Les chercheurs ont analysé 2000 génomes viraux du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) – l’agent causal de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) – des séquences obtenues d’Inde et ont trouvé une nouvelle variante qui pourrait être plus infectieuse et transmissible.
La transmission continue du SRAS-CoV-2 a conduit à sa mutation à plusieurs reprises. Bon nombre des nouvelles mutations concernent la protéine de pointe du virus, ce qui a contribué à la bonne santé et à la capacité de survie du virus en la rendant plus infectieuse et en lui donnant la capacité d’échapper au système immunitaire et de neutraliser les anticorps.
Plusieurs variantes préoccupantes sont apparues dans différentes parties du globe, comme la souche B.1.1.7 au Royaume-Uni, la souche B.1.351 en Afrique du Sud et la souche P.1 au Brésil. Deux nouvelles variantes ont récemment été signalées en Inde, les souches B.1.617 et B.1.618, caractérisées par plusieurs mutations dans la protéine de pointe.
La fréquence de la variante B.1.617 dans la population a considérablement augmenté à partir de février 2021. Cette variante aurait été observée au Royaume-Uni, aux États-Unis et à Singapour à la fin de février 2021, s’étendant à plus de 60 pays en mai 2021.
Dans une étude publiée sur le medRxiv * preprint server, les chercheurs rapportent l’émergence d’une nouvelle souche du virus SARS-CoV-2 dans l’état du Bengale occidental en Inde.
Analyse des séquences génomiques
Les chercheurs ont obtenu des séquences génomiques complètes de 2000 souches de SRAS-CoV-2 collectées entre janvier et mars 2021 en Inde à partir de la base de données GISAID. Ils ont effectué une analyse mutationnelle, obtenu la séquence d’acides aminés et comparé les séquences avec la souche de Wuhan.
Après une analyse plus approfondie, l’équipe a trouvé 70 souches avec un nouvel ensemble de 11 mutations. Il y avait trois mutations dans les protéines non structurales, trois mutations de protéine de pointe et deux mutations de protéine de nucléocapside.
Seize des séquences avaient la mutation E484K avec les mutations D614G, P681H et V1230L. Ces mutations appartiennent au clade GR, qui a quatre autres mutations qui étaient également présentes dans ces souches. Une analyse plus approfondie de ces variantes a révélé que ces souches forment un nouveau groupe au sein du clade GR.
Toutes les 70 séquences de cette nouvelle souche n’ont été vues que dans l’état du Bengale occidental. Outre les 12 mutations coexistantes, les chercheurs ont trouvé 113 autres mutations différentes.
Les mutations peuvent augmenter l’infectiosité
P681 est présent à côté du site de clivage de la furine, où le clivage protéolytique se produit entre l’arginine (R685) et la sérine (S686). Ce site est à la jonction entre la sous-unité S1, responsable de la liaison au récepteur de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2), et la sous-unité S2, responsable de la fusion entre la membrane cellulaire et le virus. Par conséquent, la présence d’une mutation à ce site pourrait affecter le clivage S1 / S2 et l’infectiosité du virus.
La mutation P681H a déjà été vue dans le variant du Royaume-Uni et on pense qu’elle augmente le clivage de la protéine de pointe, mais ne semble pas affecter l’entrée virale ou sa propagation. La mutation V1230L n’a pas été vue auparavant et est localisée dans la région transmembranaire de la sous-unité S2, qui ancre la protéine de pointe à l’enveloppe du virus. La substitution de la valine par la leucine pourrait augmenter la liaison de la protéine de pointe à l’enveloppe virale.
Les nouvelles mutations pourraient augmenter l’infectivité et la transmissibilité de la protéine et diminuer la capacité des anticorps à neutraliser le virus. Avec des taux d’infectiosité plus élevés signalés dans la deuxième vague en Inde, les variantes émergentes doivent être surveillées de près.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
