Dans un récent document de recherche téléchargé sur le bioRxiv serveur de prépublication*, les chercheurs ont évalué les caractéristiques virologiques d’une nouvelle lignée Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) nommée BA.2.86. Ils ont mené une modélisation de la dynamique épidémique, des études expérimentales utilisant les antiviraux actuellement disponibles en clinique et des enquêtes sur la fusogénicité sur des hamsters. Leurs résultats ont révélé que par rapport à Omicron EG.5.1, dominant à l’échelle mondiale, le nombre de réplication de BA.2.86 est considérablement plus élevé.
Étude : Caractéristiques virologiques de la variante SARS-CoV-2 BA.2.86. Crédit d’image : ktsdesign/Shutterstock
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
Il est encourageant de constater que quatre antiviraux actuellement disponibles pourraient traiter efficacement la nouvelle sous-souche, et que le pouvoir pathogène de la souche (chez les hamsters) était bien inférieur à celui de la souche parentale BA.2. Les chercheurs attribuent cette pathogénicité réduite à une faible cinétique de croissance et à une diminution de la capacité de reproduction.
Sommaire
Trop de variantes !
Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), responsable de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), a fait plus de 6,9 millions de morts depuis le début de l’épidémie fin 2019. Identifié pour la première fois à Wuhan, en Chine, le virus est un virus à ARN simple brin de sens positif. Le virus ancestral était une hôte de chauves-souris, mais étant donné son taux de mutation intrinsèquement élevé, un événement de débordement génétique a entraîné sa capacité à infecter les humains avec une pathogénicité élevée.
L’ancêtre du COVID humain, qualifié de type ancestral « A » par les chercheurs occidentaux, a conservé la capacité élevée de mutation de son parent, ce qui a donné lieu à des milliers de variantes du SRAS-CoV-2 actuellement existantes. Notamment, le type « B » est responsable de la pandémie. Sur la base de la pathogénicité et de la sensibilité à la vaccination et à l’intervention clinique, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a en outre étiqueté la lignée de type B en « alpha », « bêta », « gamma », « delta » et, plus récemment, « omicron ». «
Détecté et identifié pour la première fois au Botswana, en Afrique du Sud, le 24 novembre 2021, le variant Omicron, scientifiquement appelé « B.1.1.529 », et plus particulièrement son descendant XBB.1.9.2.5.1 (maintenant appelé « EG.5.1) est par de loin, la variante la plus répandue et la plus dévastatrice du SRAS-CoV-2 dans le monde aujourd’hui et le seul virus COVID-19 qui conserve le label « Variante préoccupante » de l’OMS. Le 14 août 2023, cependant, une nouvelle descendance de XBB étiquetée BA .2.86 a été découvert avec plus de 30 mutations dans la protéine Spike (S).
Compte tenu du rôle crucial joué par la protéine S dans l’infectiosité et l’évasion immunitaire, le 17 août 2023, l’OMS a désigné BA.2.86 comme variante nécessitant une surveillance urgente, lançant ainsi la recherche sur ses caractéristiques virales. Le 31 octobre 2023, la variante a été confirmée à l’échelle mondiale, bien qu’à faibles concentrations. On suppose que la variante mute encore plus rapidement que ses ancêtres, avec plus de 1 400 séquences virales découvertes à ce jour.
La recherche a étudié le potentiel d’évasion immunitaire du virus, ainsi que ses caractéristiques virologiques spécifiques, notamment son affinité avec le domaine de liaison aux récepteurs humains (RBD). Cependant, son taux de mutation et les évaluations de son pouvoir infectieux, de sa cinétique de croissance et de sa pathogénicité intrinsèque in vivo restent manquantes.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont cherché à étudier les caractéristiques virologiques in vitro et in vivo de la lignée BA.2.86, en particulier son potentiel épidémique, son affinité RBD, sa cinétique de croissance, son potentiel d’évasion immunitaire et sa fusogénicité chez les hamsters. Ils ont en outre testé l’efficacité des antiviraux actuellement disponibles en clinique pour lutter contre la maladie.
Le potentiel épidémique de BA.2.86 a été évalué en estimant son nombre de reproduction effectif relatif (Re) en utilisant des données de surveillance génomique provenant de six pays à forte prévalence de variantes. Un modèle logistique multinomial hiérarchique bayésien multivariant a été utilisé pour calculer R spécifique au pays.e ainsi qu’une extrapolation globale.
L’affinité de liaison de BA.2.56 a été estimée à l’aide d’une technique de présentation sur levure. La liaison de la protéine S RBD de la nouvelle variante au récepteur ACE2 a été comparée aux résultats de XBB.1.5, qui représente jusqu’à présent l’affinité de liaison la plus élevée de toutes les variantes connues de COVID-19. Ils ont ensuite testé le potentiel infectieux du nouveau virus en utilisant un pseudovirus basé sur le VIH-1. Le Western blot du pseudovirus dérivé a été utilisé pour évaluer l’efficacité du clivage de la protéine BA.2.86S.
La fusogénicité de BA.2.86 a été réalisée in vitro à l’aide d’un test de fusion membranaire médiée par la protéine S 192 dans lequel les niveaux d’expression de surface ont été estimés dans Calu-3/DSP.1-7 cellules.
« Pour évaluer la sensibilité de BA.2.86 à l’immunité humorale antivirale 217 provoquée par l’infection percée (BTI) avec d’autres sous-lignées Omicron, nous 218 avons effectué des tests de neutralisation en utilisant les sérums BA.2 BTI (n = 13) et BA.5 BTI 219. (n = 17). »
Des cellules Vero inoculées avec BA.2.86 ont été utilisées pour étudier la cinétique de croissance du virus in vitro. Par la suite, la sensibilité antivirale du nouveau variant a été mesurée par rapport au nirmatrelvir, à l’ensitrelvir, au remdesivir et à l’EIDD-1931. Enfin, in vivo, La pathogénicité du BA.2.86 a été testée chez le hamster.
Résultats de l’étude
Le potentiel épidémique de BA.2.86 s’est avéré être le plus élevé de tous les variants d’Omicron connus, avec le R globale estimé comme étant 1,07 fois supérieur à EG.5.1. Ceci est remarquable étant donné la prévalence croissante de BA.2.86, en particulier dans les pays européens, et suggère que la nouvelle variante remplacera éventuellement EG.5.1 en tant que souche COVID-19 dominante à l’échelle mondiale. Les tests d’affinité de liaison ont révélé que BA.2.86 avait une liaison comparable à XBB.1.5 et significativement supérieure à EG.5.1 ou à son BA.2 parental.
Les tests d’infectivité des pseudovirus ont révélé que, in vitro, EG.5.1 surpasse BA.2.86, l’infectivité de ce dernier étant comparable à sa souche parentale BA.2, une caractéristique virale également observée dans la fusogénicité in vitro. Cependant, l’efficacité de clivage de BA.2.86 était nettement supérieure à celle de la souche ancestrale BA.2.
Les tests d’évasion immunitaire ont révélé que BA.2.86 a un potentiel d’évasion immunitaire significativement plus puissant que BA.2 et EG.5.1. Cependant, les tests de cinétique de croissance ont révélé que l’efficacité de croissance de la nouvelle souche était bien inférieure à celle de la souche dominante actuelle EG.5.1.
« Un test d’immunofluorescence 72 h après l’infection (hpi) a en outre montré 238 que les cellules VeroE6/TMPRSS2 infectées par BA.2.86 présentaient une intensité GFP inférieure 239 à celle des cellules infectées par EG.5.1. Ces résultats suggèrent que BA.2.86 240 a montré une capacité de réplication plus faible. par rapport à EG.5.1 et BA.2. »
Les quatre antiviraux testés ont montré une bonne efficacité contre le NA.2.86, le Nirmatrelvir montrant la meilleure efficacité et l’EIDD-193 la plus faible (mais toujours positif). In vivo, des tests sur des hamsters ont montré que l’infection BA.2.86 entraînait une perte de poids corporel et une réduction de la fonction pulmonaire. Cependant, ces paramètres étaient significativement moins puissants par rapport à l’infection EG.5.1. Les évaluations de la charge d’ARN viral ont révélé des résultats similaires (faible charge de BA.2.86 par rapport à EG.5.1 et même à BA.2 ancestral), ce qui suggère que BA.2.86 a une faible efficacité de réplication in vivo.
Conclusions
La présente étude a évalué les caractéristiques virales de la variante BA.2.86 Omicron COVID-19 récemment découverte. L’étude multi-analyse a révélé que malgré une fusogénicité, une affinité de liaison et un potentiel épidémique supérieurs à ceux du variant EG.5.1 actuellement dominant, le nouveau virus entraîne des infections moins graves chez les hamsters et une charge virale réduite.
« Cet écart 290 peut s’expliquer par la capacité de réplication de BA.2.86. En effet, nous avons montré que la cinétique de réplication de BA.2.86 est significativement inférieure à celle de BA.2 en culture cellulaire in vitro (au moins dans les cellules Vero). et in vivo. Par conséquent, nos résultats suggèrent que la pathogénicité atténuée de BA.2.86 est attribuée à sa capacité de réplication diminuée.
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
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