Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de prétirage, les scientifiques ont enquêté sur l’infection par le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2) chez le cerf de Virginie (WTD) dans le sud du Québec, au Canada, dans le cadre d’une analyse pancanadienne plus approfondie du SARS-CoV-2 débordement sur la faune. Pour mieux définir l’infection par le SRAS-CoV-2 chez cette espèce, les chercheurs ont utilisé les génomes viraux et l’isolement.
À mesure que la pandémie progresse, de nouvelles données sur les espèces sensibles qui pourraient fonctionner comme des réservoirs compétents du SRAS-CoV-2 émergent. En raison de preuves expérimentales de sensibilité ainsi que de preuves récentes d’exposition et d’infection au SRAS-CoV-2 dans le nord-est des États-Unis, la WTD est désormais considérée comme une espèce très pertinente.
Étude : Première détection de l’infection par le SRAS-CoV-2 chez la faune canadienne identifiée chez le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) en liberté du sud du Québec, Canada. Crédit d’image : Tom Reichner/Shutterstock.com
Sommaire
À propos de l’étude
Dans cette étude, des échantillons ont été prélevés à partir de 258 WTD dans deux régions – la région de l’Estrie et les Laurentides – du sud du Québec, Canada. Les adultes (92 %) et les hommes (79 %) constituaient la majorité des WTD échantillonnés.
Les échantillons comprenaient 251 écouvillons nasaux et 104 ganglions lymphatiques rétropharyngés de 258 cerfs qui ont été examinés pour l’acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2 par transcription inverse-réaction en chaîne par polymérase (RT-PCR), ont subi un séquençage complet du génome et l’isolement du virus en novembre 2021 , et 251 échantillons de liquide de la cavité thoracique ont été criblés pour les anticorps neutralisants.
Carte des régions administratives du sud du Québec et numéros d’identification correspondants dans la région d’étude. L’encart montre l’emplacement du Québec (encadré) et la région d’étude (ombrée en noir) au Canada.
Résultats
La première détection de l’exposition et de l’infection au SARS-CoV-2 chez les WTD au Canada est décrite dans cette étude. Le SRAS-CoV-2 a été trouvé dans 1,2 % des prélèvements nasaux de cerfs, tandis que des anticorps neutralisants contre le SRAS-CoV-2 ont été trouvés dans 5,6 % des échantillons. Notamment, la prévalence de l’infection par le SRAS-CoV-2 chez les WTD décrite dans cette étude est significativement inférieure à celle rapportée dans l’Iowa (33,2 %) et l’Ohio (35,8 %).
Carte du sud du Québec avec les emplacements des cerfs de Virginie confirmés positifs au SRAS-CoV-2 PCR (rouge), sérologie positive (jaune) et PCR et sérologie négative (gris) du 6 au 8 novembre 2021. Les données d’infection et d’exposition sont superposée à (A) une carte choroplèthe de la densité de la population humaine (par km2) par municipalités régionales de comté (limites grises fines) et (B) une carte thermique de la densité de récolte de cerfs par 100 km2 à partir de 2020 comme approximation de la densité de la population de cerfs. Les régions administratives sont indiquées par des frontières noires
De même, la séroprévalence est nettement inférieure aux 40 % enregistrés pour le nord-est des États-Unis et aux 37 % signalés pour le Texas. Cette découverte pourrait indiquer que la propagation du SARS-CoV-2 au WTD dans cette partie du Québec est très récente.
Tous les ATD positifs et séropositifs à la PCR ont été retrouvés dans la région de l’Estrie. Même si les chercheurs ont inclus des séquences du SARS-CoV-2 provenant d’humains du Québec, aucune séquence de la région de l’Estrie n’était disponible, ce qui indique un sous-échantillonnage régional des séquences du SARS-CoV-2 d’humains.
Les séquences entières du génome SARS-CoV-2 se sont avérées posséder deux variantes du gène S – S:T22I et S:A27V – qui différaient du cerf et des séquences AY.44 les plus étroitement apparentées de GISAID dans l’étude actuelle. Cette découverte suggère que le SARS-CoV-2 circule dans le WTD depuis un certain temps et que les marqueurs génétiques pourraient être utiles pour suivre la transmission et l’évolution du SARS-CoV-2 dans les futures études sur le WTD et les génomes humains. Cependant, il n’est pas clair si ces améliorations auront un impact plus large sur la santé publique.
Effet cytopathique observé dans les cellules VeroE6 inoculées avec des écouvillons nasaux de cerfs de Virginie positifs pour le SRAS-CoV-2 à 5 jours après l’infection (A-4055, B-4249) avec un témoin négatif inoculé simulé (C) et un témoin positif inoculé avec un échantillon clinique nasopharyngé d’un patient COVID-19 (D). Le grossissement était de 100x.
Les chercheurs ont pu isoler le SRAS-CoV-2 vivant à partir de deux des trois écouvillons nasaux positifs à la PCR confirmés par l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA). Selon des recherches antérieures, la réplication virale productive est limitée aux voies respiratoires supérieures, le virus infectieux étant excrété dans les sécrétions nasales des WTD infectés. Bien qu’il n’y ait aucune preuve de transmission du SRAS-CoV-2 du cerf à l’homme à l’heure actuelle, ces découvertes mettent en évidence les dangers du contact humain avec des WTD sauvages et captifs.
Limites
Il y a quelques limites à cette étude. Tout d’abord, alors que profiter de la saison de chasse habituelle du WTD a produit un nombre important d’échantillons, l’étude actuelle s’est déroulée sur une courte période et a couvert une zone géographique relativement petite. Deuxièmement, les échantillons utilisés dans cette enquête avaient été récoltés post-mortem. Bien que 98 % des échantillons aient été prélevés dans les 48 heures suivant la récolte, la dégradation des échantillons s’est probablement produite pendant cette période.
Conclusion
Les résultats de l’étude montrent un besoin de surveillance accrue de la DPT au Québec et partout au Canada. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour savoir comment le virus est transmis des humains aux cerfs, avec quelle efficacité et durabilité le virus est transmis entre les cerfs dans la nature, si le WTD pourrait servir de réservoir pour le SRAS-CoV-2 au Canada, comment les adaptations virales se produisent dans la WTD, et si et à quelle fréquence la transmission cerf-humain se produit.
Pour garantir qu’une stratégie One Health est appliquée à cette menace urgente de pandémie en guidant la prise de décision fondée sur des données probantes pour la santé humaine et animale, des efforts continus coordonnés et interdisciplinaires sont nécessaires.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
