Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont analysé les séquences du virus monkeypox (MPX) (MPXV) au cours de l’épidémie actuelle de 2022 pour déterminer si le MPXV s’adapte pour améliorer la survie et la transmission virale chez l’homme.
Sommaire
Arrière plan
L’épidémie de MPXV en cours en 2022 a représenté la transmission du MPXVA dans des zones non endémiques au-delà des parties occidentale et centrale de l’Afrique. Le MPXV a été détecté au Royaume-Uni (Royaume-Uni) en mai 2022, et le nombre de cas a ensuite augmenté rapidement en Europe, en Asie, en Afrique, en Océanie et dans le nord et le sud de l’Amérique.
Par la suite, le 23 juillet 2022, le MPX a été déclaré par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) comme une urgence de santé publique internationale, et le MPXV a touché plusieurs pays à ce jour. La plupart des séquences virales obtenues à partir de l’épidémie de MPXV en cours ont été signalées comme étant des séquences du clade B.1 MPXV. Les données sur la recombinaison naturelle du MPXV font défaut.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont analysé 415 séquences MPXV du clade B.1 de la base de données du centre national d’information sur la biotechnologie (NCBI) entre le 1er janvier et le 20 juillet 2022 dans le monde en étudiant le déséquilibre de liaison [LD, a single nucleotide variant (SNV)-based analysis] et les répétitions en tandem (TR), en mettant l’accent sur l’exploration de la variabilité génomique du MPXV par recombinaison pour déterminer les risques probables des nouvelles souches de MPXV.
La recombinaison MPX a été évaluée en analysant les répétitions en tandem (TR) et une analyse LD a été effectuée pour détecter de nouvelles lignées MPXV et la recombinaison virale dans le génome MPXV de l’épidémie de 2022 en cours. Les populations virales ont été classées en six groupes en fonction des nombres TR (TRN) de TRA/E. Par la suite, une analyse du polymorphisme mononucléotidique (SNP) a été réalisée.
Résultats
Les résultats de l’analyse ont montré que la population MPXV de l’épidémie de 2022 en cours a divergé en quatre et 11 lignées et sous-groupes, respectivement, et quatre lignées basées sur les TR et les CN (numéros de copie). De plus, les résultats de l’analyse LD ont indiqué que MPXV a évolué en trois nouvelles lignées. L’équipe a identifié six, un et un nouveau MPXV recombinant de Slovénie, d’Italie et d’Australie, respectivement en analysant les TR et deux et un MPXV recombinants d’Allemagne et d’Espagne, respectivement par analyse LD.
Six TR avec des nombres de copies variables ont été identifiés, TR A/E avait des séquences identiques de 16 paires de bases (pb) avec des TR inversés aux deux extrémités génomiques du MPXV. Au total, 378 cas (91 %) et 14 cas (3 %) comprenaient les TRN 7,9 et 16, respectivement, obtenus des États-Unis d’Amérique (USA), de la République tchèque et de la Belgique.
Un cas avec des valeurs TRN de six, quatre et trois a été détecté au Royaume-Uni (UK). L’équipe a identifié 21 cas d’incompatibilité avec des valeurs TRN différentes entre les TR E et A. Les résultats ont indiqué que la diversité génétique pouvait être classée en fonction des polymorphismes TR dans les populations actuelles d’épidémies de MPXV. TR B, TR C, TR D et TR F se sont révélés être des répétitions directes situées au niveau des zones intergéniques ou des TR 3 ‘terminaux (inversés). TR F et TR C comprenaient trois et une copies de séquence de 5′-TATGATGGA-3’ bp, respectivement.
Alors que la plupart des séquences virales contenaient TR F (97 %, valeur TRN de 3,5), 51 % et 48 % des échantillons viraux comprenaient TR C, ayant des valeurs TRN de 10 et huit, respectivement. Sur la base des modèles TR C / F, les populations MPXV pourraient être classées en quatre lignées (M, U, I et lignées non catégorisées avec 210, 193 et un cas, respectivement.
De plus, en même temps que TR A/E et TR C/F TRNs, l’équipe a divisé des populations de MPXV sous 11 subdivisions virales. TR D contenait la séquence 5′-ATATCATT-3′ de neuf pb avec des CN et des TRN variant entre 2,0 et 55, respectivement. Fait intéressant, les séquences virales avec des TR D TRN plus élevés (TRN supérieur à 30) contenaient également plus de TR A / E TRN (20 cas avec TRN supérieur à 16) dans le groupe U, indiquant une plus grande diversité TR dans la lignée U que les autres MPXV lignées.
À l’aide de polymorphismes TR, huit génomes de MPXV avec des croisements viraux recombinants ont été identifiés. Le cas ON755039 (FVG-ITA-01) d’Italie pourrait provenir de séquences parentales des groupes M et I. Le cas ON631963 (VIDRL01) d’Australie provenait de séquences virales parentales des groupes U et M, tout comme six cas de Slovénie (ON631241, ON838178, ON754986, ON754985, ON609725 et ON754987). Les résultats ont également indiqué que les six cas de Slovénie auraient pu donner lieu à une nouvelle lignée.
L’analyse LD a montré cinq paires de SNP situées à G148421A/G34305A, G74357A/C22736T, C188379T/G186153A (huit cas), G189246A/G148421A et G189246A/G34305A, avec des valeurs élevées de LOD (log de cotes, supérieures à 10) et une forte LD. Des SNP G74357A/C22736T ont été détectés dans 28 cas MPX, dont 25 cas, un cas, un cas et un cas en Allemagne, en Autriche, au Portugal et au Royaume-Uni, respectivement.
Des paires de SNP de C188379T/G186153A ont été détectées dans huit cas en Allemagne. Quatorze cas au Canada comprenaient des SNP G148421A/G189246A/G34305A. Les résultats indiquaient l’évolution du MPXV en ≥ 3 nouvelles lignées. De plus, pour les paires de SNP G5592A/G78031A et C25641T/C70777T, les limites supérieures de l’intervalle de confiance (IC) à 95 % étaient de 0,9 et 0,3, respectivement, ce qui indique fortement la recombinaison du MPXV. Les résultats ont indiqué que deux cas en Allemagne (ON637939 et ON959149) et un cas en Espagne (ON720849) avaient déjà acquis des mutations par recombinaison.
Conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que les TR divergeaient fréquemment lors de la transmission naturelle dans le clade B.1 et que le génome du MPXV évolue et se développe rapidement au cours de l’épidémie actuelle de 2022. De plus, combinées à la surveillance génomique, les analyses LD et TR sont des techniques précieuses pour surveiller et suivre la dynamique de transmission de la recombinaison phylogénétique MPXV.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.