Pour empêcher la propagation de l’infection à coronavirus-19 (COVID-19), causée par le syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus-2 (SRAS-CoV-2), la plupart des pays du monde ont mis en place des restrictions de voyage. Les chercheurs ont mené des études épidémiologiques et génomiques pour enquêter sur l’infection par le SRAS-CoV-2 en vol associée aux vols de rapatriement de l’Inde vers l’Australie en avril 2021. Cette étude a été publiée sous forme de lettre de recherche dans Maladies infectieuses émergentes.
Arrière-plan
Le gouvernement australien a fermé ses frontières lors de la première vague épidémique de SARS-CoV-2. Tous les passagers internationaux arrivant ont été tenus de suivre une quarantaine supervisée obligatoire pendant cette période. La première vague pandémique a duré jusqu’en juin 2020 en Australie.
En octobre 2020, une installation de quarantaine à Darwin, dans le Territoire du Nord, en Australie, a reçu des personnes arrivées via des vols de rapatriement assistés par le gouvernement. Les chercheurs ont déclaré que deux vols de rapatriement ont atterri à Darwin les 15 et 17 avril 2021, nommés vols 1 et 2, transportant des passagers de deux régions de l’Inde connaissant une épidémie majeure de COVID-19.
Les scientifiques ont observé que par rapport aux vols de rapatriement précédents qui ont atterri à Darwin entre octobre 2020 et avril 2021, les vols 1 et 2 transportaient un pourcentage significativement plus élevé d’individus positifs au COVID-19.
Tous les passagers voyageant sur ces vols ont été testés négatifs pour le SRAS-CoV-2 par PCR quantitative de transcription inverse (qRT-PCR) dans les 48 heures avant le vol. De plus, le port de masques faciaux était obligatoire pour tous les passagers, à l’exception des nourrissons et des enfants. Au cours de la période d’étude, la couverture vaccinale COVID-19 parmi les passagers était faible, c’est-à-dire que 7% des passagers avaient reçu la première dose du vaccin, et seulement quatorze passagers sur un total de 345 passagers ont reçu deux doses de vaccin COVID-19 . À leur arrivée à Darwin, tous les passagers ont été soumis à une quarantaine supervisée où ils ont été testés pour le SRAS-CoV-2 via la méthode qRT-PCR les jours zéro, sept et douze.
Principales conclusions
Parmi les quarante-sept passagers testés positifs au SRAS-CoV-2, vingt et un ont été testés positifs à l’arrivée (cas-patients à l’arrivée) et vingt-six ont été testés positifs après une journée d’entrée en quarantaine à Darwin (cas-patients en quarantaine). Les scientifiques ont rapporté que parmi les vingt et un cas-patients arrivés, dix-huit étaient asymptomatiques. Les valeurs seuils du cycle qRT-PCR de 86 % de ce groupe étaient de 15,2. Cependant, pour les cas-patients en quarantaine, le délai médian d’apparition des symptômes était de 5 jours après l’arrivée.
Les chercheurs ont effectué un séquençage génomique pour 87 % des passagers positifs au SRAS-CoV-2. Ils ont signalé que 57 % des passagers étaient infectés par la variante Delta, 21 % par Kappa, 6 % par Alpha et 2 % des passagers étaient infectés par la sous-lignée A.23.1 du SRAS-CoV-2. De plus, 59% de la séquence positive du SARS-CoV-2 des deux vols appartenaient à l’un des six clusters génomiques.
Pour évaluer si les passagers ont contracté l’infection pendant le vol, les chercheurs ont analysé les entretiens de cas, les manifestes de vol et effectué le séquençage génomique. Sur vingt et un cas-patients à l’arrivée, quatre passagers identifiés comme B, J, O et T ont peut-être transmis l’infection par le SRAS-CoV-2 à plus de onze autres passagers. Les échantillons de ces onze passagers ont été séquencés et se sont avérés appartenir aux mêmes grappes génomiques SARS-CoV-2 de B, J, O et T. Ces passagers étaient assis sur deux rangées d’un cas-patient à l’arrivée.
Les scientifiques ont également estimé que les taux d’attaque secondaire étaient de 6 % pour le vol 1 et de 2 % pour le vol 2. Ils ont en outre observé que cinq cas-patients étaient liés génomiquement. Par conséquent, il y avait une forte possibilité que la transmission se soit produite avant, pendant ou après le vol. La génomique a réfuté la transmission à six cas-patients en quarantaine assis à moins de deux rangées d’un cas-patient à l’arrivée, en connectant trois à un groupe différent.
Conséquences
Après ces deux vols de rapatriement, d’autres vols de rapatriement depuis l’Inde ont été suspendus. Cependant, les vols ont repris le 15 mai 2021 et une quarantaine obligatoire de 72 heures avant le vol des passagers en Inde a été mise en place. Deux des facteurs qui ont contribué à une réduction des cas de rapatriement étaient une augmentation du taux de vaccination et une diminution de la vague Delta en Inde et dans le monde. Les auteurs de cette étude ont souligné que les taux de vaccination contre le COVID-19 en Australie étaient faibles pendant la période d’étude et que la quarantaine était un élément essentiel pour réduire les incursions internationales.
Les chercheurs ont en outre indiqué qu’ils n’excluaient pas la possibilité de transmission du virus dans la salle d’embarquement et lors de l’embarquement. La principale force de cette étude est l’inclusion de tests complets avant et après le vol et du séquençage génomique. Il a fourni des preuves solides de la transmission du SRAS-CoV-2 associée en vol, sur la base de deux vols de rapatriement de l’Inde vers l’Australie lors de la vague de variante Delta en avril 2021.
