Le col de volaille traditionnel manque les menaces virales clés – de nouvelles recherches montrent comment l'échantillonnage de l'air et de la surface fournit une façon plus rapide et plus sûre de suivre les agents pathogènes dangereux sur les marchés des oiseaux vivants.
Étude: L'échantillonnage d'air capture avec précision la diversité virale zoonotique circulante émergeant des marchés animaux en direct de la volaille. Crédit d'image: Jess Gregg / Shutterstock
* Avis important: Carré Publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par les pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
Une étude récente révèle que l'échantillonnage environnemental détecte entre 70 et 90% des virus trouvés dans les écouvillons de volaille et identifie 50 virus supplémentaires, dont beaucoup provenaient probablement de sources non aviennes, que les échantillons d'évanouissement de volaille traditionnels dans des environnements à haut risque comme les marchés de la volaille en direct. L'étude est actuellement disponible sur le Carré serveur préalable * et est également en cours d'examen à Portefeuille de la nature.
Sommaire
Arrière-plan
La surveillance environnementale est une stratégie importante pour la détection précoce et la surveillance des agents pathogènes nocifs, y compris le virus de la grippe A aviaire H5N1 hautement pathogène. Cette stratégie est particulièrement vitale pour des endroits comme les marchés des oiseaux vivants, où le risque de transmission des agents pathogènes des animaux aux animaux et des animaux aux humains (zoonotique Retour) est très élevé.
Les épidémies de virus Avian H5N1 hautement pathogènes dans la volaille sont souvent associées à une charge économique importante, affectant la source de revenus des personnes qui comptent sur la production de volaille à petite échelle. Le virus a également un taux de mortalité de plus de 50% chez l'homme.
La surveillance des agents pathogènes sur les marchés des oiseaux vivants est traditionnellement réalisée en testant au hasard des animaux individuels via des écouvillons respiratoires, rectaux ou urinaires. Cependant, cette stratégie chronophage et coûteuse n'a pas la capacité de capturer des agents pathogènes en circulation et présente des risques de biosécurité professionnels importants.
L'environnement entourant les marchés des oiseaux vivants peut servir de réservoir de pathogène, car la perte de virus de volaille contamine souvent l'air. Par conséquent, l'analyse des échantillons environnementaux, en particulier les échantillons d'air, est essentiel pour obtenir des informations plus complètes sur la dynamique des agents pathogènes et atténuer le risque de transmission des agents pathogènes d'oiseau à oiseaux et de débordement aux humains. L'étude suggère également un risque potentiel mais non prouvé pour les travailleurs du marché et les consommateurs, car des virus aviaires ont été détectés dans des échantillons d'air prélevés près des stands de nourriture adjacents aux zones de transformation de la volaille.
Dans cette étude, les chercheurs ont comparé l'utilité des échantillons environnementaux et des échantillons d'écouvillon de volaille traditionnels pour la surveillance des agents pathogènes aviaires dans les marchés des oiseaux vivants au Cambodge.
L'étude
L'étude a utilisé la métagénomique basée sur la sonde d'enrichissement du virus, validée par des analyses statistiques, pour analyser des échantillons d'écouvillon de volaille environnementaux et traditionnels. Cette méthode est largement utilisée dans la surveillance de l'agent pathogène environnemental pour détecter avec précision les agents pathogènes à faible abondance et à basse fréquence.
Les échantillons environnementaux analysés dans l'étude comprenaient des échantillons d'air prélevés sur trois heures à l'aide d'échantillonneurs d'aérosols (collectés à la fois dans les zones de rétention de volaille et les zones d'abattage), les écouvillons en cage et les eaux de lavage de la carcasse. De même, les écouvillons de gorge et de cloac de poulets et canards domestiques ont été inclus comme des écouvillons de volaille traditionnels. L'étude a révélé que les virus de poulet étaient plus fréquemment détectés dans les échantillons environnementaux que les virus de canard, et les virus de poulet dérivés du cloac étaient la principale source d'agents pathogènes environnementaux.
Ces échantillons ont été prélevés lors de douze visites d'échantillonnage sur deux marchés des oiseaux vivants sur une période de 15 mois.
Résultats de l'étude
L'analyse métagénomique a identifié 84 virus dans les écouvillons de volaille traditionnels collectés sur deux marchés de l'obscurité vivante sur la période d'étude de 15 mois. Environ 70 et 90% de ces virus ont également été trouvés dans des échantillons environnementaux, confirmant un fort chevauchement entre les méthodes d'échantillonnage.
Les virus les plus fréquemment détectés dans les échantillons environnementaux étaient le virus de la grippe aviaire et le coronavirus aviaire. Les virus qui ne sont pas détectés dans les échantillons environnementaux étaient beaucoup moins abondants dans les écouvillons de volaille et étaient moins fréquents en circulation sur les marchés des oiseaux vivants.
Notamment, l'analyse métagénomique ciblée d'échantillons environnementaux a identifié 50 virus supplémentaires de familles de pathogènes clés (Astroviridae, Coronaviridae, Picornaviridae, et Rétroviridae) qui n'ont pas été trouvés par l'échantillonnage traditionnel d'écouvillon de volaille. Beaucoup de ces virus provenaient probablement de sources alternatives, telles que les arbovirus ou les hôtes non aviaires, plutôt que tous des menaces zoonotiques.
En ce qui concerne les infections dans différentes espèces d'oiseaux, l'étude a révélé que l'analyse métagénomique des échantillons environnementaux est plus efficace pour détecter les virus de poulet que les virus de canard et que les virus de poulet dérivés du cloac sont les contributeurs dominants aux charges de pathogène environnemental dans les marchés de l'observation vivante.
Notamment, l'étude a révélé que l'analyse métagénomique des échantillons environnementaux était plus efficace que les écouvillons de volaille dans certains cas pour détecter le virus de la grippe Avian H5N1 H5N1 hautement pathogène, y compris les clades en circulation 2.3.4.4b et 2.3.2.2.1c, qui ont parfois été trouvés dans des échantillons environnementaux mais manqués par des échantillons de volaille. L'étude a également identifié d'autres sous-types de grippe, notamment H6, H7 et H9, dont certains ont été détectés dans des échantillons environnementaux lorsque les écouvillons de volaille n'ont pas réussi à les identifier, soutenant davantage l'efficacité de la surveillance environnementale.
La métagénomique environnementale détecte avec précision les agents pathogènes de la volaille en circulation. A) La carte thermique circulaire représente la détection du virus entre les écouvillons de volaille et l'environnement. Par lequel un virus donné a été trouvé dans au moins un échantillon de volaille, une cellule bleue est montrée et par laquelle ce même virus a été trouvé dans au moins un échantillon environnemental en même temps et un emplacement, une cellule rose adjacente est montrée. Chaque piste de la carte thermique représente une visite dans un LBM. B) Boxplot montrant la différence d'abondance du virus entre les taxons qui ont été détectés avec succès ou non détectés à partir du panneau A. Les statistiques ont été calculées à l'aide d'un test Wilcox. C) Groche de barre montrant le nombre total de virus uniques détectés dans les écouvillons de volaille par rapport à chaque échantillon environnemental individuel à chaque date d'échantillonnage. Les statistiques ont été calculées en utilisant le test exact des pêcheurs au mieux tous les groupes. Sur la base de la PCOA dans la figure supplémentaire 5, nous avons calculé la distance de tous les échantillons des coordonnées centroïdes médianes de d) cloacal et e) des écouvillons oropharyngés obtenus auprès de poulets domestiques ainsi que f) des écouvillons de gorge au cloac et g) obtenus à partir de canards domestiques. Les statistiques ont été calculées à l'aide d'un test de Kruskall-Wallis avec test post-hoc Dunns. H) Diagramme de crête montrant la probabilité que chaque écouvillonnage de volaille soit la source de virus pathogènes pour tous les échantillons environnementaux. Les statistiques ont été calculées à l'aide d'un test de Kruskall-Wallis avec test post-hoc Dunns. Toutes les valeurs de p obtenues ont été corrigées pour le taux de découverte de faux (FDR) en utilisant la méthode Benjamini-Hochberg. Les valeurs de p sont annotées comme suit: p <0,05; P <0,01; P <0,001.
Étude de signification
L'étude révèle que l'analyse métagénomique des échantillons environnementaux est tout aussi efficace que la métagénomique de l'échantillon de volaille traditionnel dans la détection des virus aviaires présents dans les marchés de l'observation vivante.
Notamment, l'étude révèle que la métagénomique des échantillons environnementaux peut détecter les clades H5 du virus de la grippe aviaire 2.3.2.1c et 2.3.4.4b plus fréquemment que les écouvillons de volaille traditionnels dans certains cas, en particulier dans les échantillons d'écouvillons aériens et cage.
Ces observations suggèrent que cette nouvelle approche métagénomique peut être considérée dans la surveillance de l'agent pathogène environnemental comme une alternative plus efficace et plus efficace à la surveillance conventionnelle des agents pathogènes pour des réponses plus rapides aux épidémies de la maladie, en particulier dans des contextes à haut risque tels que les marchés des oiseaux vivants. Cette approche peut également réduire les risques de biosécurité et les problèmes de bien-être animal associés à la surveillance des agents pathogènes.
La plus récente maladie du coronavirus 2019 (COVID 19) La pandémie a enseigné au monde que les virus respiratoires comme le syndrome respiratoire aigu sévère du coronavirus 2 (SARS-COV-2) peuvent rester infectieux pendant une longue période en dehors de l'hôte et peuvent survivre dans différentes conditions environnementales et médiums, tels que l'air, les surfaces et les eaux usées. De même, l'étude suggère que les virus de la grippe aviaire et d'autres agents pathogènes de la volaille peuvent persister à l'extérieur de l'hôte sur les marchés des oiseaux vivants, ce qui soulève des préoccupations concernant les éventuelles voies de transmission indirecte.
Ces observations mettent en évidence la nécessité d'une surveillance élargie des agents pathogènes couvrant à la fois les agents pathogènes dérivés des animaux et ceux présents dans divers supports environnementaux. L'échantillonnage environnemental a également détecté des virus non aviens, tels que Virus de la dengue 3 et Rhinovirus A1démontrant en outre la capacité de la méthode à capturer une gamme plus large de virus circulants sur les marchés des oiseaux vivants. Comme le suggèrent les résultats de l'étude actuels, de tels objectifs peuvent être atteints grâce à la métagénomique ciblée enrichie sur des échantillons environnementaux.
Comme les chercheurs l'ont mentionné, le cadre utilisé dans cette étude pourrait être adapté à d'autres interfaces humaines-animaux pour renforcer les systèmes de surveillance des agents pathogènes et atténuer les risques de maladie dans des contextes similaires.
* Avis important: Carré Publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par les pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
