Une équipe de scientifiques de l’Université de Californie à Santa Cruz, aux États-Unis, a récemment identifié une nouvelle variante (B.1.x) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) qui pourrait circuler dans au moins 20 États américains. et six pays dans le monde. Les mutations trouvées dans cette variante sont également présentes dans d’autres variantes connues de préoccupation (COV). Surtout, en raison de la présence d’une mutation de délétion importante, la séquence de B.1.x a été rejetée par des outils de vérification de séquence automatisés utilisés dans des bases de données de séquences génomiques accessibles au public. L’étude est actuellement disponible sur le bioRxiv* serveur de pré-impression.
Sommaire
Contexte
Le séquençage du génome entier du SRAS-CoV-2 est l’une des méthodes conventionnelles pour suivre l’évolution virale. Un séquençage continu du génome viral est particulièrement important pour identifier les mutations qui ont émergé sous sélection positive et jouent un rôle essentiel dans l’amélioration de la capacité virale, comme l’augmentation de la transmissibilité et l’évasion de l’immunité de l’hôte. En d’autres termes, la détection précoce de nouvelles variantes virales par séquençage du génome est essentielle pour comprendre les caractéristiques cliniques spécifiques à la souche et développer des diagnostics spécifiques à la souche et des interventions thérapeutiques et prophylactiques.
Dans la phase ultérieure de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), plusieurs nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 ont été identifiées, certaines présentant une transmissibilité et une capacité d’évasion immunitaire significativement plus élevées. Ces variantes sont désignées comme étant des variantes préoccupantes (COV) en raison de leur grave impact sur les réponses de santé publique. La présence de multiples mutations à pointes est la caractéristique la plus courante parmi divers COV, y compris la variante britannique (lignée: B.1.1.7), la variante sud-africaine (lignée: B.1.351) et la variante brésilienne (lignée: P. 1).
Dans le présent rapport, les scientifiques ont présenté les données de séquençage du génome du SRAS-CoV-2 obtenues à partir d’une étude en cours.
Étudier le design
Les scientifiques ont analysé des séquences de SRAS-CoV-2 de haute qualité obtenues à partir de 339 échantillons du comté de Santa Cruz en Californie. Environ 58% de ces séquences provenaient des lignées B.1.427 et B.1.429, initialement identifiées en Californie. De plus, deux des séquences testées étaient associées à la lignée B.1.1.7 (la variante britannique).
Observations importantes
En effectuant le séquençage du génome, les scientifiques ont identifié une nouvelle variante du SRAS-CoV-2 dans huit échantillons. En raison de son association avec la lignée B.1, ils ont temporairement nommé la variante B.1.x. Avec une analyse plus approfondie, ils ont observé que le nouveau variant partage plusieurs mutations avec le variant britannique et d’autres COV connus. Plus précisément, le variant présentait plusieurs mutations de pointe, notamment S494P, N501Y, D614G, P681H, K854N et E1111K. Parmi ces mutations, N501Y est connu pour augmenter l’affinité de liaison entre le domaine de liaison au récepteur de pointe (RBD) et l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2). De même, la mutation D614G, qui était présente dans le variant globalement dominant du SRAS-CoV-2 en 2020, est connue pour augmenter l’infectivité virale. De plus, le variant B.1.x présentait une mutation de nucléocapside (N: M234I), qui devrait augmenter la stabilité des protéines.
Concernant la dynamique de transmission de B.1.x, les scientifiques ont remarqué une augmentation de la forme de la fréquence avec le temps (<1% en janvier à> 10% à la mi-mars). Cependant, ils n’ont pas réussi à détecter la variante dans les échantillons prélevés à la fin du mois de mars. Après une enquête plus approfondie, ils ont observé que l’augmentation de la fréquence B.1.x est principalement due à une transmission locale plus élevée plutôt qu’à de multiples événements d’introduction virale. Dans l’ensemble, ces observations suggèrent que le nombre de cas avec B.1.x peut augmenter avec le temps. En analysant des échantillons accessibles au public provenant de différentes régions des États-Unis, ils ont remarqué que la variante est présente dans au moins 20 États à travers les États-Unis.
Plus intéressant encore, les scientifiques ont observé que le variant contient une suppression de 35 pb provoquant un décalage de cadre et un codon d’arrêt prématuré dans le cadre de lecture ouvert 8 (ORF8). Ces caractéristiques sont également présentes dans la lignée B.1.1.7 en raison d’une mutation absurde. De telles similitudes entre les variantes B.1.x et B.1.1.7 suggèrent que l’inactivation de l’ORF8 peut être associée à l’évolution virale.
En soumettant les séquences aux bases de données accessibles au public, les scientifiques ont remarqué que le GISAID et GenBank ont initialement rejeté les 8 génomes du variant B.1.x en raison de la mutation de délétion importante dans ORF8. Cela indique que les séquences appartenant à la lignée B.1.x sont pour la plupart sous-déclarées par ces bases de données en raison des problèmes techniques associés aux outils automatisés de contrôle de la qualité des séquences. Pour surmonter ces erreurs de soumission, les scientifiques suggèrent l’utilisation du programme UShER qui place rapidement de nouvelles séquences sur une phylogénie existante. Cela permettra la corroboration entre des séquences étroitement liées avec de nouvelles mutations lors des soumissions de lots ou des soumissions de séquences individuelles.
Importance de l’étude
L’étude identifie un nouveau variant du SRAS-CoV-2 qui partage des similitudes génomiques avec d’autres COV connus, tels que le B.1.1.7. Sur la base des résultats de l’étude, les scientifiques demandent instamment une surveillance rapide afin de comprendre la dynamique de transmission exacte et les implications cliniques associées à la nouvelle variante du SRAS-CoV-2.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
