Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a muté depuis son émergence initiale à Wuhan, en Chine, fin 2019. pour survivre. Quelques mutations sélectionnées ont permis au virus de se propager plus rapidement et de provoquer une infection plus grave. Les variantes préoccupantes qui contiennent de telles mutations, telles que la variante Delta, ont également acquis des mutations pour échapper aux anticorps neutralisants.
Étude : barrière génétique élevée à la fuite des anticorps neutralisants polyclonaux du SRAS-CoV-2. Crédit d’image: Yeti en pointillé/Shutterstock
Nouvelle recherche publiée dans La nature* suggère que les mutations de substitution de la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 peuvent créer une particule virale défectueuse pour la réplication connue sous le nom de virus pseudotypés qui rend le virus résistant aux anticorps induits par le vaccin. Cependant, les personnes qui se sont rétablies de l’infection par le SRAS-CoV-2 et ont ensuite reçu le vaccin à ARNm pourraient éliminer ces pseudotypes.
Sommaire
Détails de l’étude
Les chercheurs ont utilisé des pseudotypes du VIH-1 portant la protéine de pointe SARS-CoV-2 et SARS-CoV. L’objectif était d’étudier l’efficacité du plasma convalescent à neutraliser les protéines de pointe parentales et chimériques.
Le plasma de convalescent a été obtenu 1,3 mois après que 26 personnes se soient rétablies de l’infection par la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). Ils ont été sélectionnés pour leurs titres élevés de neutralisation du SARS-CoV-2.
Les résultats ont montré que 21 des 26 échantillons de plasma de convalescent étaient moins efficaces pour neutraliser le pseudotype SARS-CoV-2. A titre de comparaison, le pseudotype SARS-CoV était plus sensible aux anticorps dans le plasma.
Cibles des anticorps neutralisants du plasma convalescent
D’autres recherches ont imité la capacité du SRAS-CoV-2 à neutraliser les anticorps avec un virus chimérique. L’objectif était de trouver des cibles d’anticorps neutralisants à partir de plasma convalescent.
L’équipe a découvert que les anticorps neutralisants ciblent plusieurs substitutions entourant un épitope spécifique. D’autres cibles d’anticorps neutralisants comprenaient des substitutions de la séquence codante de pointe.
Dans l’ensemble, les mutations du SRAS-CoV-2 ciblées par les anticorps neutralisants dans le plasma se trouvaient dans des éléments spécifiques du domaine N-terminal, du domaine de liaison au récepteur et d’autres domaines de pointe.
De nombreuses mutations du SRAS-CoV-2 ont été regroupées autour de divers éléments formant un «supersite», ciblé par des anticorps neutralisants se liant au domaine N-terminal.
Les anticorps obtenus à partir du plasma convalescent n’ont pas pu détecter les mutations du SRAS-CoV-2 qui peuvent échapper aux anticorps du domaine de liaison au récepteur de classe I. D’autres sites dans les acides aminés de pointe ont également montré des variations qui n’étaient pas ciblées par les anticorps.
Les résultats suggèrent que les mutations du SRAS-CoV-2 dans la protéine de pointe peuvent avoir évolué pour éviter de neutraliser les anticorps. Cela correspond aux observations de neutralisation réduite des anticorps dans 34 des 38 virus chimériques contenant les mutations de pointe.
Environ 13 mutations de protéines de pointe provenant de virus chimériques du SRAS-CoV-2 ont été identifiées pour réduire la sensibilité à la neutralisation du plasma. Lorsque les chercheurs ont combiné les 13 mutations de pointe pour créer une séquence de protéine de pointe « polymutante » synthétique, ils ont trouvé la plus grande résistance à la neutralisation que n’importe quelle mutation seule.
Le pouvoir neutralisant contre les mutations d’échappement augmente avec l’immunité naturelle et la vaccination
Les chercheurs ont ensuite examiné la sensibilité à la neutralisation dans 14 échantillons de plasma de convalescence provenant d’individus précédemment infectés qui ont ensuite été vaccinés avec le vaccin à ARNm. Ils ont utilisé un panel de pseudovirus contenant la protéine de pointe avec 13 mutations d’échappement.
Leurs pseudovirus ont montré une plus grande résistance à la neutralisation que B.1.1.7 et B.1526. Cependant, la sensibilité réduite à la neutralisation était similaire à ce qui a été observé dans la variante P.1 et inférieure à la variante B.1.351.3.
Comme auparavant, les anticorps provenant d’échantillons de plasma convalescent ont montré une neutralisation réduite contre les pseudotypes du SRAS-CoV-2. Les chercheurs suggèrent que la pression des anticorps peut avoir amené des variantes dominantes telles que B.1.351.3 à développer neuf mutations de pointe qui résistent aux anticorps neutralisants.
Cependant, des échantillons de plasma provenant d’individus infectés puis vaccinés pourraient conserver leur activité neutralisante, en particulier parmi un pseudovirus contenant 20 mutations de pointe à la fois dans le domaine N-terminal et dans le domaine de liaison au récepteur.
La capacité de neutraliser les virus avec 20 mutations de pointe semblait provenir d’anticorps ciblant à la fois le domaine de liaison au récepteur et d’autres déterminants du domaine de liaison non-récepteur.
Des échantillons de plasma provenant d’individus infectés et vaccinés ultérieurement pourraient également neutraliser d’autres pseudovirus résistants aux anticorps neutralisants provenant d’individus qui se sont rétablis d’une infection naturelle uniquement. De plus, des échantillons de plasma provenant d’individus infectés et vaccinés ultérieurement ont neutralisé la variante Delta et une variante émergente A.VOI.V2.
*Avis important
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