Dans une étude récente publiée dans la revue Natureles chercheurs ont étudié l’affinité et l’antigénicité du récepteur du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère Omicron BA.2.86.
La pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est terminée. Pourtant, la transmission et l’évolution du SRAS-CoV-2 se poursuivent. Dernièrement, les infections sont principalement dues aux sous-variantes XBB.1.5 et EG.5.1. SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86, une sous-variante hautement mutée, a été récemment signalée et est génétiquement distincte des variantes existantes.
Étude : Antigénicité et affinité pour les récepteurs de la pointe SARS-CoV-2 BA.2.86. Crédit image : Créé avec l’aide de DALL·E 3
Cette sous-variante est aussi éloignée de son prédécesseur, BA.2, que la variante BA.1 l’est de la variante Delta, ce qui soulève des inquiétudes quant à une évasion similaire des anticorps. Plus de 400 séquences BA.2.86 ont été détectées dans 28 pays malgré une surveillance continue limitée. Une récente épidémie dans un établissement de soins en Angleterre suggère que la sous-variante est facilement transmissible.
Cependant, les données sur sa pathogénicité sont limitées. BA.2.86 héberge 34 mutations supplémentaires par rapport à BA.2. Bien que certaines de ses mutations aient déjà été décrites, d’autres ont été rarement trouvées. Cette vaste gamme de mutations dans BA.2.86 est préoccupante, compte tenu de son potentiel accru à échapper aux anticorps induits par une infection ou par la vaccination et aux anticorps monoclonaux thérapeutiques (mAb).
L’étude et les résultats
Dans la présente étude, les chercheurs ont caractérisé l’antigénicité du SRAS-CoV-2 Omicron BA.2.86. Ils ont obtenu des échantillons de sérum de trois cohortes. La première cohorte comprenait des individus en bonne santé ayant reçu trois doses du vaccin monovalent, suivies de deux doses bivalentes. Les deuxième et troisième cohortes comprenaient respectivement des patients présentant une infection par BA.2 et XBB après la vaccination.
Des pseudovirus du virus de la stomatite vésiculaire (VSV) ont été générés pour évaluer l’antigénicité du pic BA.2.86. Ils ont développé deux versions de sa pointe (BA.2.86-V1 et BA.2.86-V2) basées respectivement sur l’absence ou la présence de la mutation 1670V. Des pseudovirus EG.5.1, XBB.1.5 et BA.2 ont également été générés.
Les pseudovirus ont été testés pour leur neutralisation par les sérums des trois cohortes cliniques. Les deux versions de pointe de BA.2.86 ont montré une dilution inhibitrice semi-maximale similaire (ID50) titres dans les cohortes, ce qui implique que 1 670 V n’a eu aucun effet considérable. BA.2 était le plus sensible à la neutralisation sérique dans toutes les cohortes, tandis que EG.5.1 était le plus résistant.
BA.2.86 était deux fois et 1,9 fois plus sensible que EG.5.1 à la neutralisation par les sérums des première et deuxième cohortes, respectivement. La sensibilité de BA.2.86, EG.5.1 et XBB.1.5 à la neutralisation par les sérums de la troisième cohorte était similaire. Cela a également été confirmé par la neutralisation des BA.2.86 et EG.5.1 authentiques à l’aide des mêmes sérums, ce qui suggère que l’exposition à XBB.1.5 pourrait provoquer une réponse efficace contre les variantes dominantes du SRAS-CoV-2.
Ensuite, l’équipe a testé la sensibilité de BA.2.86-V1 à 26 mAb. EG.5.1 et XBB.1.5 ont également été testés à des fins de comparaison. BA.2.86 était substantiellement ou complètement résistant aux mAb qui ciblent les épitopes de classe 2 et 3 du domaine N-terminal (NTD), du domaine de liaison au récepteur (RBD) et du sous-domaine 1 (SD1). L’étendue de l’évasion était plus grande que celle de EG.5.1 et XBB.1.5.
Plus précisément, BA.2.86 était très résistant aux mAb de classe 3 (Beta-54 et S309) et au XGv051 (mAb de classe 2) et a échappé à la neutralisation par les mAb SD1 qui ont neutralisé EG.5.1 et XBB.1.5. Notamment, BA.2.86 était plus sensible à la neutralisation par la plupart des mAb ciblant les épitopes de classe 4/1 et de classe 1 dans le RBD interne, par rapport à EG.5.1.
Ensuite, les chercheurs ont synthétisé les gènes des 34 mutations de BA.2.86 dans le contexte BA.2 et ont généré les pseudovirus correspondants pour réexaminer la neutralisation par les mAb. Ils ont découvert que la substitution H245N conférait une résistance contre C1520, un mAb dirigé contre les MTN. De même, la substitution E554K était responsable de l’évasion de la neutralisation par tous les mAb SD-1 du panel.
F486P et N460K ont médié la résistance à certains mAb de classe 1 et de classe 2 dirigés par RBD, tandis que plusieurs autres ont compromis l’activité des mAb de classe 3 RBD. De plus, l’équipe a identifié deux nouvelles mutations (I332V et S50L) et deux mutations connues (R493Q et R403K) qui confèrent une sensibilisation. Le reste des nouvelles mutations de BA.2.86 ont eu un impact mineur ou nul sur l’antigénicité.
Enfin, l’équipe a utilisé la résonance plasmonique de surface pour évaluer l’affinité du récepteur de la pointe BA.2.86, ainsi que des pointes des variantes EG.5.1, BA.2 et XBB.1.5. L’affinité des pointes EG.5.1 et XBB.1.5 pour l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) était comparable et légèrement supérieure à celle de la pointe BA.2. En revanche, les deux versions de pointe de BA.2.86 ont démontré une affinité de liaison plus de deux fois accrue.
Conclusions
Pris ensemble, le variant SARS-CoV-2 BA.2.86 n’a pas montré une résistance plus élevée à la neutralisation par le sérum humain que les variants EG.5.1 et XBB.1.5. En outre, le variant était légèrement plus sensible à la neutralisation que l’EG.5.1. Ces résultats contrastent fortement avec ceux d’une étude suédoise qui a observé que BA.2.86 était plus résistant que les sous-variantes XBB.
Cet écart pourrait provenir des différences dans les antécédents d’infection ou de vaccination par le SRAS-CoV-2. Le pic BA.2.86 a également montré une affinité remarquablement élevée pour le récepteur. Dans l’ensemble, il sera crucial de délimiter l’écart sous-jacent étant donné qu’une résistance plus élevée à la neutralisation peut conférer au variant un avantage pour se propager dans la population ; une surveillance continue est donc justifiée.
