Une équipe dirigée par des scientifiques de Scripps Research a obtenu un contrat des Centers for Disease Control & Prevention (CDC) des États-Unis pour soutenir l’un des plus grands programmes de surveillance du SRAS-CoV-2 aux États-Unis.
Le contrat de 2,5 millions de dollars sur deux ans financera le séquençage à grande échelle et en temps quasi réel d’isolats du SRAS-CoV-2 provenant d’hôpitaux et d’agences de santé publique locales à San Diego et à proximité du nord-ouest du Mexique, ainsi que le développement d’un logiciel pour suivre le évolution et propagation géographique des variants du SRAS-CoV-2.
Le contrat, une prolongation de celui attribué à l’origine en 2020, sera exécuté par l’Alliance d’épidémiologie et de recherche pour la santé COVID de San Diego (SEARCH), qui a été cofondée par Scripps Research, l’Université de Californie à San Diego (UC San Diego ), et Rady Children’s Hospital-San Diego.
Le soutien du CDC au programme de surveillance génomique de SEARCH a déjà conduit à des avancées significatives en matière de santé publique COVID-19 ainsi qu’à de nouvelles recherches sur le SRAS-CoV-2, et nous nous attendons à beaucoup plus de progrès dans les deux domaines grâce à ce nouveau prix.
Kristian Andersen, PhD, chercheur principal, professeur, département d’immunologie et de microbiologie chez Scripps Research
Depuis le début de la pandémie, SEARCH mène une surveillance génomique du SRAS-CoV-2 à l’aide d’échantillons cliniques prélevés dans les hôpitaux de San Diego et de sources situées de l’autre côté de la frontière en Basse-Californie. SEARCH a également développé des protocoles et des outils d’analyse clés pour suivre l’émergence et la propagation des variantes du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées. De plus, les chercheurs de SEARCH sont activement impliqués dans la compréhension de l’émergence du SRAS-CoV-2 et, dans plusieurs publications de haut niveau, ont trouvé des preuves d’une propagation initiale à partir d’animaux vendus sur le marché de Huanan à Wuhan, en Chine.
Les efforts de SEARCH impliquent de multiples collaborations, notamment avec le CDC, la Health & Human Services Agency du comté de San Diego, le California Department of Public Health, Sharp Health, Scripps Health, la société de surveillance virale Helix et le réseau de soins de santé Salud Digna au Mexique. Depuis le début de la pandémie, ces efforts ont donné lieu à des publications et analyses de plus de 70 000 séquences du SARS-CoV-2.
Dans le cadre du nouveau contrat, SEARCH accélérera son flux de travail de séquençage de virus pour produire des informations plus opportunes et exploitables sur la propagation et l’évolution locales du virus, y compris l’émergence de nouvelles variantes et sous-variantes préoccupantes.
« Le processus actuel d’échantillonnage, de séquençage et d’analyse d’un lot d’échantillons de virus provenant de cas d’hôpitaux locaux et de stations d’épuration des eaux usées peut prendre plusieurs semaines », explique Mark Zeller, PhD, scientifique du projet au laboratoire Andersen. « Nous visons à réduire cela à quelques jours, ce qui nous permettrait de surveiller les chaînes de transmission lors d’épidémies locales en temps quasi réel. »
En collaboration avec le comté de San Diego, l’État de Californie et les laboratoires de santé publique mexicains, les chercheurs continueront également à analyser la transmission du SRAS-CoV-2 à travers la frontière très fréquentée entre la Californie et la Basse-Normandie. De plus, ils étendront leurs efforts de surveillance génomique à d’autres États frontaliers mexicains et destinations touristiques populaires, y compris Puerto Vallarta. L’équipe continuera de publier ses analyses sur les tableaux de bord en ligne de SEARCH.
Le projet comprend la poursuite du développement d’outils logiciels open source pour soutenir le suivi de l’évolution et de la transmission locales du SRAS-CoV-2.
« Les outils que nous avons développés ces dernières années sont déjà largement utilisés par la communauté de la santé publique pour le séquençage et l’analyse du SRAS-CoV-2 », déclare Joshua Levy, PhD, associé de recherche postdoctoral au laboratoire Andersen. « Dans le cadre de ce nouveau contrat, nous développerons la technologie pour transformer de façon permanente la façon dont la surveillance génomique sera utilisée pour renforcer notre réponse de santé publique. »
Ces outils logiciels open source sont disponibles sur https://andersen-lab.com/secrets/code/. Les tableaux de bord de surveillance du SRAS-CoV-2 de la SEARCH Alliance sont disponibles sur https://searchcovid.info/Dashboards/.
