Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a causé une morbidité, une mortalité et des perturbations sociales et économiques de premier ordre dans le monde. Malgré le déploiement des vaccins, l’émergence de nouvelles variantes d’évasion immunitaire constitue un formidable obstacle à la fin de la pandémie.
La variante la plus récente de ce type est la variante Omicron (B.1.1.529). Signalé pour la première fois le 24 novembre 2021, il a fait preuve d’une énorme capacité à se propager de manière extensive et rapide, au-delà de toutes les variantes antérieures, tout en résistant à la neutralisation par les anticorps provoqués par le vaccin ou par une infection naturelle avec des variantes antérieures, y compris la variante Delta.
Il est devenu dominant dans de nombreux pays et menace de provoquer la prochaine vague d’infection. Un nouveau document de recherche pré-imprimé rend compte de l’état des connaissances actuelles sur la capacité d’évasion immunitaire de cette variante, en la liant au type de vaccin utilisé et au protocole de vaccination.
La recherche est basée sur les nombreux rapports produits par plusieurs groupes en utilisant les ensembles de sérums vaccinés et convalescents disponibles. Ceux-ci incluent des sérums d’individus infectés par des variants de type sauvage, Alpha, Beta et Delta, en utilisant plusieurs tests de neutralisation et types cellulaires.
Publié sur le bioRxiv* site de préimpression, la recherche agrège les données de 23 laboratoires jusqu’au 22 décembre 2021, pour comprendre la propension d’Omicron à échapper à la neutralisation par anticorps.
Étude : analyse des données de neutralisation du SARS-CoV-2 Omicron jusqu’au 2021-12-22. Crédit d’image : Viacheslav Lopatin/Shutterstock.com
Qu’a montré l’étude ?
Dans le premier groupe, surnommé « 2x-Vax », les 44 individus ont été entièrement vaccinés, indépendamment du type de vaccin. Ce groupe montre l’incertitude la plus significative sur le degré d’échappement d’anticorps contre Omicron par rapport au type sauvage. Ainsi, le titre chute d’environ 19 fois, en moyenne, mais cela est susceptible d’être significativement inférieur à la chute réelle.
La raison en est que de nombreux titres de neutralisation d’Omicron étaient inférieurs à la limite de détection (LOD) du test, et parfois les faibles titres contre l’antigène de référence étaient à blâmer pour les baisses de pli <2, comme, par exemple, chez les individus récemment vaccinés qui avait reçu le vaccin J&J à dose unique.
Le pli Omicron diminue par rapport au type sauvage. Les flèches indiquent les incertitudes dans l’estimation ponctuelle dues à des titres inférieurs à la limite de détection (LOD) de l’essai. Une flèche courte marque les mesures avec moins de la moitié des titres Omicron en dessous de la limite de détection (LOD) du test, ou inversement, les titres d’antigène de référence sont égaux ou supérieurs à la LOD. Les longues flèches indiquent les mesures avec plus d’environ 80 % des titres Omicron en dessous du LOD. Les points bleu clair montrent les laboratoires NIH SAVE, les points gris marquent les points de données pour lesquels l’antigène de référence n’a pas été indiqué dans le manuscrit et est ici supposé être Wu-1. La ligne verticale continue ne marque aucun changement de pli.
Dans le groupe d’individus « 2x Vax + Inf » qui ont été complètement vaccinés et qui ont ensuite présenté des infections à poussées, un schéma similaire a été observé. La baisse la plus importante par rapport au variant de type sauvage était de 25 fois, mais celles-ci provenaient d’individus qui avaient une infection Delta et ont été échantillonnés trois jours après l’hospitalisation.
Parmi le groupe de convalescents, la baisse moyenne de 20 fois des titres d’Omicron par rapport au virus de type sauvage était la deuxième baisse la plus importante. Cependant, cela était principalement dû à une forte réduction des sérums d’individus échantillonnés trois jours seulement après l’hospitalisation avec un variant de type sauvage.
Parmi la cohorte « Inf + 2 x Vax », comprenant des individus qui ont été complètement vaccinés après avoir été infectés, l’étendue de la baisse de pli pour Omicron ressemblait le plus à celle de la cohorte triple vaccinée. La plupart des titres neutralisants Omicron étaient supérieurs à la LOD, la moyenne étant une baisse de 12 fois.
Le groupe de triple vaccination, qui avait reçu une dose de rappel supplémentaire, avait presque tous des titres de neutralisation d’Omicron détectables, avec des baisses inférieures, à une réduction de 7 fois par rapport au type sauvage. Ils ont également montré une gamme de distributions plus étroite par rapport à ceux qui n’avaient terminé que la série primaire de vaccinations.
La plupart des échantillons ont été prélevés dans le mois suivant la dose supplémentaire, ce qui nécessite un suivi plus long pour déterminer l’évolution temporelle de ces titres. Le plus haut degré de certitude était avec l’utilisation de vaccins à acide ribonucléique messager (ARNm) et avec les personnes infectées avant la double vaccination avec ces vaccins.
Fait intéressant, le facteur de baisse avec Omicron par rapport au type sauvage n’a aucune corrélation avec l’amplitude absolue des titres neutralisants contre ce dernier, indiquant qu’il y a une réelle amélioration de l’immunité suite à l’administration d’une dose supplémentaire du vaccin.
Les titres neutralisants les plus élevés pour Omicron et le type sauvage ont été signalés dans le groupe Infecté + vacciné, bien que le premier soit inférieur à un dixième du dernier (460 et 5 600, respectivement). Dans le groupe triple vacciné, les titres étaient, en moyenne, de 40 % et 70 % de ceux de la cohorte ci-dessus (Omicron et type sauvage = 2 200 et 330, respectivement). Dans les deux cohortes, la plupart des titres neutralisants d’Omicron étaient supérieurs à la LOD, indiquant que ces valeurs sont exactes.
Avec les autres groupes, le grand nombre de titres Omicron en dessous de la LOD du dosage augmente le degré d’incertitude des estimations et des titres moyens, indiquant que le titre Omicron moyen rapporté est probablement une surestimation substantielle. En comparaison, les titres de type sauvage étaient facilement détectables et étaient > 1 500.
Le titre moyen d’Omicron dans ces groupes variait de 26 à 57, tandis que les titres de type sauvage se situaient entre ~ 500 et 1 500.
La cohorte doublement vaccinée a montré des titres plus faibles avec la dose unique J&J, ou le double Spoutnik V, par rapport à deux doses du vaccin AstraZeneca, et beaucoup plus faibles que les sérums vaccinaux à ARNm.
Les titres de neutralisation des pseudovirus ont été utilisés comme indicateur de protection contre la maladie symptomatique. Cela a montré que le groupe Inf+2x Vax avait une protection supérieure à 80%, avec deux doses de vaccins AstraZeneca ou Moderna. Les titres Omicron, bien que inférieurs, fourniraient toujours une protection de 70 %.
Dans le groupe vacciné triple, l’un ou l’autre vaccin donnerait une protection > 80 % contre les deux variantes à un mois de la troisième dose. Il y aurait 70 % de protection contre les maladies symptomatiques liées à Omicron avec tous les vaccins, à l’exception du CoronaVac, même avec trois doses. Les estimations de la protection n’ont pas été effectuées dans d’autres groupes en raison des grandes incertitudes impliquées et du fait que l’efficacité du vaccin contre Omicron n’est pas encore établie.
Les tests de pseudovirus avaient des titres de type sauvage par rapport à Omicron qui étaient deux fois plus élevés qu’avec les tests de virus vivants dans la cohorte 2x Vax et trois fois plus élevés dans le groupe triple vacciné.
Quelles sont les implications ?
Les données fournies ici ont conduit les scientifiques à conclure qu’une double vaccination ou des antécédents d’infection entraînaient une réduction de 19 fois des titres contre Omicron. La dose de vaccin supplémentaire, ou infection percée après deux doses, a conduit à une réduction beaucoup plus faible à 7 fois.
La question de savoir combien de temps cela persistera est sans réponse puisque tous les échantillons du groupe triple vacciné ont été prélevés un mois après la dernière dose.
Encore, « la baisse sensiblement plus faible et les titres un peu plus élevés après une troisième vaccination sont des preuves précoces solides de l’utilité de la vaccination de rappel pour augmenter les titres de neutralisation virale contre Omicron, et donc potentiellement pour augmenter l’efficacité du vaccin. «
Deuxièmement, la différence dans les titres de neutralisation rapportés selon que des tests de pseudovirus ou de virus vivants ont été utilisés doit être étudiée, car elle pourrait être due à l’utilisation de différents types de sérums avec des tests différents. Par exemple, la plupart des tests de pseudovirus ont été effectués en utilisant des sérums d’individus qui avaient reçu les vaccins à ARNm, mais des tests de virus vivants avec des sérums après vaccination J&J, Spoutnik V et CoronaVac.
Ces derniers sont connus pour induire des titres neutralisants inférieurs à ceux des vaccins à ARNm. Cependant, l’efficacité du vaccin est plus faible à des titres plus élevés avec AstraZeneca avec des tests de virus vivants par rapport aux tests de pseudovirus.
Néanmoins, dans l’étude de Feng et al.27 sur l’efficacité du vaccin (EV) contre la maladie 221 symptomatique après deux doses d’AstraZeneca, ils ont signalé une VE inférieure à des titres plus élevés dans les tests de neutralisation du virus 222 vivant par rapport à la neutralisation du pseudovirus.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
