Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont démontré la présence du coronavirus infectieux du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) dans des échantillons provenant des chambres d’hôpital de patients infectés par le SRAS-CoV-2.
Sommaire
Arrière plan
Alors que les vaccins contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) ont considérablement contribué à freiner la transmission du SRAS-CoV-2, les méthodes de surveillance facilitant l’évaluation du SRAS-CoV-2 au niveau communautaire continuent d’être cruciales pour éclairer les décisions concernant les stratégies de prévention de la COVID-19. 19 propagation.
La compréhension du taux d’émission de virus et de la transmission ultérieure du SRAS-CoV-2 par l’air dans des particules de différentes tailles, communément appelées aérosols et gouttelettes, nécessite des méthodologies bien définies pour surveiller l’air intérieur. Cela est nécessaire pour une meilleure compréhension de la résistance virale contre le stress environnemental, pour fournir des informations sur les risques d’acquisition au niveau communautaire ainsi que sur les situations professionnelles, et pour évaluer les stratégies d’atténuation des virus dans les environnements intérieurs.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué la capacité de séparer la réplication du SRAS-CoV-2 détectée dans les échantillons d’aérosols environnementaux dans les hôpitaux après la congélation et le stockage à long terme des échantillons d’air.
L’équipe a prélevé des échantillons d’air dans des chambres d’hôpitaux de soins aigus hébergées dans une unité dédiée aux soins des patients COVID-19 dans la province de Québec, au Canada, entre le 27 octobre 2020 et le 6 novembre 2020. Deux classes d’équipements d’échantillonnage ont été utilisées. Dans un premier temps, des cassettes de 37 mm équipées de filtres en polycarbonate de 0,8 µm ont été positionnées à 1,5 mètre à 2 mètres de la tête du patient et face vers le bas à la tête des lits. Deuxièmement, un échantillonneur de points liquides de la série 110A a été placé à moins de deux à trois mètres du lit du patient.
Des échantillons d’air préalablement congelés dans un milieu de transport viral (VTM) ont été utilisés pour inoculer des cellules VERO E6 pendant deux cycles d’infection. Comme contrôle, des isolats de SARS-CoV-2/SB2 inactivés ou vivants de β-propiolactone (BPL) ont été utilisés. Des cellules, ainsi que leurs surnageants, ont été obtenues pour évaluer les paramètres de réplication virale. Les effets cytopathogènes (CPE) ont ensuite été évalués. Le titre viral estimé dans les surnageants a été évalué à l’aide de la dose infectieuse médiane de culture tissulaire.
Les anticorps anti-SAR-CoV-2 nucléocapside (N) et anti-pointe (S) ont été utilisés pour détecter les protéines SARS-CoV-2 dans les cellules par analyse immunoblot. L’acide ribonucléique (ARN) extrait des surnageants cellulaires ou des échantillons d’air a été amplifié à l’aide de la réaction en chaîne par polymérase quantitative par transcription inverse (RT-qPCR) pour le SRAS-CoV-2 N ou le cadre de lecture ouvert (ORF) -1b.
Résultats
À l’aide de cassettes ou d’appareils Spot Sampler, 30 échantillons ont été obtenus dans huit chambres qui abritaient des patients COVID-19. La période d’échantillonnage variait entre 4,75 heures et sept heures. Comme vérifié par RT-qPCR, neuf des 22 cassettes et deux des huit échantillons du Spot Sampler contenaient de l’ARN du SRAS-CoV-2, avec des quantités en suspension dans l’air comprises entre 129 et 2 056 équivalents de génomes par mètre cube d’air.
Trois jours après l’infection, le virus SARS-CoV-2 en cours de réplication a provoqué des symptômes notables de CPE. De plus, l’examen d’extraits de cellules entières (WCE) avec immunotransfert a permis la détection des protéines S et N du SRAS-CoV-2, tandis que le surnageant a démontré de grandes quantités de virions de novo.
Notamment, aucun de ces indicateurs n’était positif deux heures après l’inoculation avec un virus capable de se répliquer ou lorsque le SRAS-CoV-2 inactivé par la BPL a été utilisé comme inoculant. Ces résultats ont révélé que seuls les virus qui se sont répliqués provoquent activement l’ECP, affichent l’expression cellulaire des protéines N et S et entraînent une génération virale de novo détectable.
Quatre échantillons d’air provenant de la même chambre d’hôpital avec les teneurs en ARN les plus élevées ont été choisis pour évaluer l’existence d’un virus capable de se reproduire dans la culture cellulaire. Selon l’évaluation RT-qPCR, le niveau de copies de SARS-CoV-2 ORF1b dans 200L d’échantillons d’aérosols examinés variait entre 62,70 et 259,05 copies. Notamment, les caractéristiques des patients qui peuvent avoir un impact sur l’aérosolisation du SRAS-CoV-2 comprenaient la pneumonie aiguë au COVID-19, la toux aiguë nécessitant l’administration orale de codéine et la dyspnée nécessitant l’apport intermittent d’oxygène par une canule nasale.
Spot Sampler a trouvé un CPE détectable dans l’un des échantillons le troisième jour après les première et deuxième inoculations après l’infection avec 150 pfu de la souche SARS-CoV-2/SB2. Le troisième jour, après les première et deuxième infections, des S et N cellulaires ont été trouvés dans le WCE à partir de cellules injectées avec cet échantillon, indiquant l’existence d’un SRAS-CoV-2 infectieux.
De plus, les titres de virions dans le surnageant de cet échantillon après deux cycles d’infection étaient de 6,32 x 10sept dose infectieuse médiane de culture tissulaire (TCID50)/mL, qui était 5,67 fois inférieure à celle trouvée dans l’infection suivante avec 150pfu de la souche SARS-CoV-2/SB2. Aucun des échantillons obtenus à l’aide de la cassette n’a présenté de CPE détectable, de production de protéines virales ou de virions de novo.
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont démontré que 14 mois après le prélèvement de l’échantillon, la réplication du SRAS-CoV-2 a été trouvée dans l’un des quatre échantillons d’air obtenus dans les chambres d’hôpital des patients COVID-19.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
