Une étude menée au New York City Department of Health and Mental Hygiene, États-Unis, et à la Mailman School of Public Health, Columbia University, États-Unis, a déterminé le taux de transmission, la capacité d’évasion immunitaire et le taux de mortalité par infection de la variante B.1.526. du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2).
Les résultats révèlent que la variante a une transmissibilité et un potentiel d’échappement immunitaire considérablement plus élevés que les variantes circulant auparavant et qu’elle peut augmenter le taux de mortalité par infection de 62 % à 82 % chez les personnes âgées. L’étude est actuellement disponible sur le medRxiv* serveur de préimpression.
Sommaire
Contexte
Avec la progression de la pandémie de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), plusieurs nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 ont été identifiées. En raison d’une infectiosité et d’une pathogénicité accrues, certaines de ces variantes ont été désignées comme variantes préoccupantes (COV) ou variantes d’intérêt (VOI) par l’Organisation mondiale de la santé (OMS).
La variante B.1.526 du SRAS-CoV-2, également connue sous le nom de variante lota, a été identifiée pour la première fois à New York en novembre 2020. Plus tard, la variante a été détectée dans les 52 États des États-Unis, ainsi qu’en 27 pays à travers le monde.
Comme observé dans une étude en laboratoire, cette variante est modérément résistante à la neutralisation par les anticorps monoclonaux thérapeutiques et les anticorps induits par le vaccin/l’infection. En revanche, les preuves indiquent que la variante n’augmente pas le risque d’infections percées chez les individus vaccinés ou précédemment infectés.
Dans la présente étude, les scientifiques ont analysé plusieurs ensembles de données épidémiologiques et démographiques collectées à New York et ont effectué une modélisation mathématique pour déterminer le taux de transmission, la capacité d’évasion immunitaire et le risque de mortalité par infection de la variante B.1.526.
Étudier le design
Les scientifiques ont utilisé un système d’inférence de modèle de réseau pour estimer la dynamique de transmission du SRAS-CoV-2 et les variables et paramètres au niveau de la population à New York. Sur la base des informations recueillies, ils ont mené une analyse de modélisation multivariante et structurée par âge au niveau de la ville pour estimer les changements de capacité d’infection et d’évasion immunitaire pour la variante B.1.526. L’analyse finale a utilisé les données obtenues à partir de deux modèles pour estimer le taux de mortalité spécifique à la variante chez les personnes infectées par le SRAS-CoV-2 (risque de mortalité par infection).
Pour le système d’inférence de modèle de réseau, ils ont utilisé plusieurs ensembles de données épidémiologiques ainsi que des ensembles de données de vaccination. De même, l’analyse du modèle multivariant a utilisé quatre ensembles de données hebdomadaires, y compris les cas confirmés et suspects de COVID-19, les hospitalisations, la mortalité et le pourcentage de différentes variantes du SRAS-CoV-2 circulant à New York.
Remarques importantes
À New York, la prévalence au niveau de la population de l’infection par le SRAS-CoV-2 était estimée à 16,6 % à la fin de la première vague pandémique. De même, à la fin de la deuxième vague, la prévalence estimée était de 41,7%. Alors que la plupart des infections se sont produites dans la population plus âgée au cours de la première vague, la deuxième vague a causé des infections dans tous les groupes d’âge.
Comparaison de différentes combinaisons de changements de transmissibilité et de propriété d’échappement immunitaire pour B.1.526. Le panneau de gauche montre la précision globale (A), la RMSE relative (B) et la corrélation (C) des estimations du modèle sous différents paramètres de transmissibilité et d’échappement immunitaire. Les croix blanches (x) indiquent la combinaison de paramètres la plus performante. Le panneau de droite montre les estimations du modèle en utilisant la combinaison de paramètres globale la plus performante (c’est-à-dire, prévalence initiale de 1,5 à 3,5 %, transmissibilité plus élevée de 15 à 25 % et échappement immunitaire de 0 à 10 %). Les lignes et les zones environnantes montrent les estimations médianes simulées par le modèle et l’intervalle interquartile ; les points indiquent les observations correspondantes ; les couleurs indiquent différentes variantes comme spécifié dans la légende. Notez que ces simulations de modèle ont utilisé les mêmes taux de détection d’infection, taux d’hospitalisation et IFR (c’est-à-dire, moyenne de novembre 2020 à avril 2021) ; c’est-à-dire qu’ils n’ont pas tenu compte des changements dans la détermination des cas ou de la gravité de la maladie par semaine au cours de cette période, en raison, par exemple, de l’augmentation de la gravité de la maladie par les nouvelles variantes. En tant que tel, il y avait des écarts plus importants par rapport aux observations au cours des derniers mois de la simulation avec plus d’infections par les nouvelles variantes.
Transmissibilité et puissance d’évasion immunitaire du variant B.1.526
Une augmentation rapide des cas infectés par B.1.526 a été observée au cours de la deuxième vague pandémique. Avant l’identification de la variante dans un quartier spécifique pour la première fois début novembre 2020, une augmentation progressive du taux de transmission global du SARS-CoV-2 a été observée dans le même quartier. Le taux de transmission est resté élevé entre novembre 2020 et février 2021, suivi d’une réduction par rapport au niveau de référence lorsque la variante B.1.526 est devenue dominante dans toute la ville. En revanche, le taux de transmission est resté constant dans les autres quartiers. Dans l’ensemble, ces observations indiquent que l’augmentation du taux de transmission dans ce quartier particulier est probablement due à la propagation rapide et précoce de la variante B.1.526.
L’estimation faite à partir des données collectées a révélé que le taux de transmission de la variante B.1.526 est de 15 à 25 % supérieur à celui des variantes circulant auparavant. De plus, les données ont révélé que le variant peut induire des infections à percée dans 0 à 10 % de la population. Avec cette augmentation modérée de la transmissibilité et de la capacité d’évasion immunitaire, le variant B.1.526 est devenu dominant à New York de novembre 2020 à mars 2021. Par la suite, avec l’augmentation du variant plus infectieux B.1.1.7, la prévalence de B.1.526 variante a diminué progressivement.
Risque de mortalité par infection
Malgré une réduction du taux de mortalité suite à la vaccination de masse, une induction du taux de mortalité par infection a été estimée à New York au cours de la deuxième vague pandémique. Les estimations faites par les scientifiques sur les taux d’infection et de mortalité spécifiques à la variante ont révélé que la variante B.1.526 augmente les taux de mortalité par infection de 46%, 82% et 62% chez les individus âgés de 45 à 64 ans, 65 à 74 ans et au-dessus de 75 ans, respectivement. Par rapport aux variantes qui circulaient auparavant, la variante B.1.526, dans l’ensemble, a provoqué une induction de 60% du taux de mortalité par infection. Cette induction était comparable à celle estimée pour la variante B.1.1.7.
Importance de l’étude
L’étude souligne l’importance de surveiller les caractéristiques épidémiologiques des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 pour mieux gérer la pandémie de COVID-19.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
