs pour l’ARN viral.
De plus, l’ARN du SRAS-CoV-2 a été trouvé dans de l’eau de vadrouille contenant un détergent pour le nettoyage. La plus forte concentration d’ARN viral a été détectée dans des échantillons provenant de toilettes publiques et PHF. Notamment, il n’a pas été possible de vérifier si le virus était viable ou infectieux. Bien que la technique d’échantillonnage par écouvillon ait détecté avec succès l’ARN viral, l’efficacité de la collecte était inconnue.
Dans son ensemble, l’étude a démontré la distribution et l’étendue de la contamination par le SRAS-CoV-2 dans les lieux publics et le PHF à Las Vegas. Les fortes concentrations d’ARN viral détectées dans les toilettes publiques/PHF justifient un nettoyage fréquent, des politiques de lavage des mains et la mise en œuvre de contrôles mains libres limitant le contact, tels que des distributeurs automatiques de savon/d’eau.
