Un outil neuf développé par Weill Cornell Medicine et les chercheurs de l'Université d'Adélaïde a amélioré la capacité de suivre plusieurs mutations génétiques tout en enregistrant simultanément l'activité des gènes dans des cellules cancéreuses individuelles. La technologie, qui peut désormais utiliser divers types d’échantillons pathologiques et traiter rapidement un grand nombre de cellules, a permis aux chercheurs d’acquérir de nouvelles connaissances sur la façon dont les cancers évoluent vers une plus grande agressivité et une plus grande résistance au traitement.
Décrit dans un article publié le 10 octobre dans Génomique cellulairele nouvel outil, GoT-Multi, constitue une avancée de nouvelle génération par rapport à un outil antérieur appelé GoT (Genotyping of Transcriptomes). GoT était très innovant mais limité dans la détection de certaines mutations génétiques ainsi que dans le nombre de mutations qu'il pouvait détecter à la fois, et il était limité à des échantillons de tissus frais ou congelés. GoT-Multi surmonte considérablement ces limitations et peut traiter des échantillons de tissus conservés avec un produit chimique appelé formol et incorporés dans de la cire – un type d'échantillon qui constitue une vaste ressource scientifique dans les laboratoires de pathologie hospitaliers du monde entier. Les chercheurs ont mis en évidence le potentiel de GoT-Multi en l'utilisant pour révéler de nouveaux détails sur la manière dont une leucémie relativement indolente peut évoluer vers un lymphome agressif.
Cette technologie nous donne le pouvoir neuf substantiel de répondre à des questions importantes sur la façon dont les cancers évoluent, depuis les débuts des excroissances néoplasiques précancéreuses jusqu'à la transformation en malignité et enfin à la résistance thérapeutique.
M. Anna Nam, auteur Co-sénior d'étude, professeur adjoint de pathologie et de médecine de laboratoire, famille Gellert/John P. Leonard, chercheur en médecine en hématologie et oncologie médicale, et membre de l'Institut Englander pour la médecine de précision et du Sandra et Edward Meyer Cancer Center à Weill Cornell Medicine
L'autre co-auteur principal de l'étude était le Dr Luciano Martelotto, professeur agrégé et chef d'équipe au Adelaide Center for Epigenetics, Université d'Adélaïde. Les boursiers postdoctoraux Dr Minwoo Pak et Dr Mirca Saurty-Seerunghen du laboratoire du Dr Nam ont codirigé ce travail.
Le Dr Nam, qui est également pathologiste au NewYork-Presbyterian/Weill Cornell Medical Center, a dirigé le développement de l'outil GoT à la fin des années 2010 en tant que chercheur postdoctoral dans le laboratoire du Dr Dan Landau, professeur de médecine de la famille Bibliowicz et membre de l'Institut Englander pour la médecine de précision et du Sandra et Edward Meyer Cancer Center à Weill Cornell Medicine, et membre principal du corps professoral du New York Genome Center. GoT et GoT-Multi sont considérés comme des outils « multi-omiques unicellulaires » car ils permettent aux chercheurs d'enregistrer plusieurs couches d'informations à partir de cellules individuelles.
Dans une démonstration frappante des capacités uniques de GoT-Multi, les chercheurs l'ont appliqué à des échantillons de tissus, y compris le type d'échantillon qu'ils étaient auparavant incapables d'analyser, provenant de patients atteints de leucémie lymphoïde chronique en transition vers un lymphome à grandes cellules B plus malin, un changement connu sous le nom de transformation de Richter. L'outil a permis aux chercheurs de profiler des dizaines de milliers de cellules tumorales individuelles, de suivre la présence de plus de deux douzaines de mutations génétiques différentes et de voir comment ces mutations étaient liées aux activités des cellules – certaines cellules se développant plus rapidement, d'autres attisant l'inflammation – à mesure que le cancer évoluait. Dans l’ensemble, GoT-Multi a éclairé cette progression maligne comme jamais auparavant.
Les chercheurs appliquent désormais GoT-Multi à une large cohorte de lymphomes résistants au traitement, ainsi que pour cartographier le développement d’autres cancers et états précancéreux. Ils s’attendent à ce que les informations fournies par GoT-Multi suggèrent de nouvelles stratégies thérapeutiques.
