Des scientifiques espagnols ont récemment comparé l’efficacité de la méthode quantitative de réaction en chaîne par polymérase (qPCR) et de l’immunohistochimie pour détecter le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans différents tissus humains.
Ils ont découvert que la qPCR est une méthode nettement plus efficace et sensible que l’immunohistochimie pour détecter le SRAS-CoV-2 dans les échantillons de tissus cytologiques et fixés au formol et inclus en paraffine.
L’étude est actuellement disponible sur le Place de la recherche* serveur de préimpression en cours d’examen à Rapports scientifiques.
Sommaire
Contexte
Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), l’agent pathogène responsable de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), est un virus à ARN monocaténaire enveloppé de sens positif appartenant à la famille des bêta-coronavirus humains. Le diagnostic clinique de COVID-19 est principalement effectué par la méthode qPCR à l’aide d’échantillons nasopharyngés (respiratoires). De plus, la détection sérologique des anticorps anti-SARS-CoV-2 joue un rôle vital dans la détection des infections aiguës et antérieures.
Étant un virus respiratoire, le SRAS-CoV-2 infecte principalement les cellules épithéliales présentes dans les voies respiratoires supérieures et inférieures. Cependant, la présence du virus a également été détectée dans d’autres tissus, notamment les tissus intestinaux, cardiaques, hépatiques, cérébraux et rénaux. Malgré l’implication de plusieurs organes dans le COVID-19, seul un nombre limité d’études sont disponibles pour décrire la détection du SRAS-CoV-2 dans différents tissus humains par immunohistochimie. La littérature disponible suggère l’utilisation simultanée de deux anticorps ciblant la nucléocapside virale et la protéine de pointe pour la détection immunohistochimique du virus.
Outre l’application de méthodes d’immunofluorescence directe et d’hybridation in situ pour détecter le SRAS-CoV-2 dans des coupes de tissu de paraffine, la méthode qPCR a également été utilisée pour détecter le virus dans des échantillons de carcinome épidermoïde de la langue fixés au formol et inclus en paraffine.
Dans l’étude actuelle, les scientifiques ont validé et comparé l’efficacité des méthodes immunohistochimiques et qPCR dans la détection du SRAS-CoV-2 dans les échantillons de tissus cytologiques et fixés au formol et inclus en paraffine.
Observations importantes
Une grande variété d’échantillons a été utilisée pour l’analyse, y compris de petits échantillons de biopsie, de chirurgie, de cytologie liquide, d’autopsie et de bloc de cytologie. Ces échantillons ont été principalement prélevés dans les reins, les poumons, le placenta et l’œsophage.
Un total de 43 échantillons de tissus cytologiques et fixés au formol inclus en paraffine ont été inclus dans l’analyse. Ces échantillons ont été prélevés sur des patients ayant des antécédents d’infection par le SRAS-CoV-2 confirmée par qPCR.
Trois périodes de temps pertinentes ont été estimées dans l’étude, y compris le temps d’intervalle, le temps de persistance du SRAS-CoV-2 et le temps d’archivage. L’intervalle de temps définit la durée entre le premier résultat positif nasopharyngé confirmé par qPCR et le prélèvement d’échantillons de tissus/cytologie. Le temps de persistance définit la durée entre le premier résultat positif nasopharyngé confirmé par qPCR et le premier résultat négatif nasopharyngé confirmé par qPCR. Le temps d’archivage définit la durée entre le prélèvement de l’échantillon et l’extraction de l’ARN.
L’estimation de ces périodes de temps a révélé que le temps d’intervalle moyen, le temps de persistance et le temps d’archivage étaient de 34 jours, 28 jours et 220 jours, respectivement.
Réaction en chaîne par polymérase quantitative
L’analyse de la cytologie dérivée du patient et des échantillons de tissus inclus dans la paraffine fixés au formol par qPCR a révélé une positivité au SARS-CoV-2 dans environ 25 % des échantillons. Les échantillons de tissus inclus dans la paraffine et fixés au formol inclus pour l’analyse ont été prélevés dans les reins, l’œsophage, les poumons et le placenta. De plus, le liquide d’ascite, le liquide pleural et l’urine ont été utilisés comme échantillons cytologiques.
Immunohistochimie
Une positivité immunohistochimique robuste pour les anticorps anti-spike et anti-nucléocapside n’a été observée que dans un échantillon placentaire atteint de villite aiguë. De plus, de faibles signaux de positivité immunohistochimique ont été détectés dans quatre échantillons, notamment des pneumocytes dans les poumons, des microglies dans le cerveau, des cellules épithéliales tubulaires dans les reins et des cellules inflammatoires dans le placenta.
Tous les échantillons positifs en immunohistochimie ont également montré une positivité dans la méthode qPCR. Le seul échantillon avec un signal immunohistochimique fort correspondait à la valeur de seuil de cycle (Ct) la plus basse de la méthode qPCR. Une faible valeur Ct en PCR représente une charge virale élevée.
Association entre la charge virale et les périodes de temps
L’intervalle, la persistance et les périodes d’archivage étaient corrélés avec la charge virale confirmée par qPCR. L’analyse a révélé une corrélation significative entre la charge virale et le temps d’intervalle, le temps de persistance du virus et le temps d’archivage.
Dans l’ensemble, ces observations indiquent qu’un intervalle et un temps de persistance plus courts sont associés à une charge virale plus élevée dans les échantillons.
Importance de l’étude
L’étude révèle que la qPCR peut être utilisée pour détecter le SRAS-CoV-2 dans des échantillons de tissus inclus en paraffine cytologiques et fixés au formol et que la méthode est plus sensible et précise que l’immunohistochimie.
*Avis important
Research Square publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
