Arrière-plan
De plus en plus de preuves indiquent que le microbiome de l’intestin et des tumeurs influence de manière significative l’initiation, la progression et la réponse au traitement du cancer. Les recherches actuelles se concentrent principalement sur les bactéries, tandis que le rôle des champignons commence seulement à attirer l'attention.
Les auteurs abordent des questions clés qui ont semé la confusion et entravé la traduction clinique : (a) Pourquoi devrions-nous valoriser le rôle du mycobiome dans la recherche en oncologie ? (b) Quelle sera la relation entre les champignons et les bactéries dans la progression du cancer ? (c) Quel sera l’impact des champignons sur le cancer ? (d) Pouvons-nous cibler les champignons pour le développement de stratégies d'intervention dans le traitement anticancéreux ? (e) Les efforts et les investissements seront-ils récompensés dans la recherche sur le cancer axée sur les mycobiomes ?
Progrès de la recherche
Malgré leur faible abondance dans les tissus tumoraux (environ 4 % à 13,3 %), les champignons présentent une distribution étendue, une activité de signal élevée et une spécificité de type dans plusieurs cancers, notamment les cancers du poumon, du sein, colorectal et pancréatique. Grâce à des techniques très sensibles telles que le séquençage ITS et le séquençage unicellulaire, les champignons associés aux tumeurs, notamment Candidose, Malasseziaet Aspergille ont été identifiés. Ces champignons peuvent favoriser la progression tumorale en activant des voies immunosuppressives (par exemple, axe Dectin-1/CARD9, IL-1β/MDSC) ou en sécrétant des carcinogènes (par exemple, aflatoxines). Parallèlement, les champignons et les bactéries présentent des interactions synergiques ou antagonistes au sein du microbiome, influençant le microenvironnement immunitaire et la réponse thérapeutique. La modulation du microbiome fongique (par exemple via des agents antifongiques, des champignons tués par la chaleur ou une immunothérapie combinée) peut renforcer l'immunité antitumorale. Une validation préliminaire de ce potentiel thérapeutique a émergé de certains essais précliniques et cliniques (p. ex., itraconazole, kétoconazole).
Perspectives d'avenir
Les futures recherches sur le cancer fongique progresseront de la « corrélation » vers la « causalité », en utilisant le séquençage unicellulaire et l'omique spatiale pour identifier les champignons pro- ou anticancéreux, tout en intégrant des cartes d'interactions multi-royaumes englobant les bactéries, les virus et les archées. Sur le plan technologique, des protocoles standardisés pour le séquençage ITS, 18S et métagénomique seront établis, parallèlement au développement de séquençage d'enrichissement fongique et de modèles d'IA multi-omiques, aboutissant à une base de données sur l'écosystème fongique des tumeurs. Sur le plan clinique, les biomarqueurs combinés fongiques et bactériens seront promus pour le dépistage précoce, le pronostic et la prédiction de la réponse à l'immunothérapie. Des médicaments antifongiques réutilisés comme l'itraconazole et le kétoconazole seront utilisés, parallèlement au développement de nanoformulations à faible toxicité et d'adjuvants métabolites fongiques.
La recherche explorera la transplantation fongique fécale, les champignons modifiés atténués et les « prescriptions fongiques » personnalisées. Les progrès industriels donneront naissance à des champignons médicinaux issus de la biologie synthétique, à des systèmes d’administration ciblés et à des kits de diagnostic des mycobiomes. Les efforts sociétaux doivent surmonter le préjugé consistant à « donner la priorité aux bactéries plutôt qu'aux champignons » en établissant des alliances interdisciplinaires contre le cancer fongique. Les investissements gouvernementaux devraient parallèlement développer des cadres éthiques, une surveillance de la résistance aux antimicrobiens et des protocoles d’évaluation de la toxicité. À terme, cela permettra de réaliser des diagnostics et des thérapies de précision axés sur le mycobiome, au bénéfice des patients atteints de cancer.
