Dans une étude récente publiée dans Virusles chercheurs ont caractérisé le virome de Pipistrellus pygmaeus chauves-souris de Suède.
Sommaire
Arrière plan
Des études antérieures ont signalé que les chauves-souris étaient des réservoirs potentiels de virus pathogènes tels que Nipah, Hendra, le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) et les virus de Marburg, dont certains sont liés à des virus de mammifères. La diversité des virus chez les chauves-souris varie selon les espèces de chauves-souris et la situation géographique.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont effectué une analyse métagénomique virale pour identifier les virus présents dans Pipistrellus pygmaeus (Leach, 1825) Chauves-souris suédoises. Ils ont également caractérisé les génomes de longueur partielle et de longueur totale des coronavirus de chauve-souris (BtCoV) tels que les picornavirus et les alphacoronavirus.
Pour l’analyse, 10 Pipistrellus pygmaeus des chauves-souris ont été capturées à partir de perchoirs à deux endroits en Suède entre juin et juillet 2020 à l’aide de filets japonais, et leurs échantillons de matières fécales (n = 9) et de salive (n = 6) ont été obtenus. L’acide ribonucléique (ARN) a été extrait des échantillons et soumis à une analyse par réaction en chaîne par polymérase (PCR), après quoi les génomes viraux ont été séquencés à l’aide d’un alignement de séquences multiples (MSA) et d’un séquençage Sanger.
Par la suite, des analyses phylogénétiques et de recombinaison ont été effectuées, suivies d’une analyse bioinformatique des données métagénomiques virales. Les bases de données référencées pour les correspondances les plus proches des séquences d’acides aminés obtenues comprennent la base de données de l’outil de recherche d’alignement local de base (BLAST)-nr et la base de données du centre national d’information sur la biotechnologie (NCBI).
De plus, une analyse in silico a été effectuée pour caractériser davantage les BtCoV suédois avec des séquences codant pour la protéine du cadre de lecture ouvert 1 traduit (ORF1ab) et les séquences d’acides aminés obtenues alignées avec d’autres CoV tels que les alphacoronavirus, les bêtacoronavirus, les gammacoronavirus et les deltacoronavirus. .
Résultats
Au total, 145 383, 1 210 402 et 226 lectures virales BtCoV ont été obtenues à partir de Pipistellus pygmaeus des échantillons des matières fécales du pool Hammarskog emplacement 1 (F-MV), des matières fécales du Hammarskog emplacement 2 (F-HS) et de la salive du pool Hammarskog emplacement 2 (S-HS), respectivement. Les séquences identifiées étaient en relation avec 51 familles de virus et de virus à ARN non catégorisés qui infectent les bactéries, les champignons, les plantes, les mammifères et les insectes.
Les virus les plus répandus étaient liés Retroviridae, Herpesviridae, Coronaviridae, Tymoviridae, Hepeviridae familles virales et virus à ARN non catégorisés. Séquences de familles virales telles que Potyviridae, Betaflexiviridae, Reoviridae, Totiviridae et Alphaflexiviridés avait une prévalence plus élevée dans le groupe S-HS. Séquences liées à des familles virales telles que Astroviridae, Alphatétraviridae, Lutéoviridés, Dicistroviridae, Mimiviridae, Iflaviridae, Partitiviridae, Paramyxoviridae, Poxviridae Picornaviridés, Virgaviridae et Solemoviridés étaient plus fréquents dans les bassins fécaux.
La plupart des lectures partageaient une faible identité protéique avec des virus connus et pouvaient donc être représentatives de virus émergents ou nouveaux. Deux génomes BtCoV partiels (presque de longueur totale) du pool de chauves-souris F-MV ont été caractérisés, dont le premier (BtCoV/F-MV1/P.pyg/SWE/2020) partageait la plus grande similitude avec BtCoV MN482242.1 du danois P. pygmée chauves-souris (identité protéique 89% à 99%). Le second (BtCoV/F-MV2/P.pyg/SWE/2020) était le plus similaire aux BtCoV finlandais (MN065811.1 et MG923573.2) et aux BtCoV danois (MZ218060.1 et MN535733.1) avec 78 % de 99% d’identité protéique. Cependant, les deux espèces de BtCoV ne partageaient que 65% à 73% d’identité entre elles au niveau nt.
Les génomes du BtCoV étaient similaires à ceux des autres alpha-CoV. À partir du pool de chauves-souris F-HS, un génome partiel (BtCoV/F-HS1/P.pyg/SWE/2020) était le plus similaire à MN482242.1 avec une identité protéique de 88 % à 100 %. Aucune recombinaison entre les souches BtCoV/F-HS1/P.pyg/SWE/2020 et BtCoV/F-MV1/P.pyg/SWE/2020 n’a été observée, alors que le génome BtCoV/F-MV2/P.pyg/SWE/2020 ont montré la recombinaison ORF1a des BtCoV MG923574.2 et MN535732.1 de Finlande et du Danemark, respectivement.
Séquences du génome suédois du BtCoV regroupées avec les alpha CoV et les séquences BtCoV/F-HS1/P.pyg/SWE/2020 et BtCoV/F-MV1/P.pyg/SWE/2020 regroupées étroitement avec Nyctacovirus sous-genre BtCoV d’Italie et du Danemark. Le BtCoV/F-MV2/P.pyg/SWE/2020 regroupé avec Pédacovirus sous-genre BtCoV danois et finlandais et 266 Coronaviridés les lectures liées à la famille du pool S-HS partageaient 89% à 99% de protéines similaires avec la souche MN482242.1. Des séquences liées aux Picornaviridae ont été trouvées dans tous les échantillons avec six, 23 858 et 170 lectures dans le pool S-HS, le pool F-HS et le pool F-MV, respectivement.
Le génome partiel de Bt picorna (BtPV) BtPp-PicoV/F-HS-1/SWE/2020 partageait 83 % d’identité nt et 94 % d’identité protéique avec BtPV KJ641697.1 présent en chinois Nyctalus valutinus espèce de chauve-souris. BtPV partiel BtPp-PicoV/F-HS-2/SWE/2020 partageait 78 % d’identité nt et 88 % d’identité protéique avec la souche KJ641697.1. Les génomes BtPp-PicoV/F-HS-2/SWE/2020 et PicoV/F-HS-1/SWE/2020 ont montré une identité de 82 % nt entre eux ; cependant, l’identité nt était faible, indiquant que les deux souches étaient différentes.
Génomes viraux regroupés avec Shanbavirus genre BtPVs de la famille du virus Picornaviridae et étroitement regroupés avec la souche BtPV KJ641697.1 de chauves-souris chinoises. Des virus apparentés aux Hepeviridae ont été détectés dans tous les pools de chauves-souris. La souche BtHEV-Pp1/F-MV/P.pyg/SWE/2020 du pool de chauves-souris F-MV était la plus similaire à la souche MT815970.1 de Swiss P. nathusii chauves-souris (identité protéique 82% à 96%). Les contigs viraux à ARN non classés étaient similaires aux réovirus infectant les insectes. Trois contigs alphatétraviraux ont montré une identité de 42% à 59% avec la souche KX423453.1 du virus du rabougrissement Helicoverpa armigera.
Les contigs plus longs partageaient 32 % d’identité protéique avec le virus Praha dicistro-like 2 et neuf contigs partageaient 42 % à 91 % d’identité protéique avec d’autres astrovirus. Six contigs de parvovirus partageaient 41 % à 87 % d’identité protéique avec les adénovirus. Huit contigs partageaient entre 35 % et 87 % d’identité protéique avec la souche de paramyxovirus KJ641657.1. De plus, les contigs liés à Partitiviridés, Tymoviridés, Totiviridés, Nodaviridés, Familles Alphaflexiviridae, Microviridae et Carmotetraviridae ont été identifiés.
Conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que le suédois P. pygmée les chauves-souris abritent divers virus, certains apparentés à des virus de mammifères. Les auteurs pensent qu’il s’agit de la première étude sur P. pygmée caractérisation du virome de chauve-souris et élargirait les connaissances sur l’évolution et la propagation du BtCoV.
