Alors que la propagation du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a été freinée dans différentes régions, l’émergence de variantes transmissibles a conduit à un pic du nombre de cas en avril 2021. Au Royaume-Uni, un et un vaste programme de séquençage génomique a permis de suivre la montée de ces variantes.
Une nouvelle étude montre le schéma de la montée en puissance de diverses souches au Royaume-Uni, comme le montrent les données collectées par le COVID-19 Genomics UK Consortium. Cela permet de retracer la montée et la chute de 62 lignées virales différentes à travers plus de 300 autorités locales de septembre 2020 à avril 2021.
Les 323 lignées identifiées au cours de la période d’étude, à partir des génomes séquencés couvrant environ 5% de tous les tests positifs, ont été classées en 62 lignées, avec une centaine de génomes ou plus dans chaque lignée. Les exceptions étaient des variantes préoccupantes (COV) ou des variantes faisant l’objet d’une enquête (VUI).
Une version pré-imprimée de l’étude est disponible sur le medRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à un examen par les pairs.
Sommaire
Premières lignées
Dans l’ordre chronologique, la première mutation à grande diffusion était D614G, dans le pic, qui était 20% plus transmissible que la lignée d’origine isolée à Wuhan, en Chine. Un peu plus tard, la souche B.1.177 a été isolée en Espagne et introduite dans plusieurs pays européens.
Cela a été suivi par le variant B.1.351 d’abord isolé d’Afrique du Sud, qui contient à la fois la mutation N501Y, qui augmente sa transmissibilité, et la mutation E484K qui lui permet d’échapper à l’immunité de l’hôte provoquée par les souches antérieures.
L’Angleterre a connu deux vagues avec leurs pics début novembre 2020 et janvier 2021. Chacune a déclenché un verrouillage national.
Jusqu’en septembre 2020, les principales lignées en circulation étaient B.1, B.1.1 et B.1.177, constituant chacune 100 à 1000 génomes, dans différentes régions du sud et du nord de l’Angleterre. Celles-ci ont été régulièrement remplacées par des variantes B.1.1.7, qui ont montré des taux de croissance jusqu’à 11% plus élevés par rapport aux lignées B.1 ou B.1.1.
Les lignées B.1.177 se sont également développées plus que les souches B.1 jusqu’à la fin janvier 2021, au Royaume-Uni et au Danemark, comme elles s’étaient auparavant répandues dans toute l’Europe. Les raisons sont loin d’être claires, car les infections importées n’ont pas été signalées et la mutation de pointe A222V qui définit la mutation du pic A222V n’a pas d’avantage de croissance particulier.
Montée de B.1.1.7
En septembre 2020, l’Angleterre a vu la montée de la lignée B.1.1.7, signalée pour la première fois dans le Kent en novembre et décembre 2020. Cette lignée a été marquée par une augmentation de 70% de la transmissibilité de cette variante par rapport à B.1.1 et 45% augmentation par rapport à B.1.177.
Ainsi, les séquences B.1.1.7 ont augmenté de 20 fois par mois par rapport à B.1.1, et 10 fois plus élevées que B.1.177, ce qui explique sa dominance même lorsque d’autres souches affichaient un déclin pendant la période du deuxième Royaume-Uni. – verrouillage global.
Cela s’explique par la transmissibilité élevée du variant du Kent ou du Royaume-Uni, souvent attribué à la mutation partagée N501Y, et il est rapidement devenu le variant le plus courant dans plus d’une centaine de pays.
On a observé que B.1.1.7 chutait fortement dans la prévalence au cours du troisième verrouillage, au cours des premiers mois de la nouvelle année, avec la plupart des autres souches en circulation. Ce verrouillage a été précédé par des restrictions régionales croissantes à plusieurs niveaux, la souche Kent provoquant une augmentation constante des cas dans toute l’Angleterre.
Les restrictions de niveau 4 étaient associées à une baisse de 25% à 50% de la prolifération virale par rapport au niveau 3. En particulier, le nombre moyen de reproduction (R) était aussi bas que 0,6 pour les lignées non Kent, contre 0,9 pour B.1.1. 7. Mais la valeur R du virus a continué d’être supérieure à 1, passant à 1,6 par rapport à août 2020, avec des variantes plus infectieuses prenant le relais.
Cela indique que la pandémie a continué de croître. Cela peut avoir été motivé par les rassemblements de Noël et du Nouvel An.
Séquençage de la surveillance du SRAS-CoV-2 en Angleterre entre septembre 2020 et avril 2021. une. Tests positifs du pilier 2 SARS-CoV-2 en Angleterre. b. Fréquence relative de 62 lignées PANGO différentes, représentant environ 5,3% des tests présentés dans les tests positifs en courant alternatif (rangée du haut) et fréquence de 4 lignées majeures dans 315 autorités locales anglaises de niveau inférieur. ré. Fréquence absolue des génomes séquencés mappés sur 62 lignées PANGO. Les zones bleues dans les camemberts sont proportionnelles à la fraction de LTLA où une lignée donnée a été observée.
Contraction des cas avec le troisième verrouillage
Le verrouillage qui a suivi a été accompagné de déploiements de vaccins, conduisant à une immunité de près de 50% au début de mars 2021 en raison d’une combinaison d’immunité naturelle et de vaccination croissante. Les cas quotidiens sont passés de plus de 72000 le 29 décembre à 2500 début avril 2021.
Parmi les lignées en circulation à ce moment, 99% des cas comprenaient B.1.1.7, tandis que la souche B.1.177, qui était dominante en novembre 2020, est passée d’environ 10 000 cas par jour en décembre 2020 à 5 en mars 2021. le nombre de lignées en circulation est passé de 137 au sommet à seulement 22.
Les chercheurs écrivent:
La conclusion selon laquelle la majorité des lignées présentes à l’automne 2020 a été éliminée au printemps 2021 est en outre étayée par le fait que la proportion de cas positifs séquencés est passée d’environ 5% à l’automne 2020 à 50% dans la semaine se terminant le 3 avril 2021. »
Montée des mutants E484K
Malheureusement, plusieurs nouveaux variants contenant la mutation spike E484K ont résisté aux anticorps neutralisants provoqués par les variants antérieurs et ont ainsi commencé à être remarqués à des niveaux modérément en hausse entre décembre et avril.
Alors que les COV et les VUI représentaient moins d’un demi pour cent des infections séquencées à des fins de surveillance de janvier à avril 2021, cela a changé lorsque B.1.617.2 a commencé à augmenter avec les autres lignées E484K. Cependant, ceux-ci ont rapidement culminé et diminué, provoquant des flambées principalement localisées.
Il s’agit notamment de la souche P.1 signalée en premier au Brésil, la souche A.23.1 qui a provoqué des sous-épidémies en Ouganda et au Rwanda, et B.1.525 au Nigéria, au Royaume-Uni et en Amérique du Nord. La souche B.1.1.318 était également répandue au Royaume-Uni, ainsi qu’aux États-Unis et en Allemagne.
Celles-ci ne peuvent pas être plus infectieuses que la souche B.1.1.7. La plupart sont dus à des infections importées répétées plutôt qu’à une véritable propagation communautaire, ce qui indique qu’elles sont moins transmissibles même que ne le suggèrent les taux de croissance. L’exception est une souche A.23.1 qui a acquis la mutation d’évasion immunitaire E484K au niveau national.
Non seulement ces souches ne possédaient que la mutation E484K sans autres variants fonctionnellement importants, mais elles ne présentaient aucun avantage de croissance – au contraire, l’inverse semble être vrai.
Entrée des lignées B.1.617
La dernière introduction connue est celle du B.1.617 (en mars) et du B.1.617.2, qui est passé à environ 40% des génomes séquencés après son introduction en avril 2021. Le premier a provoqué une deuxième vague catastrophique en Inde.
B.1.617 n’a pas la mutation E484K. B.1.617.1 a une mutation E484Q qui est fonctionnellement similaire au variant de pointe E484K à élimination immunitaire.
B.1.617.2 montre un taux de croissance qui est environ 37% plus élevé que B.1.17, indiquant que ces derniers sont plus transmissibles ou échappent aux réponses immunitaires; ou qu’un très grand nombre de cas ont été introduits en peu de temps.
Un autre facteur pourrait être la présence d’un environnement favorable dans les localités où ces souches ont augmenté le plus rapidement. Cela signifie qu’avec le temps, le taux de croissance peut baisser.
Enfin, l’augmentation de B.1.617.2 (qui représente désormais 40% des séquences) est contrecarrée par la baisse des cas B.1.1.7. Pourtant, B.1.617.1 n’a pas montré une augmentation aussi rapide, avec 3-4 génomes séquencés pour chaque introduction contre 10 avec l’ancienne souche.
Quelle est l’implication?
Ces données offrent « un rappel brutal que l’évolution virale peut emprunter des chemins inattendus et que la surveillance génomique rapide reste plus importante que jamais. » De plus, cela nous rappelle que même les interventions qui ont fonctionné une fois peuvent ne pas être aussi efficaces avec des variantes plus récentes et plus infectieuses.
Il est peu probable qu’une éradication mondiale soit possible au moins à court ou moyen terme. Par conséquent, une perspective globale sur le contrôle et la surveillance du virus est essentielle», Concluent les chercheurs.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
