L’étalon-or pour le diagnostic du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est actuellement basé sur la détection par réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse quantitative (RT-qPCR) dans des écouvillons nasopharyngés prélevés sur des individus. Il existe plusieurs méthodes RT-qPCR qui se sont avérées très précises, sensibles et fiables et les écouvillons nasopharyngés sont optimaux pour la détection de l’infection, en particulier aux premiers stades.
Cependant, dans les derniers stades de la maladie, il y a une diminution de la charge virale dans le nasopharynx, et le virus devient souvent détectable uniquement dans les échantillons prélevés dans un lavage bronchoalvéolaire ou des expectorations. Par conséquent, des stratégies de test supplémentaires sont nécessaires pour élargir et augmenter les opportunités de test. Pour surmonter ces limitations dans le dépistage de masse pour la détection du SRAS-CoV-2, la salive a été considérée comme un échantillon alternatif. Alors que le prélèvement sur écouvillon nasopharyngé nécessite un personnel de santé qualifié, le prélèvement de salive est relativement plus facile, moins invasif, crée moins d’inconfort pour le patient et peut même être effectué par auto-prélèvement. Les échantillons de salive seraient également particulièrement avantageux lors des tests sur les enfants.
Sommaire
Évaluer une stratégie d’échantillonnage de salive simple et sûre chez les adultes et les enfants
Une équipe de chercheurs de divers instituts en Suisse a récemment cherché à développer et à évaluer une stratégie d’échantillonnage de la salive permettant un échantillonnage facile et sûr des échantillons contenant le virus chez les adultes et les enfants, avec la possibilité de prélèvement à domicile et de traitement simple en laboratoire. Leur étude a été publiée sur le serveur de pré-impression, medRxiv*.
Dans leur article, les chercheurs rapportent les résultats d’une comparaison directe de la détection du SRAS-CoV-2 dans la salive et les écouvillons nasopharyngés par RT-PCR chez 1187 adultes et enfants dans des centres de test ambulatoires et une unité d’urgence.
Les résultats de RT-PCR dans la salive et les prélèvements nasopharyngés ont montré une concordance de 98%
Selon les résultats, un total de 252 personnes ont été testées positives pour le SRAS-CoV-2 dans des prélèvements nasopharyngés ou des échantillons de salive. SARS-CoV-2 RT PCR résultats dans les deux échantillons ont montré un niveau élevé de concordance avec un pourcentage global de concordance de 98,0%. Malgré des charges virales plus faibles dans les échantillons de salive, une détection sensible du SRAS-CoV-2 a été observée dans la salive jusqu’à un seuil de Ct 33 dans les écouvillons nasopharyngés correspondants. Chez les patients avec un Ct supérieur à 33 sur écouvillon nasopharyngé, le taux de concordance a diminué, mais était toujours de 55,9%.
Malgré des charges virales plus faibles dans la salive, nous avons observé une détection sensible du SRAS-CoV-2 dans la salive jusqu’à un seuil de Ct 33 dans le NPS correspondant (accord en pourcentage positif = 97,7%). »
La salive peut être utilisée de manière sûre et pratique comme échantillon fiable pour la détection du SRAS-CoV-2
Cette vaste étude a mené une analyse parallèle d’échantillons sur écouvillon nasopharyngé et de salive, et les résultats ont établi que la salive est un échantillon fiable pour la détection du SRAS-CoV-2. Pour les chercheurs, cela signifie qu’il peut être ajouté au portefeuille de diagnostics pour augmenter les tests de manière plus pratique chez les adultes comme chez les enfants.
Notre étude démontre un excellent accord de la salive dans la comparaison directe avec le NPS et recommande donc la salive comme matériau alternatif pour la détection du SARS-CoV-2 par RT-PCR.
Selon les auteurs, étant donné que la majorité du virus dans la salive n’est pas produite localement et est probablement sécrétée par les cellules infectées du nasopharynx, il est important de collecter le matériel de l’oropharynx postérieur. Ceci est également mis en évidence dans les protocoles de collecte de leur étude.
Pour résumer, l’analyse des chercheurs a évalué la salive comme une option d’échantillonnage alternative valide pour la détection du SRAS-CoV-2 à l’aide de la RT-PCR. La collecte de salive est non invasive et réduit donc l’inconfort pour le patient lors du prélèvement de l’échantillon. Il élimine le besoin de personnel qualifié, permet le prélèvement d’échantillons n’importe où et permet l’auto-prélèvement. Plus important encore, les résultats montrent que l’utilisation de la salive comme échantillon de test ne nécessite pas d’ajustements dans les tests de diagnostic RT-PCR.
Tous ces avantages, combinés à une grande fiabilité dans la détection du SRAS-CoV-2, comme le démontre cette comparaison directe avec les écouvillons nasopharyngés, soulignent la nécessité d’augmenter les efforts de test en utilisant des échantillons de salive et en surveillant plus efficacement l’infection par le SRAS-CoV-2 .
Combiné à la haute fiabilité de détection de l’infection par le SRAS-CoV-2, comme démontré dans notre comparaison directe avec le NPS standard, l’augmentation et la facilitation des efforts de test en surveillant l’infection par le SRAS-CoV-2 dans la salive est rapidement réalisable et doit être pris en considération.«
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.