Le nombre de cas signalés d’utilisation de virus pour traiter des mycobactéries mortelles les infections viennent d’être multipliées par cinq. Dans une nouvelle étude, une équipe dirigée par des chercheurs de l’Université de Pittsburgh et de l’Université de Californie à San Diego rapporte 20 nouvelles études de cas sur l’utilisation du traitement expérimental, montrant le succès de la thérapie chez plus de la moitié des patients.
Il s’agit du plus grand ensemble jamais publié d’études de cas sur la thérapie utilisant des virus tueurs de bactéries connus sous le nom de bactériophages, fournissant des détails sans précédent sur leur utilisation pour traiter des infections graves tout en jetant les bases d’un futur essai clinique.
Certains de ces résultats sont spectaculaires, et d’autres sont compliqués. Mais lorsque nous examinons 20 cas, il devient beaucoup plus convaincant que les phages contribuent à des résultats favorables ; et chez les patients qui n’ont pas d’autres alternatives. »
Graham Hatfull, professeur de biotechnologie de la famille Eberly à la Kenneth P. Dietrich School of Arts and Sciences de l’Université de Pittsburgh
Chaque patient traité dans l’étude était infecté par une ou plusieurs souches de Mycobacterium, un groupe de bactéries qui peuvent provoquer des infections mortelles et résistantes au traitement chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli ou atteintes de la fibrose kystique, un trouble pulmonaire. En 2019, Hatfull a dirigé une équipe montrant la première utilisation réussie de phages pour traiter l’une de ces infections.
« Pour les cliniciens, c’est vraiment un cauchemar : elles ne sont pas aussi courantes que d’autres types d’infections, mais elles sont parmi les plus difficiles à traiter avec des antibiotiques », a déclaré Hatfull. « Et surtout lorsque vous prenez ces antibiotiques sur de longues périodes, ils sont toxiques ou ne sont pas très bien tolérés. »
Le mois dernier, les chercheurs de l’Université de Pittsburgh ont participé à deux nouvelles études de cas traitant avec succès des patients en collaboration avec des collègues de National Jewish Health et de l’Université de Harvard. Mais ces rapports ne représentent qu’une fraction des cas dans lesquels l’équipe a été impliquée dans les coulisses. Depuis 2019, Hatfull et son laboratoire ont répondu aux demandes de plus de 200 cliniciens à la recherche de traitements pour leurs patients, travaillant avec eux pour trouver des phages qui pourraient être efficaces contre la souche particulière de bactéries infectant chaque patient.
Le dernier article, publié aujourd’hui dans la revue Maladies infectieuses cliniques aux côtés de collaborateurs de 20 institutions, élargit considérablement l’ensemble des preuves publiées sur l’efficacité de la thérapie.
« Ce sont des médecins incroyablement courageux, sautant du rebord pour faire une thérapie expérimentale pour essayer d’aider les patients qui n’ont pas d’autres options », a déclaré Hatfull. « Et chacune de ces collaborations représente un marqueur qui peut faire avancer le domaine. »
En examinant les mesures de la santé du patient et si des échantillons du patient montraient encore des signes d’infections à Mycobacterium, l’équipe a constaté que la thérapie avait réussi dans 11 cas sur 20. Aucun patient n’a présenté de réaction indésirable au traitement.
Chez cinq autres patients, les résultats de la thérapie n’ont pas été concluants et quatre patients n’ont montré aucune amélioration. Selon Hatfull, même ces échecs apparents sont essentiels pour rendre la thérapie accessible à davantage de patients. « À certains égards, ce sont les cas les plus intéressants », a-t-il déclaré. « Comprendre pourquoi ils n’ont pas fonctionné va être important. »
Plusieurs tendances inattendues ont émergé des études de cas. Dans 11 cas, les chercheurs n’ont pas pu trouver plus d’un type de phage qui pourrait tuer l’infection du patient, même si la pratique courante consisterait à injecter un cocktail de différents virus afin que les bactéries soient moins susceptibles de développer une résistance.
« Si vous m’aviez demandé si c’était une bonne idée il y a trois ans, j’aurais eu une crise », a déclaré Hatfull. « Mais nous n’avons tout simplement pas observé de résistance, et nous n’avons pas constaté d’échec du traitement dû à la résistance, même en n’utilisant qu’un seul phage. »
De plus, l’équipe a constaté que le système immunitaire de certains patients attaquait les virus, mais que dans quelques cas seulement, leur système immunitaire rendait le virus inefficace. Et dans certains cas, le traitement a quand même réussi malgré une telle réaction immunitaire. L’étude brosse un tableau encourageant pour la thérapie, a déclaré Hatfull, et qui ouvre la possibilité de nouveaux régimes de phages que les cliniciens pourraient utiliser pour maximiser les chances de succès du traitement.
Outre l’importance de l’étude pour les patients confrontés à des infections à Mycobacterium, elle représente également une avancée substantielle pour le domaine plus large de la phagothérapie. Une préoccupation dans certains coins est que les chercheurs ne publient que des études de cas dans lesquelles la phagothérapie réussit.
« Une série d’études de cas consécutives, où nous ne sélectionnons pas, est une façon beaucoup plus transparente de voir ce qui fonctionne et ce qui ne fonctionne pas », a déclaré Hatfull. « Cela ajoute un poids considérable au sentiment que la thérapie est sûre. »
Le laboratoire continue de fournir des phages à davantage de patients – ; tout en menant des recherches pour élargir l’entonnoir qui a réduit un groupe initial de 200 patients à 20, dans l’espoir de fournir un traitement à davantage de personnes sans autre option.
« Nous n’avons pas encore compris comment trouver ou concevoir des phages capables d’attraper toutes les souches de bactéries chez ces patients », a déclaré Hatfull. « Cela représente l’un des principaux défis à venir. »
