Alors que les chercheurs débloquent la promesse diagnostique et thérapeutique du microbiome humain, une nouvelle feuille de route met en évidence le besoin urgent de normalisation, de meilleures preuves et de l'éducation des cliniciens pour transformer les soins aux patients.
Perspective: le microbiome pour les cliniciens. Crédit d'image: Kateryna Kon / Shutterstock
Une perspective récente publiée dans la revue Cellule Décrit les défis, les opportunités et les actions nécessaires pour traduire les sciences des microbiomes en pratique clinique.
Les progrès du séquençage et de la bioinformatique ont permis une cartographie complète de la composition et du potentiel fonctionnel du microbiote intestinal, associant la perturbation du microbiome à plusieurs troubles humains. Des études mécanistes ont dévoilé un rôle clé du microbiome intestinal dans la santé et les maladies humaines, suscitant un intérêt accru pour son potentiel thérapeutique et diagnostique.
Néanmoins, la science du microbiome n'a pas été (entièrement) mise en œuvre dans la pratique clinique en raison de divers facteurs, notamment l'hétérogénéité et la complexité du microbiome humain, le manque de protocoles standardisés, les défis logistiques et méthodologiques et la familiarité limité des cliniciens avec la science du microbiome. De plus, bien que les preuves biologiques puissent étayer l'application du microbiome intestinal en médecine, les preuves cliniques directes sont souvent insuffisantes et les résultats manquent souvent de validation dans de grandes cohortes diverses. Ce manque de preuves consolidées et la familiarité limitée des cliniciens entravent l'intégration dans la pratique de routine.
Traduction des sciences du microbiome en pratique clinique
Le microbiome humain a un potentiel pour diverses applications comme outil de diagnostic en médecine clinique. Des recherches récentes ont démontré le potentiel du microbiome en tant qu'outil de diagnostic, la bioinformatique et l'apprentissage automatique permettant la traduction de données complexes en mesures cliniquement pertinentes. Cependant, la mise en œuvre clinique est limitée par des problèmes non résolus, notamment la normalisation, la rentabilité et la validation entre diverses populations. Des recherches récentes ont fourni des preuves indirectes ou directes à l'appui de la mise en œuvre des diagnostics de microbiome en milieu clinique.
Par exemple, deux analyses métagénomiques des ensembles de données géographiquement divers ont identifié des signatures microbiennes qui ont été reproductiblement associées au cancer colorectal (CRC), améliorant ainsi la précision diagnostique des tests sanguins occultes fécaux. Une grande étude de cohorte de près de 1 000 patients subissant une coloscopie a identifié des signatures de microbiome distinctes pour deux précurseurs CRC, des adénomes tubulaires et des adénomes dentelés sessiles, mettant en évidence le potentiel du microbiome comme outil pour le dépistage du CRC.
Malgré son potentiel, plusieurs problèmes empêchent l'exploitation du microbiome intestinal en tant qu'outil de diagnostic en médecine. Par exemple, les technologies de profilage des microbiomes n'ont pas été largement utilisées, malgré la réduction progressive des coûts de consommables et d'équipements. Au-delà des détails techniques, la mise en œuvre clinique fait face à des défis critiques, y compris des questions non résolues autour de la normalisation, de l'utilité clinique et de la rentabilité.
Les tests de microbiome directement aux consommateurs (DTC) ont gagné en popularité comme moyen d'évaluations personnalisées pour la santé. Cependant, cela a soulevé des préoccupations concernant le contrôle de la qualité, la normalisation, l'utilité clinique et la surveillance réglementaire. En effet, ces tests présentent une hétérogénéité analytique et méthodologique significative. De plus, les recommandations alimentaires alimentées par le service DTC et les évaluations des risques pour la santé manquent souvent de justification scientifique robuste, ce qui peut conduire à une mauvaise interprétation. Les experts ont appelé à une action réglementaire pour limiter la diffusion d'informations potentiellement trompeuses ou cliniquement non pertinentes.
Actions pour accélérer l'intégration du microbiome dans la pratique clinique
La complexité du microbiome intestinal rend difficile la conception d'essais cliniques, empêchant la traduabilité de la recherche sur la pratique clinique. Cependant, diverses initiatives ont récemment tenté de normaliser plusieurs aspects de la recherche sur les microbiomes. Il s'agit notamment de l'action du microbiome humain, du renforcement de la liste de contrôle de l'organisation et de la déclaration des études de microbiome (tempêtes), du projet de contrôle de la qualité des microbiomes et du projet international de normes de microbiome humain. Les efforts récents comprennent également des déclarations de consensus internationaux sur les tests de microbiome et la classification juridique de l'Union européenne du microbiote comme une «substance de l'origine humaine», visant à harmoniser les cadres réglementaires.
Les informations prometteuses de la recherche sur les microbiomes justifient le renforcement et l'évolution des essais cliniques de microbiome pour générer des sorties traduites. Ce processus impliquera une série d'actions, dont beaucoup sont déjà en cours. Ces (actions) comprennent une amélioration de l'estimation de la taille de l'échantillon, l'application des statistiques des études cliniques aux essais de microbiome et des méta-analyses systématiques en utilisant des directives telles que les éléments de rapport préférés pour les revues systématiques et les méta-analyses (PRISMA) liste de contrôle.
De plus, les essais de microbiome comprennent souvent des critères d'évaluation primaires non cliniques. Cependant, les résultats cliniques primaires permettent une traduction plus fluide des résultats en pratique. En outre, des populations d'étude pertinentes sont nécessaires pour répondre aux besoins cliniquement pertinents. Notamment, les études liant le cancer colorectal (CRC) aux signatures de microbiome se sont souvent concentrées sur les patients atteints de maladie avancée, tandis que le dépistage des personnes atteintes de lésions prédignes aurait plus d'impact pour la santé publique.
Les thérapies de microbiome ont été étudiées comme alternatives aux thérapies conventionnelles dirigées par l'hôte; Cependant, leur combinaison avec des thérapies dirigées par l'hôte reste largement inexplorée mais peut offrir des avantages synergiques en ciblant à la fois les déterminants de l'hôte et du microbiome. Cette stratégie pourrait être intrigante car elle implique de cibler les caractéristiques de l'hôte et du microbiome, augmentant les chances de succès. Néanmoins, la mise en œuvre de ces actions pourrait être difficile si elle est limitée aux contextes académiques. Autrement dit, le monde universitaire n'a pas le rythme et la capacité de l'industrie pour la recherche appliquée.
Les centres universitaires sont une minorité par rapport au réseau de soins de santé, qui a un potentiel de recrutement beaucoup plus important. Ceci est particulièrement crucial pour les études associatives approfondies visant à découvrir des biomarqueurs microbiens. Ainsi, d'autres parties prenantes au-delà du monde universitaire, telles que l'industrie et les prestataires de soins de santé non académiques, sont cruciaux pour traduire la science du microbiome en pratique clinique. Cependant, un partenariat minutieux est nécessaire pour équilibrer la rigueur scientifique avec des intérêts commerciaux.
Remarques finales
Dans l'ensemble, la recherche sur le microbiome continue de produire des découvertes très fiables et intrigantes avec des implications importantes. Les diagnostics de microbiome sont principalement étudiés pour évaluer le risque de maladie, prédire les réponses thérapeutiques ou affiner la modulation microbienne. Bien que naissants, ces approches donnent des résultats fiables qui pourraient être facilement validés et reproduits dans différents contextes cliniques.
La manipulation thérapeutique des microbes a subi une évolution remarquable au cours des dernières années, des expériences méthodologiquement faibles et anecdotiques à des thérapies reproductibles et plus adaptées, dont certaines ont déjà été introduites sur le marché des soins de santé.
Malgré ces idées prometteuses, la science du microbiome reste loin d'être incorporée en médecine clinique. Initiatives clés – y compris la normalisation de la recherche, l'amélioration de la conception des essais cliniques et la formation et la collaboration améliorées des cliniciens sont essentielles pour la traduction de la science du microbiome en pratique clinique.
