Une étude historique montre que les virus des chauves-souris sont étroitement liés aux SARS-CoV-1 et SARS-COV-2 émergé des sites d'épidémie, pointant le commerce de la faune, et non le mouvement naturel des chauves-souris, en tant que voie la plus plausible vers les populations humaines.
Étude: La récence et les origines géographiques des virus BAT ancestraux au SARS-CoV et SARS-COV-2. Crédit d'image: All-Stock-Photos / Shutterstock
Une nouvelle étude d'une équipe internationale de chercheurs dirigée par l'Université de Californie à San Diego School of Medicine met en évidence un rôle vital du commerce de la faune dans le déclenchement de l'émergence de la maladie du coronavirus 2019 (Covid-19) chez l'homme. Les résultats sont publiés dans la revue Cellule.
Sommaire
Arrière-plan
Chauves-souris à cheval (Rhinolophus spp.) sont les principaux hôtes de sarbecovirus, des virus qui infectent généralement les chauves-souris sans danger mais se sont répandus chez l'homme par des hôtes intermédiaires. Les coronavirus aigus aigus (SRAS), y compris le SARS-COV-1 (pathogène causal de la pandémie de SARS en 2002) et le SARS-CoV-2 (pathogène causal de la pandémie de covide-19 en 2019), sont des espèces virales au sein de la pandémie de Covid-19 en 2019).
Bien que les preuves existantes suggèrent que les ancêtres de SARS-COV-1 et de SARS-COV-2 circulant dans des chauves-souris en fer à cheval ont donné naissance aux pandémies humaines, il reste largement incertain comment ces virus ont atteint les endroits spécifiques où les retombées se sont produites et si le commerce de la faune, plutôt que la dispersion naturelle des chauves-souris, a facilité leur propagation.
Pour explorer ces questions, des chercheurs de 20 institutions à travers les États-Unis, l'Europe et l'Asie ont analysé les relations évolutives des SAR-COV-1 et du SRAS-COV-2 en utilisant la détection de recombinaison génétique avancée et la modélisation phylogéographique bayésienne. En tenant compte de la recombinaison génétique et de la saturation de substitution au fil du temps, ils ont reconstruit l'histoire évolutive des virus à travers l'Asie avant leur émergence chez l'homme.
Abstrait graphique
Résultats de l'étude
L'analyse a révélé que les sarbecovirus liés au SARS-COV-1 et au SRAS-CoV-2 ont circulé dans les populations de chauves-souris dans l'ouest de la Chine et l'Asie du Sud-Est pendant des millénaires. En utilisant un modèle d'horloge moléculaire «prisonnier de guerre» (POW) pour corriger la saturation de substitution, l'équipe a constaté que ces virus se déplacent à des taux comparables aux gammes de recherche de nourriture de leurs hôtes (~ 2 à 3 km tous les soirs).
Cependant, les ancêtres du virus de la chauve-souris les plus proches de SARS-COV-1 et de SARS-CoV-2 ont émergé moins d'une décennie avant chaque pandémie – l'ancêtre de Sars-CoV-1 dans le sud-ouest de la Chine (1996-2001) et les SAR-CoV-2 dans le nord du Laos ou le Yunnan, Chine (2007-2014). Ces virus devraient parcourir plus de 1 000 kilomètres pour atteindre leurs sites d'émergence humaine dans le Guangdong (SARS-COV-1) et Wuhan (SARS-COV-2) – un voyage invraisemblable par la dispersion naturelle des chauves-souris.
«Nous montrons que le SARS-CoV-1 d'origine circulait dans l'ouest de la Chine – juste un à deux ans avant l'émergence de SRAS dans la province du Guangdong, la Chine centrale du Sud et le SARS-CoV-2 dans l'ouest de la Chine ou le Nord du Laos – a déclaré cinq à sept ans avant l'émergence de Covid-19 en Wuhan», a déclaré Jonathan E. Pekar, Ph.D., auteur principal et auteur postdoctoral de l'université de l'Edinbur, Ph.D., auteur principal et auteur postdoctoral.
L'étude a également testé une diversité virale hypothétique non échantillonnée, confirmant que leurs résultats sont restés robustes même si des parents plus proches existaient dans des régions sous-échantillonnées.
Le commerce de la faune comme lien manquant
Les chercheurs ont conclu que le commerce de la faune à médiation humaine, et non la migration des chauves-souris, transportait ces virus. Pour SARS-CoV-1, Palm Civets et Raccoon Dogs – communs sur les marchés animaux vivants – ont permis de combiner l'écart entre les chauves-souris et les humains.
« Les virus les plus étroitement liés au coronavirus SRAS d'origine ont été trouvés dans Palm Civets and Raccoon Dogs dans le sud de la Chine, à des centaines de kilomètres des populations de chauves-souris qui étaient leur source d'origine », a déclaré l'auteur co-sensior Michael Worobey, Ph.D., professeur à l'Université de l'Arizona. «Nous voyons exactement le même schéma avec SARS-CoV-2.»
Étude de signification
L'étude souligne le risque transnational de commerce de la faune dans la conduite de retombées zoonotiques. La surveillance continue des sarbecovirus dans les chauves-souris et la faune à haut risque, en particulier dans le nord du Laos et le sud-ouest de la Chine, est essentielle pour prévenir les futures épidémies.
« Cette collaboration internationale résout des questions de longue date sur les origines des coronavirus du SRAS », a déclaré l'auteur co-senor Joel Wertheim, Ph.D. «Cela montre comment les agents pathogènes peuvent voyager bien au-delà de leurs réservoirs naturels à travers des activités humaines.»
