Dans une récente lettre au Journal de virologie médicale, les chercheurs explorent les changements survenant dans le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) au fil du temps. Depuis que le SRAS-CoV-2 est apparu pour la première fois fin décembre 2019, il a infecté plus de 472 millions de personnes dans le monde et causé plus de 6,09 millions de décès.
Étude: Allons-nous vers la fin du SRAS-CoV-2 ? Crédit d’image : FOTOGRIN / Shutterstock.com
Alors que dans les pays développés, les programmes de vaccination de masse ont contribué à réduire les dommages causés par la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), des millions de personnes n’ont pas encore reçu de vaccin. De plus, l’émergence de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 capables d’échapper à l’immunité naturelle et induite par le vaccin menace également l’efficacité des vaccins COVID-19 actuels. Comprendre la nature des changements survenus depuis le début de la pandémie pourrait aider à prévenir davantage de décès à l’avenir.
Sommaire
Une brève histoire du COVID-19
Malgré les efforts locaux et internationaux pour stopper la transmission du SRAS-CoV-2, ce virus s’est rapidement propagé au reste du monde, avec de graves épidémies initialement signalées dans les pays voisins de la Chine et de l’Europe avant d’être finalement détectées dans presque tous les pays du monde. .
Les coronavirus sont séparés en quatre genres ; cependant, seuls les alphacoronavirus et les bétacoronavirus sont capables d’infecter les humains. Le SRAS-CoV-2 partage environ 89 % d’identité de séquence avec d’autres coronavirus humains et une homologie de 89 à 96 % avec le coronavirus trouvé chez les chauves-souris, suggérant ainsi une origine zoonotique. Les médias ont rapidement identifié ce détail, qui est souvent présenté à tort comme un saut direct des chauves-souris aux humains. Cependant, une analyse plus approfondie a révélé plusieurs autres sources potentielles de ce virus, dont au moins un hôte intermédiaire qui a transféré le SRAS-CoV-2 des chauves-souris aux humains.
Mutations et variantes du SRAS-CoV-2
L’exon de la protéine non structurale 14 (nsp14) code pour une exonucléase de relecture de l’acide ribonucléique (ARN) conçue pour assurer la fidélité de la reproduction génétique du SARS-CoV-2. Malgré cela, des mutations importantes du SRAS-CoV-2 se sont accumulées au cours de la pandémie.
Les mutations SARS-CoV-2 les plus notables à émerger sont celles affectant la protéine de pointe, qui est responsable de l’entrée cellulaire et de la fusion membranaire. En fait, la première variante officielle du SRAS-CoV-2 portait une mutation à D614G sur la protéine de pointe, qui est devenue plus tard répandue dans le monde entier.
Depuis lors, plusieurs variantes du SARS-CoV-2, dont Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.351), Gamma (P1), Delta (B.1.617.2) et Omicron (B.1.1.529 ) variantes.
Des mutations dans la protéine de pointe peuvent permettre au SRAS-CoV-2 d’échapper à la détection immunitaire, permettant ainsi l’infection malgré une vaccination préalable. À ce jour, la variante SARS-CoV-2 Omicron est particulièrement connue pour sa capacité à provoquer des infections percées.
Plusieurs médicaments ont récemment été développés qui peuvent protéger les individus, malgré des mutations constantes. La plupart de ces thérapeutiques ciblent la principale protéase virale Mpro/3CL protéase ou ARN polymérase dépendante de l’ARN (RdRp), qui sont conservées dans toutes les variantes. Comme l’immunité contre le SRAS-CoV-2 s’estompe relativement rapidement, des médicaments tels que le remdesivir, le molnupiravir et le PAXLOVID pourraient aider à fournir une alternative aux rappels constants de vaccins.
Transmissibilité accrue et gravité réduite de l’infection à Omicron
Certaines mutations, telles que celles de la région régulatrice des gènes de la nucléocapside, cadre de lecture ouvert 9b (Orf9b) et Orf6, peuvent conduire à une expression plus élevée. Pour ces gènes particuliers, cela retarde la réponse immunitaire de l’hôte, augmentant ainsi l’aptitude virale.
En particulier, la variante Omicron consiste en un nombre élevé de mutations qui ont contribué à sa transmissibilité accrue. De plus, la variante Omicron se lie au récepteur de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) avec 44 % d’affinité en plus que la souche de type sauvage.
Cependant, d’autres mutations d’Omicron semblent réduire la gravité de l’infection par cette variante une fois à l’intérieur de la cellule hôte. En fait, la variante Omicron montre des charges virales considérablement réduites dans les voies respiratoires humaines que les autres cellules, alors qu’un traitement réduit de la protéine de pointe semble réduire considérablement la transmission de cellule à cellule. La variante Omicron semble également être plus vulnérable à la décomposition basée sur la température par rapport aux autres variantes.
conclusion
La gravité réduite de la variante Omicron, ainsi que sa montée en puissance dans plusieurs pays, pourraient suggérer que ce virus a peut-être acquis ces mutations en Afrique, où il a d’abord pris de l’importance, d’autant plus que de nombreux pays africains ont des niveaux de vaccination inférieurs. D’autres théories supposent que le SRAS-CoV-2 pourrait avoir connu plusieurs événements zoonotiques supplémentaires, dans lesquels le virus a acquis de nouvelles mutations jusqu’à ce qu’il soit transféré à l’homme.
La transmissibilité élevée et la faible gravité de la variante SARS-CoV-2 Omicron pourraient lui permettre d’agir comme une dose de vaccin naturel ; cependant, de nombreux autres scientifiques ne soutiennent pas cela. Le COVID-19 peut encore être mortel pour les personnes âgées et immunodéprimées ; par conséquent, le fait de lui permettre à une grande population d’agir comme un réservoir est susceptible de permettre l’apparition de nouvelles variantes potentiellement plus dangereuses.
Cependant, la gravité réduite d’Omicron pourrait encore donner de l’espoir, car toutes les maladies zoonotiques présentent une gravité nettement inférieure au fil du temps à mesure qu’elles s’adaptent à leurs nouveaux hôtes. Il est certainement possible que le SARS-CoV-2 continue sur cette voie.
